陆洪涛被带到彭光烈指挥部，彭光烈一问大惊他意识到自己击溃了陕甘一镇主要是将统制给活捉了。便马上找了五十人将他们押到成都。
孙兆鸾这时率兵四千多人已夺回数地。并直逼昌都。
昌都貌似是入藏必打之地，历朝历代皆如此。
昌都集中了两千名全副英式装备的亲英藏军，主帅是达赖，他下令：全军等川军靠近后开枪，节省弹药。
孙兆鸾率兵准备夜袭藏军阵地。晚上，藏军阵地上士兵懒散地倒在战壕里。
两个藏军士兵用藏语在战壕里交谈：“听说川军杀人比狼还可怕。”
另一个藏兵轻蔑地说：“只要他们是人我就不怕他们。“那个藏兵说完还带有一丝轻蔑地笑了笑。
这时一群川兵悄悄地冲入战壕，用手捂住藏兵的嘴并一刀杀掉，正杀着，一个藏兵看到后马上朝天开了枪，所有藏兵惊起。
孙兆鸾看后掏出佩枪并大声说：“开枪打”。
说完，一阵枪响，对方也开枪还击。川军士兵不断倒下，藏兵那边也好不到那儿去，也倒下了一大片。达赖身穿英式军装，在指挥部顶上用望远镜看着一切。
达赖看到藏军士兵有些不利，便马上用藏语对身边的副官道：“快让炮兵朝川军开炮。”
那个副官犹豫道：“若开炮会伤着自己人。”达赖听后拔出英格兰将刀，说：“不去者死。”“是”。
可命令传到炮兵那儿，炮兵不乐意了。你现在下狠心杀他们，以后就有可能杀自己。于是炮兵们决定造反。
两门英造阿姆斯特朗12英寸后装填弹式加农炮齐朝达赖指挥部同时开炮。两炮同时命中指挥部，达赖被气浪冲飞，整个指挥部标炸成碎片。
藏兵剩下的一千三百多人全部投降。达赖要爬着逃。而被一个川兵发现没死，便朝达赖开了一枪，达赖当场毙命。
此战川军大胜仅战死一百人，伤五十人。缴获英造阿姆斯特朗12英寸后装填弹式加农炮2门，英造士乃得步枪两千支。
随后川军向拉萨进军。种颖得知后大惊马上派两千川军与一万多藏军（全抓的壮丁）在拉萨附近设防。
在拉萨清军阵地，种颖身穿清朝八旗正黄旗棉甲，种颖还临时修筑了八个炮兵阵地（一阵地2门法造过山炮）。二十四挺马克沁重机枪齐摆在主阵地上。种颖命炮兵一旦川军进攻，马上开炮。
十三世班禅听到川军所占藏地情况后，决定杀了种颖然后归顺四川。并召集了二十个勇士准备行刺。
而班禅的手下大臣扎西让反对道：“如今决不可冲动，看川军与清军怎么打，如果川军胜了，咱们再宣布藏地归谁。绝不可贸然行事，如今错一步便会死无葬身之地。三思啊？”班禅听后觉得有道理便听从他的话。
20日，孙兆鸾率兵共四千多人已到拉萨附近。并定下战策：64标与新兵一千多人全上刺刀冲上去，剩下的人准备。因为孙兆鸾知道清军有16门法造过山炮，所以才这样。
晚8点，总攻开始了，三千多名身穿土黄色军装的川军士兵冲向藏兵阵地。
那两千川军与一万多藏兵全被川军的呐喊声惊了，因为又是晚上，所以藏兵炮乱打，枪乱开。并且还发生了一个搞笑的事：一个炮兵阵地你说你乱放炮就乱放吧，竟吃饱了撑的朝藏军一个阵地连开了两炮，并且全部命中，那个阵地是种颖将所有主力全集中在那个阵地上，那支主力没打上川军，反而让自己人的两炮给全打没了。
只见藏军主阵地挨了两炮后，机枪，步枪，尸体乱倒。而川军士兵冲了上去，向藏军一阵乱砍。那些藏兵被炮打懵了，早就已经不行了，再让川军这一阵乱砍。这支军队马上就溃了。
大军大败，溃兵全逃向都统府，阵地上的藏军跑的票额，投降的投降。
孙兆鸾又打了胜仗。他让这些降兵全到藏军军营。班禅听后大喜，连忙带人前去迎接川军。孙兆鸾命64标本部包围都统府。并带剩下的部队前往班禅宫。
在都统府，溃兵狼狈不堪的守着都统府。种颖为体现其贵族精神（其全名为爱新觉罗.种颖算是个满清贵族吧），决定率溃兵冲出去突围。他召集所有士兵道：“全军准备，杀出去。”
而这些人已无心再战，一个从肩章上看为协参领军衔的军官，大喊：“川人不打川人，老子不打了。”说完，引起士兵们的赞同。
种颖马上朝那个军官开了一枪，这一枪，可就引起这些兵的不满了。人家给你卖命，你还开枪打人家，你当人家是傻子啊，不反你龟儿子才怪呢！
这些士兵马上子弹齐上膛，齐朝种颖开枪，那时大概有一千人一千发子弹齐射向种颖。那场景可以想象：种颖的正黄旗棉甲被血染成了红色。
种颖死的时候连眼睛都没来得及合上，就倒地死了。那一千名士兵全部投降了川军。
孙兆鸾与班禅会合后，他派会藏语的人对班禅用藏语宣读尹昌衡的信。
信中内容大致为藏地实行自治，四川不派任何川军驻藏，还会派人帮忙训练士兵，但还要为川军组建两个藏兵镇。在西藏建学校，建工厂。藏地改为西藏自治署。由班禅任自治署统，全藏税收每月一半上交四川，一半纳入自治署府用于日常开支，同时授班禅少将衔。
班禅听后十分满意的点了点头，表示愿意遵守都督意。孙兆鸾率兵暂驻藏地，以防英国干涉军。