虽然李成梁己经解职，但是努尔哈赤和李家仍然保持密切联系。
万历二十年抗倭援朝战争爆发后，李成梁的长子李如松率军赴朝作战。努尔哈赤申请派兵跟随李如松入朝，明廷没有批准。
努尔哈赤为什么要申请赴朝作战，是谁出的主意，朝廷为什么不批准，不得而知，但是这件事情充分显示了努尔哈赤与李家不同寻常的关系。
此外，努尔哈赤的侄女嫁给了李成梁二子李如柏为妾，并生有一子，努尔哈赤与李家好上加亲。
万历二十五年冬，李如松从朝鲜战场得胜归来，接替董一元任辽东总兵，海西四部一看努尔哈赤的靠山回来了，急忙见风使舵，一同派出使者到费阿拉向努尔哈赤谢罪，他们的使者对努尔哈赤说：“以前是我们不对，以至兵败损名，从今以后，我们要和好如初，互相结亲。”
第二年四月，蒙古土蛮寇犯辽东，李如松率轻骑远出捣巢，中伏战死，其弟李如梅接任辽东总兵。也许是受到李如松战死的影响，李如梅变得明哲保身，很少出战，不久因“拥兵畏敌”之罪被撤。
万历二十九年，李成梁老树开花，以七十五岁高龄，再次出任辽东总兵，在辽东又镇守了八年。
努尔哈赤利用这一段时间取得了对海西女真的绝对优势，灭哈达、辉发、蚕食乌拉，兼并女真的野心逐渐暴露。
万历三十四年，李成梁放弃六堡，把居民迁到内地，部分居民不肯离去，李成梁派兵驱赶，杀死不从令者，李成梁却以招复逃人为名向朝廷报功，增秩受赏。
对于放弃六堡这件事，大多数人持否定态度，认为这是李成梁自毁长城，将八百里国土拱手让于努尔哈赤，是卖国行为。但从另一个角度看，李成梁此举也是为了遏制努尔哈赤。
明朝遏制女真的手段主要有二：一是经济手段；二是军事手段。
李成梁与努尔哈赤的特殊关系，不可能撕破脸皮大打出手，只有采取经济手段。
六堡作为明朝与女真的结合部，是汉人与女真人联系的桥头堡，明朝先进的生产力和先进文化通过六堡传到建州女真地区，客观上促进了建州女真的发展壮大。
这种促进不仅体现在经济文化上，也体现在人口素质上。六堡地区经过几十年的发展，人口不断增加，己经达到六万户，人口在二十万以上。建州人口稀少，一旦打仗就没有人从事生产，极其需要人员来发展生产，扩充队伍，因此人口对建州来说是很宝贵的财富，随着努尔哈赤占领的地盘越来越大，这种需求也不断增长。
建州女真地广人稀，物产丰富，吸引了不少汉族人逃往建州，建州女真人汉化程度较高，与汉人隔阂很小，对于来自天朝上国的汉人，并不排拆，努尔哈赤更是从小与汉人打交道，能识汉字，说汉语，常与汉人打成一片。
大量汉人逃往建州促进了建州经济和军事力量的发展和人口素质的提高，这也是建州女真能够迅速发展壮大，超过海西女真的重要原因。
明朝严令禁止汉人逃往女真人地区，要求女真人将逃亡的汉人遣回，朝鲜史书记载，努尔哈赤曾经多次“刷还人口于抚顺”。
但是随着六堡人口的增多，逃逸人口也不断增加，很难进行有效的管理，另一方面，努尔哈赤翅膀变硬以后，不如原先听话，能否继续“刷还人口”，很难保证，唯一的办法，就是将六堡的汉人迁回。
放弃六堡的另外一个重要原因是李成梁担心女真对六堡发起进攻，六堡军事力量弱小，主要功能是生活区，很容易招致攻击，一旦被攻击肯定会造成巨大损失，而李成梁将会因此获罪，一世英名，毁于一旦。
后来的事实证明，像抚顺、清河、开原、铁岭这些比较大的城市都被努尔哈赤轻易拿下，六堡更是不在话下。
总之，六堡的存在，只能促进女真尤其是建州女真的发展，而对我方则是一个定时**。因此李成梁才会采取强制手段，不惜杀人，也要放弃六堡。这也说明了李成梁虽然对努尔哈赤的崛起负有不可推卸的责任，但是他并没有完全放弃自己的职责。
李成梁放弃六堡，标志着努尔哈赤己经强大到难以控制，对明朝形成了威胁，而李成梁对努尔哈赤的态度也从扶持利用转变为防范，对于努尔哈赤来讲，李成梁也渐渐从靠山变成了绊脚石，许多事情，还要顾忌李成梁的观感。
努尔哈赤的崛起除了与李成梁的纵容和支持有关以外，也与明朝统治集团内部的党争有直接关系。
万历二十九年，李成梁第二次任职辽东的时候，党争己经日趋激烈，李成梁对于庙堂之争不感兴趣，他只想做他的东北王。朝臣对李成梁也不感兴趣，因为他地处偏远，是地方官，远离权力中心。李成梁和他所负责的辽东问题都被边缘化。这为李成梁实行“绥靖”政策提供了条件，而努尔哈赤正是利用这段时间闷声发大财，逐渐坐大。
万历三十六年，明**再次罢免李成梁，并对后金实行经济封锁，停止了朝贡，第二年又关闭了市场。
这么做虽然起到了遏制努尔哈赤的作用，但也为努尔哈赤搬掉了李成梁这个绊脚石，使他不再投鼠忌器，扩张的脚步迈得更快。
此后几年，努尔哈赤吞并乌拉、攻打叶赫、归服东海女真，定八旗制，建都赫图阿拉，基本上完成了对的女真统一。
万历四十四年（1616年）正月，李成梁死后几个月，努尔哈赤在赫图阿拉称汗，建立“大金”政权，建元“天命”。
他还是很给李成梁面子的。