加尔各答堡被土邦大军包围的时候，南洋舰队在印度半岛的西海岸包围了葡萄牙人的总部果阿。
南洋舰队的8艘大帆船、东印度公司的2艘盖伦船和7艘小艇、尼德兰人的2艘盖伦船和3艘小艇出现在果阿城外面，要求葡萄牙人放弃抵抗投降。
葡萄牙人作为第一个开启大航海时代的国家，到这个时候也算是倒了八辈子血霉，被波斯人、印度人从附近海岸赶走，据点也先后被尼德兰、不列颠、华夏夺走。
果阿城中此时就有几年前被九州军从马六甲赶走的葡萄牙人，他们没有返回欧洲，而是在被释放后部分迁移到了果阿城。葡萄牙人为了增加对这里的影响力，他们从葡萄牙本土迁移人口过来，还鼓励男子和当地的妇女通婚来增加人口，使得这里的人口达到了将近10000人。
这些人成为了这里的半永久居民，不愿意接受东印度公司的管理，所以他们拒绝了投降。
葡萄牙人在果阿城外面的浅滩、河流一带建造栅栏，还凿沉了部分船只堵塞航道，葡萄牙人的各种战船将炮口朝向联合船队到来的方向。
“葡萄牙人果然没有那么容易投降，他们这是打算要顽抗下去。”邓千龙在观察果阿城的情形。
这座葡萄牙人的总部位于河流入海口，有河流和海滩作为保护，只要有一支强大的舰队，那么土著大军很难攻破果阿城。
但是一旦没法控制河流和海洋，那么果阿城就陷入了困境。
“他们部分性能较好的盖伦船被西班牙国王调回了欧洲，参与和尼德兰人的战争，所以尼德兰人才愿意在这次行动中帮助我们一同围攻葡萄牙人。”佛朗西斯日说道。
“分一支步兵和炮兵到岸上进行围攻准备，在我们消灭他们的船队后从陆地上对他们进行强攻。”邓千龙对这次大围攻充满信心，不过他也做好了付出代价的准备。
葡萄牙人在东印度还是有着一支强大的船队，他们在这里拥有着4艘盖伦帆船、2艘大型桨帆船、30艘小型桨帆船，其中2艘盖伦帆船是几年前从马六甲撤回的船只。如果不是西班牙国王将部分盖伦帆船调往欧洲战场，这里可能有更多的帆船。
对葡萄牙人的大围攻开始了！
葡萄牙人的船队逡巡在海岸，试图阻止联合船队进行登陆行动，联合船队对葡萄牙人的船队展开了激烈的炮击，同时掩护登陆部队乘坐小艇送上海滩。
大海上大炮轰鸣、烟雾弥漫，葡萄牙人的船队受到了猛烈的重创，大魏号风帆战列舰与一艘葡萄牙的盖伦船几乎贴在一起缠斗！
大海上的战斗持续了超过4个小时，其中1艘大型桨帆船和7艘小型桨帆船被南洋舰队的火炮击沉，2艘盖伦帆船被重创！
葡萄牙人见无法阻止对方的部队登陆，他们只好退回了港口之中。
一支步兵和炮兵组成的围攻小队得以在果阿城以南登陆，这支小队由700南洋舰队官兵、200东印度公司的雇佣兵、100尼德兰人，共计1000人。
他们在岸上扎营，同时开始在当地招募挖掘坑道的土著，他们使用货物和金银在当地和葡萄牙人交恶的封建主那里招募了超过5000名土著来进行土木作业。
联合船队彻底断绝了果阿城和外界的联系，随即船队的重炮对港口内的剩余船只进行炮击，而果阿城中的葡萄牙人只能够默默地承受联合船队对果阿城的炮击，不断有船只被击沉，他们只能够偶尔用为数不多的海防火炮还击。他们的火炮要同时防守海洋和陆地，火炮的数量已经不足了！
“开始攻城！”
联合船队取得制海权后，超过5000名土著围着果阿城，在华夏人的指使下挖掘与果阿城平行的壕沟，并且呈之字形向果阿城推进！
大围攻持续了两个月，巨大的消耗让要塞内的弹药库存告罄。联合船队的持续封锁也让守军的口粮供应中断，接着是水源储备的急剧减少。
多重火力压制、围攻的守军日益逼近，随着土著大军挖掘的壕沟距离要塞不到100米，南洋舰队送到岸上的榴弹炮已经可以轻易地越过城墙对果阿城杀伤里面的士兵、居民和建筑，要塞内的葡萄牙人终于开始动摇。
他们之前可是没有想到有这样的大围攻！相应的，他们没有在果阿城准备很多的物资储备，整整两个月的大围攻让物资消耗超出了他们的想象！
如果仅仅是从陆地上的正面强攻，他们还能够坚守更久，然而联合船队从水面的封锁却是更加致命，他们没有办法从外界获得支援和补给。
孟买七岛还有少量的葡萄牙守军，这支守军别说支援，就是自保都是一个难题。
“总督，城外的敌人已经将壕沟推进到了距离胸墙70码的距离，他们只需要两三日的快速作业就能够占领胸墙，很快就会用炸药对中堤进行爆破……照目前的消耗量下去，只要一个月的时间我们的火药就会消耗殆尽……”
“见鬼，更加糟糕的是我们没有足够的粮食了，现在每个人的分量是平时的一半，体力完全跟不上，部分食物还开始腐臭……”
“欧洲那边不可能派出舰队来救援我们，就算派出了救援船队，从欧洲到这里也根本来不及！”
果阿城中的葡萄牙人人心溃散，纷纷向他们的总督施压。
果阿总督一开始还希望希望率军死战到底，此时见到大围攻下其余人士气低落，估计无法守住果阿城。
“我们的果阿城经营了将近100年，实在不甘心就此让出来。不如将敌人放进果阿城，我引爆弹药库与敌人同归于尽！”葡萄牙总督眉头紧锁，环视自己的手下们。
“可是总督大人，果阿城还有不少妇女和孩子，要是我们引爆弹药库，进攻的野蛮人一定会因为愤怒而屠城，我们不能害了他们。”
“果阿城对于一些很早就在这里定居的人而言，这里就是他们的家园，引爆弹药库会摧毁这里。”
一众葡萄牙人阻止了总督疯狂的想法。