既然决心成为枭雄，那就必须铁血无情。杀死了自己的两个叔父诺颜乌巴什、布颜布尔罕后，苏勒坦立即命心腹罗卜藏、那日松率军接管了二人的部众，又命人将叔父的家眷流放到铁门关。
自觉坐稳了大台吉的宝座，十三岁的少年便想飞了，他要改革，想以大明朝的官制改革蒙古。
大明朝的官制好！以内阁为最高行政机构，下设六部（吏户礼兵刑工）、三府（五军都督府、宗人府、詹事府）、五寺（大理寺、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺）、两监（国子监、钦天监）、一司（通政使司）、三院（翰林院、都察院、太医院）；地方设省、府、县三级，各省设三使司衙门，其上又有总督、巡抚。
然而，路漫漫其修远兮，改革会触犯蒙古诺颜们的利益。这些诺颜在自己的领地都是土皇帝，个个有兵，弄不好便会激起反叛，狼烟四起。
治大国若烹小鲜，苏勒坦懂得这一点。先是造势，让手下大力鼓吹“恢复大元旧制”。明朝的官制来源于元朝，最大的不同是罢宰相职，以内阁代之；地方上则将五花八门的中书省、宣慰使司、诸路万户府、诸路总管府、散府、诸州、诸县、诸军简化为省、府、县三级。所谓“恢复大元旧制”，其实是披着羊头卖狗肉，要搞大明朝的那一套。
卫拉特的官制从北元演化而来，中枢层级其实已经有了与大明类似的职能，比如，图什墨尔相当于阁臣，扎尔固齐相当于六部之长；关键在于地方，大大小小的诺颜掌控着地方军政大权，中央对地方的掌控力弱。
不过，造势归造势，苏勒坦并没有急着向各地的鄂托克派出官员，将诺颜们的权力收归中央。而是雷声大，雨点小，仅在大台吉的直属领地试行改革。自己的领地，想怎么改便怎么改，谁也说不出什么。
先改革中枢。设置内阁，以三位图什墨尔（参决政事之臣）：巴图和坦、铁钼尔、那苏图为阁臣，巴图和坦为首辅，铁钼尔为次辅；又设吏、户、礼、兵、刑、工六部，将原先的三名扎尔固齐增补为六人，各管一部，称尚书；其余官员皆仿明制，不过因为人口较少，很多官职暂未设立。
蒙古人习惯了旧制，忽然冒出许多新鲜的官职来，自然有些不适应。可是因为到处都在宣传，大元朝当年就是实施的三省六部制，大台吉如今是在恢复大元旧制，谁若是反对，便是不爱大元、不忠于蒙古。这么一宣传，反对的声音便小了。说到底，中枢各官本来就是大台吉的属官，大台吉改革自己王庭的官制，并没有触犯诺颜们的利益，他们自然没必要反对。很多诺颜不但不反对，反而高声称赞苏勒坦“恢复大元旧制”是鸿图大展、志存高远。
见第一步迈得还算顺利，苏勒坦暗舒一口气，小心翼翼地推行地方层级改革。
他的第二把火烧向了自己的直属领地。裕勒都斯、叉力失、库车这三个府，老父亲已经改革完毕，设了知府、知县等官，无需再改。剩下的便是直属牧地了。他将自己的直属牧地划分为五个鄂托克，实行军政分离，以千户长专管军事，宰桑专管民政，德木齐管司法，收楞额管税收。最大的特色便是在鄂托克内増设千户长一职掌军，取消了宰桑的军权；其次，德木齐、收楞额等属官，虽然仍为宰桑属官，却由吏部考核任命。这便大大加强了中央集权。
第三把火按说应该烧向辉特部内的鄂罗哩克、纳木占、阿勒达尔、额尔克等台吉。
在各自的鄂托克内，他们既担任着宰桑，又掌管着军事，还可以任命德木齐、收楞额等属官，权力太大，容易尾大不掉！
可真要动手时，苏勒坦却犹豫了。这些台吉可不好惹，逼急了是要率兵造反的。思来想去，决定温水煮青蛙、慢慢来，仍让他们兼任宰桑、千户长二职，只将鄂托克内的税收权、司法权收回。规定鄂托克内的司法官（德木齐）、收税官（收楞额）不再由宰桑任免，而是由吏部任免。为了安抚这些诺颜，又规定这些台吉可以世代担任各自鄂托克的宰桑、千户长二职。
忙完这些，便开始完善军制。军队是苏勒坦的命根子，一定要改革，使其适应战争的需要。 如今的卫拉特军制，仍然维持着成吉思汗时代的老传统。军队多由各爱玛克、鄂托克的诺颜们在战时临时征召。因为缺少常备军，所以军队的训练不足。好在蒙古勇士自幼在马背上长大，他们的勇猛彪悍弥补了训练不足的缺点。
征服了叉力失、库车二府，又荡平了内乱，如今自己的属民达到了三十多万，是时候建立一支常备军巩固统治了。有兵才能做王嘛！
苏勒坦的剑眉微颤，下定了决心。
他宣布建立一支一万人的禁卫军，驻守各处要地。十人为什，设十户长；三什为队，设三十户长、副三十户长；三队百人为哨，设百户长、副百户长、哨镇抚（军纪官）；三哨为总，设都百户、副都百户、总镇抚；三总千人为营，设千户长、副千户长、营镇抚；三营为旗，设都千户、副都千户、镇抚使、粮秣转运使（六品，管文书辎重）；三旗万人为镇，设万户长、副万户长、都镇抚使、都粮秣转运使。
为了增加蒙古人的认同感，他以成吉思汗的“怯薛军”来为这支禁卫军命名，并自任怯薛军万户长。在裕勒都斯府驻扎了八千人，叉力失、库车各驻扎千人。
又在裕勒都斯府编练一千步兵，在叉力失、库车各编练三千步兵，每鄂托克编练一百骑兵，这些地方军队，军饷比禁卫军低，人数大约八千，统称为“守备军”，各设守备管辖。
忙完这些，苏勒坦大台吉总算初步完成了在辉特部内部的中央集权，巩固了自己的大台吉之位。野心勃勃的他，每日秣马励兵，准备着征服世界。