这时，外面发生了很大的震动，大古抱着女孩与崛井走出隧道，一眼看到了复活的生化电子恐龙。
崛井惊讶道:“这个生化电子恐龙怎么复活的?”
“这个我也不知道。”大古答道。
与此同时，留在基地的居间慧与其他队员也从屏幕里看到了这只复活的生化电子恐龙。
主屏幕突然出现了泽井总监的身影，泽井总监说道:“胜利队众人马上赶去现场，一定要解决那加人的事，这件事已经引起了其他参议会员的重点关注了。”
“明白了。对这样的事我们很抱歉，不过我们会尽快解决。”居间慧说道，居间慧也知道事情的严重。居间慧说道:“丽娜你驾驶一号机前去，带上野瑞一起去。新城驾驶二号机和宗方副队长立即赶到现场。”
“明白。”四人答道。
由于女孩儿身手不凡，看样子不属于人类。大古说道:“我们把这个女孩送到古代生物研究所吧！”
崛井点点头表示附议。
于是大古与崛井决定把女孩儿送到了古代生物研究所进行研究。
丽娜等人也赶到现场对生化电子恐龙发起进攻。
然而就在这时，生化电子恐龙突然不动了。接着，总部指挥室主屏幕上又出现了那加人。那加人说道:“我们那加人曾统治过这个星球，丸泊奈扎就是最好的证明。我决定再给你们一次机会，如果再不投降，一个小时后丸泊奈扎将再次接连不断地发起攻击，直到把地球上的所有的人类消灭为止。”
新城将二号机降落到地面上，并在地面上支起了帐篷。
宗方用望远镜观察着丸泊奈扎的一举一动。
这时，留在总部的居间慧建议趁这个时候先把丸泊奈扎的身体构造用机器扫描下来。
此时，正在古代生物研究所的大古、崛井与真由美对那个神秘女孩儿进行研究。崛井让真由美给她做全身检查，然后崛井就和大古转向一边。
真由美在检查中发现了那个女孩儿长着一双可怕的利爪，三人惊愕不已。
崛井把这事跟总部的居间慧汇报了。
居间慧问道:“崛井，对于这次事有什么看法。”
崛井推测道:“据说在六千五百万年前，一种名为布鲁母的在地球中呈粘稠液状的岩石喷到地球表面后引起地球上的生态环境起了很大变化，从而导致恐龙的绝迹，说不定那时侯有一部分恐龙躲过了那场浩劫活了下来，比方说有一部分被UFO带走，在宇宙的某个地方被进化。”
现场，胜利队众人采取了居间慧的做法，丽娜用扫描光线把丸泊奈扎的身体构造扫描了出来，并把扫描图传到了电脑里，大家从扫描图里看到丸泊奈扎已经完全被改造成了一只生化电子恐龙，更值得注意的是在它的胸前有一个奇怪的东西。”
崛井看着丸泊奈扎胸前的东西惊呼道:“这个竟是中子弹，这么大一颗中子弹，如果爆炸的话，地球上至少一半的生物将会遭到毁灭。”
正当两人把注意力集中在丸泊奈扎时，那个女孩儿悄悄醒了，突然之间抓住了真由美，并对他们说道:“那加人是宇宙之神，是那加人创造了我们，那加人绝不会这样的。”原来她竟是一个恐龙人，大古说道:“你被那加人骗了，那加人如果真的对他们好又为何还要在恐龙的体内放中子弹呢？”
大古的一句话把那个女孩儿给问住了，两人趁她犯楞时把真由美救了出来。那个女孩儿跑了出去，大古追着她跑出去，继续说服她。
这时，那个研究员跑来了，叫那个女孩儿伊舞。而伊舞叫他阿达姆，这个阿达姆也是个恐龙人，阿达姆说道:“伊舞，不要相信人类，人类都是些花言巧语的家伙。”
伊舞却已因大古的话所动摇，阿达姆气愤至及，跑出来想控制丸泊奈扎，可这只丸泊奈扎却是由伊舞所控制的，阿达姆根本控制不了它。
这时，他想起了另一只丸泊奈扎，原来这只丸泊奈扎只是丸泊奈扎1号，还有一只丸泊奈扎2号，它才是由阿达姆所控制的，阿达姆让它也复活了。
当新城与宗方看到又出现了一只生化电子恐龙后，立刻再次驾驶二号进行战斗。
在战斗中，大家发现这只丸泊奈扎2号与丸泊奈扎1号一样，胸前也有一颗中子弹。
崛井立刻说道:“千万不要让这两只怪兽碰到一起，如果让两只怪兽体内的两种物质碰到一起发正生用之后，中子就会飞出来，到时候地球上所有的生物都会被毁灭的。”
于是，宗方立刻说道“不要刺激怪兽胸前的中子弹，用二号机上的德克萨斯光术对准怪兽的脚部发射。”
与此同时，被大古感动的伊舞跑到平台上拼命地阻止阿达姆，两人争执起来，阿达姆愤怒之下用利爪袭击大古。
伊舞为了救大古摔下平台，情急之下，大古也跟着跳下去，大古拿出神光棒变成迪迦。然后接住伊舞把她带回平台。
阿达姆被大古的这一举动所感动，说道:“丸泊奈扎2号现在已被那加人所控制，希望你能够解决掉他”
迪迦向阿达姆点点头。然后飞到现场与丸泊奈扎2号进行搏斗，并阻止它与丸泊奈扎1号碰到一起。
迪迦变成太阳型，一脚踢飞丸泊奈扎2号。然后跑到丸泊奈扎1号旁边，直接将中子弹取了出来。
而丸泊奈扎2号也再次站起来了，冲向迪迦手中的中子弹。
但是迪迦已经不是原著的迪迦，丸泊奈扎2号根本不能对迪迦产生威胁。很快丸泊奈扎2号身上的中子弹也被迪迦取了出来。
没了中子弹的支持，丸泊奈扎2后也变成了废铁。
迪迦一手拿着一个中子弹，飞到太空中。并把两颗中子弹扔向了那加人的星球，把那加人的星球给炸毁了，彻底消灭了那加人，消除了威胁。
大古变回人回到平台上后，阿达姆扶着伊舞说道:“谢谢你迪迦奥特曼，我们已经想通了。我们会在宇宙中重新寻找能够让我们恐龙人生活的地方。”
大古说道:“我们可以在地球找一个地方让你们继续生活，与人类一起生存。”
阿达姆摇摇头说道:“我们曾想毁掉地球上的生物，不配再生活在这个星球上。”说完两人坐着太空船走了。
大古高兴地向他们招手告别，阿达姆与伊舞走了，他们使人们明白了一个道理，地球是大家的，它不仅属于我们人类，也属于地球上的所有动物，我们应该共同拥有这个地球，共同拥有这个生存的家园。