随后，后金铁骑乘冬季冰坚，进攻与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，派部将毛有见、尤景和等逆袭后金军。双方在冰面上展开激烈战斗。东江健儿面对武器、装备和人数都占优势的后金军，毫无惧色，浴血奋战，双方互有杀伤，后金军强攻多日，始终不能前进一步。后金主帅阿敏见部队伤亡太大，占不到半点便宜，遂迁怒于朝鲜人，转而进攻朝鲜义州和安州，攻破城池，大开杀戒。得手后，又率大军移向朝鲜首都王京，准备灭掉朝鲜称王，朝鲜国王李倧一面仓皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说导敌不是自己的主意，而是臣子所为，请求援救。
天启皇帝认为朝鲜虽然协助后金，但不应该计较属国的过错，才是天朝气量。于是下诏给毛文龙，要求毛文龙不计前嫌，出兵援朝。他说：“奴兵东袭毛帅，锐气未伤，深慰朕怀。丽人导奴入境，固自作孽，但属国不支，折而入奴，奴势益张，亦非吾利。还速谕毛帅相机应援，无怀宿嫌，致误大计。”
毛文龙接到诏书以后，不顾自身粮饷短缺，毅然率部进入朝鲜，反击后金大军。在天寒地冻的环境中，东江军衣不蔽体，食不果腹，每日“拉死尸为食”，仍在毛文龙的激励下，顽强作战。双方在宣州、晏庭、车辇、义州等地反复拉锯，而随着天气逐渐转暖，战事逐渐向有利东江军的方面转变。随着河水、海水的解冻，东江军逐渐依靠朝鲜境内的大小河流。把以骑兵为主的后金困住。多次重创敌军。“三战三捷，困奴于银杏江”，随于千家庄、瓶山一带与后金主力展开决战，“文龙自率兵出，大战，杀固山三、牛鹿八人，斩六千余级。”阿敏不得不放弃在朝鲜称王的打算，“杀出一条血路回到本土”。东江军取得了战役的最后胜利。
“丁卯之役”之始，后金判断明军主帅毛文龙极有可能在铁山，遂于朝鲜方面勾结，冒充朝鲜人突袭铁山，若成功便能成为一次出色的“斩首行动”，体现了其首领皇太极一惯大胆、果断的作风。但是，由于非常偶然的原因，毛文龙不在铁山，后金突袭失败，使得战事变为持久战。一拖再拖，最终让明军反败为胜。这种出乎意料的情况。体现了战争的偶然性。
后金主帅阿敏在突袭铁山失败，强攻云从不下的情况下，迁怒朝鲜， 又想“东边损失西边补”，在朝鲜捞一票，甚至打算在朝鲜称王，不但没有成功，反而将朝鲜推向明朝方面。这反映了阿敏鲁莽急躁，毫无谋略的性格。战役后期，随着天气转暖，骑兵为主的后金军十分被动，甚至有可能被困死于鸭绿江以南，阿敏却一再拒绝撤军，终于令后金军在瓶山决战中蒙受重大损失。
“丁卯之役”使得皇太极用军事手段解决东江镇明军的战略失败了，不得不转而寻求外交和政治手段解决的途径，“通款崇焕，求杀文龙”。但是，他至少利用明军削弱了牛录比自己还多的两个旗：阿敏的镶蓝旗、阿济格的镶白旗的实力，解除了此二人对其汗位的威胁。可以说，无论后金“丁卯之役”在军事上成功与否，对皇太极个人来讲，都是胜利的。
现在问题的关键是，毛文龙已经死了，而且确实是被袁崇焕给杀死的，至于袁崇焕是不是被辽东将门胁迫，对于崇祯皇帝朱由检来说，已经无关紧要了，问题是毛文龙已经死了，东江军现在的情况不明！而且，再也没有强有力的军事人物来震慑后金和朝鲜人，这也正是崇祯皇帝朱由检急着要满桂组建大明第二军，并让第二军尽快的开赴朝鲜的一个原因！
“你对李倧的问题，有什么看法？”崇祯皇帝朱由检看着刘鸿训，想看看这个老头能够说出点什么来吗？
这么重大的政治问题，刘鸿训哪里敢说什么？事实上他也没有什么主张，怯懦道，“皇上，微臣以为，李倧虽然是通过政变上台的，并没有得到我大明的认可，但他实际对大明有些帮助，这都是事实，所以，不太好说。”
崇祯皇帝朱由检叹口气，等于没有说，他身边是一个能够出主意的人都没有，对于这些有经验的外事大臣，尚且如此，这些事情问王承恩或者曹化淳，就更是等于胡扯淡了。
颜继祖事实上和刘鸿训的私交不错，看见皇帝似乎很不满意刘鸿训的话，大着胆子插嘴道，“皇上，微臣觉得应该对朝鲜用兵！一方面朝鲜人太过无用，如果让后金彻底的解除了来自朝鲜的隐患后，对我大明是很不利的，另外一方面，不经过我大明承认就可以当上朝鲜国王，这本身便是不合大明律法的，这种风气不能助涨，不管李倧有没有帮助过大明，或者是不是向着大明，都需要将朝鲜的实际控制权拿到手里，这样的话，我大明在朝鲜就有了一个稳固的后勤基地，后金要对大明用兵，就会顾忌重重。”
崇祯皇帝朱由检很欣赏颜继祖，甚至超过了对傅永淳和孙传庭的欣赏，这也是那两个人回京之后，他一直都没有安排见那两个人的原因。
崇祯皇帝朱由检的性格就是这样，必须经常在一起，否则隔了一段时间没有什么接触，他就会淡忘了，除了女人，女人是越久不见，越思念的紧，男人则不能隔得太久。
崇祯皇帝朱由检并没有给与颜继祖的话一个答复，他不打算给什么答案，事实上，直到此刻，他心里也没有一个非常明确的计划，但有一点他是肯定的！大明不能放弃朝鲜！即使没有了毛文龙，也必须要保留对朝鲜的控制能力，这跟对察哈尔部林丹汗的支持，在战略意义上是一样的！