七月初五，洛阳的福王朱常洵宣布加入反军，河南顿时大乱。肃王的大军一路势如破竹，到七月下旬已经攻占了半个河南。
然而最早爆发大规模战争的是卜失兔与满桂之间的战争。自大明击败东土默特部，重建兴和所和开平卫之后，西土默特部慑于大明的兵威，再次向朱由校称臣纳贡。
而在朱由校准备推行削藩令之后，肃王朱识鋐就起了反心，他首先暗中联络其他的诸位藩王，同时联络陕西的各路边军。陕西的边军军官对朱由校的军队整编方案是非常反感的，而底下士兵又长年缺饷，在军官的挑唆下，陕西边军积极响应了肃王的造反。
肃王朱识鋐在获得庆王、瑞王以及边军的支持之后，他学习朱棣的方法，暗中联络蒙古各部，希望从蒙古借兵。而朱由校屡次击败蒙古大军，积极北进，使得蒙古各部也非常反感朱由校。此时肃王许以重诺，他的借兵请求，首先获得了额璘臣的响应，他出兵两万帮助肃王进攻朱由校。
而卜失兔在得到肃王重诺之后，也同意出兵夹击山西的满桂。满桂在晋西南采取了守势，而且晋西南并不适合大规模骑兵作战，龙腾军的一万龙骑兵也全部留在了大同府。
在得到卜失兔出兵的消息之后，尤其是在虎跃军击败东土默特部之后，陈四和祖大寿都被封爵，满桂大受刺激，只是满桂没有得到朱由校的命令，他不得不一直守在大同。此次卜失兔出兵，满桂决定放弃守势主动进攻，要在野外歼灭卜失兔的主力，为自己正名，为自己争取爵位。
卜失兔和满桂决战的地点选在原镇虏卫附近的赤儿山山脚。卜失兔吸取前两次蒙古人和新军作战失败的经验，这次并没有主动发起攻击，而是准备和满桂相持。
“大人，卜失兔似乎在等大人率先发起攻击。”副将麻登云说道。麻登云现在是龙腾军龙骑兵的提督。
“敌军左右两翼占据了地势之利，不利于我龙骑兵冲锋，命左右两翼向前推进，用大炮轰击敌军。”满桂说道。
“大人，只是步兵一动，可就很维持阵型了。”麻登云说道。
“无妨，如果卜失兔全力出击，龙骑兵立刻迎上去，本将就是要用骑兵击溃卜失兔的大军，彻底熄灭卜失兔的野心。”满桂吩咐道。
“诺。”
明军左右两翼主要由步兵组成，一边配以两千龙骑兵。在得到满桂的命令之后，左右两翼迅速变更阵型，变成了进攻的阵型，缓慢地向卜失兔的大军推进。步兵炮的射程远，威力大，但是受限于运输，满桂一共才带了四门，其余都是骑兵炮和虎蹲炮。虽然这四门步兵炮并没有给卜失兔的军队造成太大的伤害，但是却给了卜失兔造成了巨大的心理压力。
卜失兔看到明军变换阵型之后，也没有立刻发起攻击，但在受到步兵炮的攻击之后，卜失兔终于忍不住了。西土默特军的左右两翼同时迎了上来。
西土默特军也知道正面攻击明军的左右两翼，是一件费力不讨好的事情，他们迅速选择了从防守薄弱的侧面发起攻击。
“左右两翼的龙骑兵出击。”满桂见到西土默特的攻势之后，立刻下令道。
明军的龙骑兵也从步兵的侧翼冲了出来，正面迎上西土默特的骑兵。龙腾军的龙骑兵组建最早，也是新军中最精锐的一支龙骑兵，其中一半为蒙古人，一半为汉人。龙骑兵都是手持马枪，在射击完成之后，能迅速换成马刀。
大明的龙骑兵虽叫龙骑兵，但和历史上所说的龙骑兵有很大的区别，龙腾军的龙骑兵更是如此。龙腾军的龙骑兵已经完成了换装，军队配有一支马枪，一只手枪和一把马刀，身着棉甲和带有马刺的马靴，更类似于后世的骠骑兵。说到底，骑兵这个兵种就是用钱堆出来的。
龙骑兵的马枪射程比弓箭远，在距离百八十米远的距离便可以率先开枪，这个距离不需要精度，完全依靠子弹密度来压制，瞬间西土默特人冲在最前面的骑兵便人仰马翻。西土默特人楞了一下之后，迅速开始用弓箭反击，明军的棉甲的防御性能极好，再加上距离，能挡下大部分的弓箭。
两军很快就短兵相接了。明军的骑战与西土默特人不相上下，但明军却有火器的支持，一时间西土默特人被打懵了。左右两翼的西土默特人骑兵各有五千，在面对明军的两千龙骑兵冲击之下，居然开始有崩溃的迹象。
卜失兔显然也没想到明军的龙骑兵会有这么厉害，就在他犹豫的瞬间，满桂的中军发起了攻击。卜失兔见势不妙，毫不犹豫地就选择了撤退。
整场战争只不过打了半天的时间，明军就以卜失兔主动撤退取得了胜利。卜失兔率领的大军一直撤到了原玉林卫才停了下来。
满桂考虑到后勤补给等问题，并没有展开追击，而是在原镇虏卫与玉林卫的卜失兔展开了对峙。
就在朱由校与叛军的激战如火如荼的进行的时候，天启八年七月二十三日，浙江海溢，人畜庐舍漂溺无数，嘉兴飓风淫雨，滨海及城郊居民被溺死者不可胜计。绍兴大风，海水直入郡城，街市可行舟。山阴、会稽、箫山、上虞、余姚被溺死者，各以万计。
朱由校不得不将准备调往战场粮草一部分用于浙江的救灾，庆幸的是国库的情况现在开始好转，内阁在不需要动用内帑情况也能完成救灾，而且经过这么多次的救灾，在朝廷已经形成了一整套完整的程序，使得救灾这样的事情，现在无须朱由校操心，内阁已经能完全应付自如。
这场灾害是今年最大的一场灾害，人员死伤数以万计，财产损失更是不计其数，更有让无数的人无家可归。邓玉函主动请缨参加了吴有性的救援防疫医疗小队，他受到吴有性的影响，现在对瘟疫研究有了很大的兴趣。