这一次孟飞领兵攻入倭国，下达了一个让所有兵将都有点震惊的消息，那就是取消了大中军以前的许多军纪约束，什么烧杀抢掠、强奸滥杀，完全不受约束，前提是只要作战的时候听从命令，不乱来就行，打赢了之后，随着他们随便抢，随便杀，女人随便玩儿。
这一下这些兵将们有点傻眼，但是很快人类的原始兽性便被彻底他们释放了出来，日本人算是彻底倒了大霉了。
大中军所过之处，可以说是严格执行了三光政策，烧光杀光抢光，先把那些身强力壮并且愿意倒戈投降，跟着大中军当带路党的家伙收编，然后逼着他们把剩下那些带把的公的能杀的都杀掉，有些则就地阉掉，然后用铁丝穿住他们的琵琶骨，穿成串填入运输船之中，能活下来的就运回国内去，填入到各种劳役营，去做各种苦力，修路、修河，修桥、筑城都需要人来干，正好这些被俘的倭人，就成了最好的劳力。
吃的不讲究，只要暂时饿不死就行，住的简单，天为被地为床，冷的话挤一挤暖和了，实在是架不住冻死了，正好是不错的肥料，反正这些人不是人，圣上有旨，可以不把他们当人对待。
至于那些年轻的日本女人，则俘虏之后装船运回国内，大批被通过新成立的教坊司——— ..填入到了勾栏瓦舍之中，充当了妓女，着实招来了不少好色之徒前去尝鲜，大大的给大中财政增添了一笔不菲的收入，也满足了很多龌龊的男人的怪癖。
反正现在也没有什么日内瓦公约，在这个时代屠杀战俘，是不会遭到任何人谴责的，也不会招致其他国家的武力干涉，所以东征倭国的大中军兵将，着实把人性最丑陋的一面给挥洒的淋漓尽致。
于孝天给孟飞下的旨意，是给他两年时间，把倭国给灭掉，孟飞显然是个干将，忠实的履行了他的职责，率领着麾下的大中军和朝鲜仆从军，用了九个月的时间，便攻克了日本的京都，将被日本人视作为神的后光明天皇生擒活捉，大中军纵火烧毁了京都。
德川家光最后集结日本残存的所有兵力，又召集了所有可以参战的农民，在承天六年夏天，对大中军发动了最后一次反击。
双方展开了一场鏖战，整整激战了四天天，虽然倭军方面做的是背水一战，意图拼一个鱼死网破，但是这些临时征集的平民组成的倭军，不管是士气还是战斗技能亦或是装备质量，都完全和大中军无法相提并论，甚至于连和那些被充作炮灰的高丽棒子和倭奸自称的挺刀队也完全不是一个级别，只能凭着最后的一腔血勇蜂拥而上，这样的战斗已经不能称之为战斗了，完全可以说是一边倒的屠杀，七天下来，足足十几万临时拼凑的倭军成为了尸体，整个战场上尸山血海，就连那些久经战阵的大中军精锐兵将们，看着眼前这等惨状，也感到有点不舒服。
七日之后整个倭军终于彻彻底底的崩溃，残存的倭人如同雪崩一般的朝着四面八方逃去，而德川家光眼看再无翻盘的可能，在战败之际切腹自尽。
至此整个日本的抵抗全部瓦解，只剩下了零星的地方武装还在做着垂死的挣扎，但是在大中军和朝鲜仆从军的围剿之下，一股股的逐渐被绞杀。
而倭国也就此彻底宣告覆灭。
随军的一些大中朝军中员记录下了这一场灭国之战，后来带回了国内，一些大中朝的官员看到了着一些有关东征之战的记录，感觉这么做实在是太过残忍，于是向于孝天建言，劝于孝天能下旨阻止大中军如此暴行。
但是于孝天对此置之不理，并且下旨查没所有有关东征的书面记载，并且向孟飞下达了封口令，着令孟飞对所有东征参战的人员，下达封口令，不得将他们在倭国所制造的各种暴行，传回国内。
整个东征倭国之战，算上后期对各地的清剿，一共历时两年时间，整个倭国基本上没大中军全面控制，可以说倭国各地，都被杀的是尸横遍野，后来以至于连收尸的人都找不到了，无奈之下孟飞为了避免给大中军造成瘟疫蔓延，这才下令减少了屠杀，留下一部分倭人，专门收尸，大量尸体就地直接挖出大坑掩埋，靠近海边的则把尸体直接投入大海喂鱼。
后世有史家曾经对这场东征之战进行了一番考察，当时日本人口总共已经达到了将近五千万人左右，但是在战争结束之后，整个日本据说只剩下了不到五百万人口，整个人口十去其九，史称戊子之屠。
即便是后来剩下的这不足五百万倭人，在后来持续的十几年反复的屠杀事件之中，也基本上彻底泯灭，包括倭国留下的各种历史献以及诸多建筑遗迹，也都纷纷被泯灭，甚至于连倭国的字，也被禁绝使用，最终导致历史上东方岛国日本，成了一个谜一般的过去式。
因为后来在东征结束之后，当时的主帅孟飞，下令焚毁了所有在日本找到的字方面的资料，除了极个别的有关技术方面的献翻译留存，其余的基本上都进行了焚毁，同时还下令废止日，残存下来的倭人，也全部改汉语，任何人不得再说日语，或者使用日记载事情。
以至于后世的史家，基本上找不到有关日本历史的记载，这个民族在大中朝承天年间，就如同人间蒸发了一般，彻底的泯没在了历史河之中。
后世史家只能从一些大中朝的地方历史记载之中，寻找到一些有关倭奴方面的记载，只知道在这一段时间，大中朝曾经发动过一次大规模的征倭军事行动，但是具体发生了什么，都没有详细的记载，仿佛经此一战之后，倭国如同人间蒸发了一般，只能从其它一些国家历史献之中，寻找到有关倭国的一些记载。
当然于孝天想要从这个世界上彻底灭绝倭人，也并不可能，因为这个时代因为日本禁止天主教在日本传教，并且迫害当时日本的天主教徒，逼迫不少日本的天主教徒离开了日本，逃亡在外，分布在东南亚很多地方，于孝天即便是灭了倭国，也无法彻底将这些流散的倭人全部干掉，导致了部分流散的倭人得以了幸存，多多少少的在世界上留下了一些倭人的遗种。
大中朝一些地方史之中记载了当时在承天年间，东征倭国之战以后，大中朝各地都出现了大量的被阉割的倭奴，在各地从事最艰苦的劳役。
这些倭奴在承天年间，可以说为大中朝本土的基础建设做出了巨大的贡献，也付出了极其惨重的代价，因为他们都是被阉割过的人，期极其沉重的劳作，使得他们死亡的很快，仅仅十年之间，这些倭奴便基本上全部死亡，而且他们无法留下任何后代。
在这一时期，大中朝的色情业也得到了极大的发展，大中朝各地涌入了大量的倭女，被充入到了各地官办的妓院之中，同时一些私人妓院，也打量购买了许多倭女，但是随着这些倭女年老色衰之后，渐渐的也就退出了妓院，嫁给了一些穷人，或者有钱人为妾。
后世之人只是从一些据传是这些倭女生下的后裔那里，多少流传下来了一些有关当年大中军东征倭国，所制造的一些惨案。
在二三百年之后，一些考古家在后世已经改称为东海省的旧日本的一些地方，发掘出了大量的万人坑，特别是在京都一带的地方，曾经发掘出来了一个超大型的万人坑，根据面积和单位面积之中尸骨的数量，大致判断出这个超大型万人坑之中，起码填埋的尸体，超过了十万人之众。
还有一些山谷之中，后世也发现了大量的白骨，数量根本无法进行统计，总而言之，在大中朝承天年期间，旧时的一个曾经被称作日本的国家，就这么像是人间蒸发了一般。
而那些当年参战的大中军兵将，在回国之后，对于他们在东征期间所作所为，绝大多数人都闭口不谈，甚至连家人询问，也绝不肯多说他们都做过什么事情。
只有极少数人，偷偷的记载了一些有关这次东征的一些他们的所见所闻，还有他们亲自干的事情，后来被他们的子孙后代，流传到了后世，成为了对于这一段历史极少量的字记载，证明了在承天年间，大中皇帝于孝天，曾经下旨对一个民族，进行了一次惨绝人寰的大屠杀，将一个曾经自称大和的民族，彻底从这个世界上抹杀掉了，甚至连他们存在的历史，也随着一起被抹杀掉，以至于这个民族，成了后世很多好奇的者心中的一个谜。
后世有史家评价于孝天的一生的时候，说于孝天乃是一个天纵之才，同时也是一个手上沾满血腥的刽子手，可以说是一个非常非常的矛盾结合体。
一方面他对华人宅心仁厚，出台了非常多惠及广大普通民众的政策，但是同时他也是一个极其凶残的人，在他在位期间，曾经灭亡了很多个国家，甚至是灭绝了很多个民族。
而历史上东征倭国之战，可以说是他人生之中，干过的最为残忍的一件事，虽然后世之人知道曾经历史上的倭国，有过很多劣行，在大明朝的一二百年之间，有大量的倭寇活动于中国沿海一带，曾经给中国沿海一带的百姓造成了极其惨重的损失。
但是相比于孝天后来屠灭了整个倭国，灭绝了史上自称为大和民族的行为相比，却可以说用千倍万倍以上的手段，报复了这个民族。
很多人想不通，作为一个中国历史上最伟大的明君，于孝天为何如此痛恨这个大和民族，以至于灭掉了倭国之后，甚至还要把整个大和民族给灭绝掉，这件事也最终彻彻底底的成为了一个不解之谜。
就在东征倭国之战，还没有最终结束的时候，承天六年初，于孝天离开了京师，亲自前往了大连造船厂，参加了一条船的下水仪式。