唐人在婆罗洲展开的战争跟历史上很多殖民地战争不一样，由于婆罗洲本身人口非常有限，当地人的发展水平很低，白南大张旗鼓地调了一个陆军团外加一个德意志旅，实际已经够很多欧洲列强大一场高强度的殖民地战争了。实际上仅以统一婆罗洲论，白南认为派出一个团的兵力，足以很好地消灭自己的敌人。
派出如此大量部队的主要原因，还是白南追求的不仅仅是单纯的军事胜利，而是对于婆罗洲的彻底掌控。在一万名婆罗洲卫戍军改编为大唐正规军前往广东后，婆罗洲的华人力量相对衰减了一点，西婆罗洲的华人人口约为十万左右，另外还有附庸于华人的当地土著三四万，以及来自越南的难民二万人左右，其中百分之八十为女性，并且绝大多数已经嫁给了当地的华人。来自广东的客家移民，大部分都是青壮年单身男子，他们迎娶了被带到婆罗洲的越南女性之后，基本上都在本地生根。
西婆罗洲的发展甚至相较夏威夷都差一些，本地主要有一些热带种植园，用于种植稻米、橡胶和其他香料作物，再就是一些比较小规模的金属矿藏，当地金矿是公私共同开采的，另外一些小铁矿、小煤矿、小铝土矿也在经营中，主要为国内提供原材料。
婆罗洲为世界第三大岛，面积不小，但是实际有开发价值的矿藏和资源都不多。这也使得婆罗洲不太可能成为大唐一个主要的人口输出地。当然这也并不阻碍唐人对于土地的热情。
德意志第一旅攻陷文莱之后，随即不久便有一船的广东移民抵达，数量不多，只有三百多人。而这批移民来到文莱之后的第一件事，居然是清理被血洗的城市。
文莱城是此时除坤甸之外的婆罗洲第二大城市，人口数万人，主要是以穆斯林马来人为主，也有一些绿教化的当地土著。事实证明，即便是经过了大唐军事体系半年多的训练，德意志人仍旧是这个时代的德意志人，他们对于“劣等民族”是没有什么同情心的。再加上李岱宗有意放纵，并暗示对当地绿教势力进行清理，使得德意志士兵们在文莱大肆纵兵劫掠，并且对当地人进行了不小的杀伤。
事后统计，至少有一万人死在了文莱，而这个统计数据，是绝对不会登上任何的文件的，就算是机密文件都不会。甚至远在上海的白南，也对这个数字避而不见。这毕竟不是什么光彩的事情。更多的马来人被控制起来，人身自由被相对限制，他们仍旧被允许生活在自己的房舍里，不过全部从属于一个个的生产公社，开始在华人的指挥下，进行各种生产工作。不安分的家伙通通都要被清除，而且公社组织鼓励互相举报，甚至还给举报人以奖励。
德意志第一旅之后又继续向东，控制了名义上属于苏禄王国的沙巴一带，当地的绿教势力也同样遭到了重击。事后，大批的马来人再度迁移，离开了婆罗洲，十年之内在婆罗洲的绿教马来人人口缩减了超过七成。很多人逃到了菲律宾群岛的摩洛兰，也就是棉兰老岛等地，有些人逃往了马来半岛，甚至更远的抵达了印度次大陆。
与此同时，原婆罗洲移民子弟组成的建威团，也从海上进发，攻克了南婆罗洲的马辰、三马林达等地。尽管在此之前，唐人跟这些苏丹国几乎没有打过任何交道，也无冤无仇，不过唐军还是主动将他们清剿消灭了。
整个婆罗洲战争持续了大约两年零八个月的时间，从1780年下半年，一直持续到1783年年初，唐人利用雇佣兵和当地民兵乃至同盟土著的力量，逐渐消灭掉了所有婆罗洲的马来人绿教势力，最后一个苏丹国被消灭之后，大唐共和国婆罗洲海外领成为了唯一一个存在于婆罗洲的政权。
不仅如此，甚至在不久之后，为了追击马来人的势力，德意志兵团还攻入了菲律宾群岛的南部，也就是摩洛兰地区。菲律宾北部的吕宋岛和米沙鄢群岛为西班牙人控制，直到另一位面中美西战争后西班牙把菲律宾输给了美国人，南部的摩洛兰也一直没有彻底地控制下来。摩洛兰居住的摩洛人均为穆斯林，跟北部受西班牙人影响转化为天主教的他加禄人和米沙鄢人不同。后世的阿布扎耶夫武装就是摩洛人的反叛势力。
大唐德意志兵团顺着苏禄群岛、巴西兰岛，一直到棉兰老岛，摧毁了不计其数的绿教徒定居点，从这一点来看，德意志兵团更像是一支圣战十字军。对于德意志兵团的疯狂杀戮，曾经也引起白南的担忧，不过事实证明，德意志兵团在混合了自己的民族特性和大唐训练之下，正在成为极为有效的战争杀戮工具。当他们被放出行凶的时候，会将整个地区杀得一片血红，而当上级的命令到达令他们集结时，他们甚至会放弃多余的战利品和其他行动，立即集结统一起来，这让很多大唐军官感到震惊。
另一位面中小胡子的纳粹特征，居然提前了一百多年，出现在了大唐的德意志兵团身上。作为德意志兵团的主要军官，李岱宗写了一份内参报告，其中他认为，德意志兵团的士兵重视纪律和荣誉，作战坚毅勇敢，但是普遍文化水平比较低，拥有强烈的种族优越感，是非善恶观比较淡薄，甚至很多人是道德败坏的。这样的一支兵团，是极其锋利的双刃剑，如果不妥善使用，可能会伤害到自身。
这也使得大唐军方坚定了想法，避免让这支兵团进入到大唐的本土乃至清国，而让他们成为自己拓张殖民地的急先锋，或者在未来大唐可能参与的欧洲战场上进行表现。
婆罗洲战争最终使得大唐获得了整个婆罗洲，乃至苏禄群岛、巴西兰岛和棉兰老岛等地的控制权，这让荷兰人比较担忧，加强了对爪哇和其他殖民地的控制。而西班牙人也对大唐提出了交涉，甚至双方一度还在菲律宾形成了对峙，不过并没有什么卵用。倒是，大唐对于绿教势力的辣手，也让荷兰人和西班牙人看到了不错的学习模板，同时也对自己控制下的殖民地大肆进行肃清，一时间整个东南亚的绿教势力出现了大倒退。