《内景经》还对《存思法》进行详细阐述。早期道教《太平经》中就有存思五脏神万病都可消除的说法，《内景经》继承这一思想并加以进一步发挥。认为“存思百念视节度”，即要求存思身中百神，呼吸上下如一而除杂念。并认为“可用存思登虚空”，这是把存思之法当作学仙之道。可以说，存思是道教上清派典型的修炼方法，也是《内景经》的核心内容。所谓存思之法，《内景经》中包含两个方面内容，一是指存思身内诸神，另外指存思身外之物。
道教认为人体多神，而以五脏神为主，故重视存思五脏神的色、形、气、服饰、姓名等。《内景经》对于存思心、肝、脾、肺、肾等五脏神，都分别加以论述，其中对存思心神的论述最多。如经中述道：“心典一体五藏（脏）王，动静念之道德行，清洁善气自明光，坐起吾俱共栋梁，昼日曜景暮闭藏，通利华精调阴阳。”这是认为心有神灵，且是五脏之王，倘若经常存思心神，那么阴阳和顺，脏腑调匀，均无疾病。存思肝神：“肝气郁勃清且长，罗列六府生三光，……五色云气纷青葱，闭目内眄自相望。”
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肝属东方木位，主青，故肝气旺盛清而且长时，如东方之木主春，肝为生气之本，闭目冥想生气遍照体内五脏之腑，与脏腑相应，上为五色云，如日月星辰光亮明彻，久久即可自己内视脏腑。“内视”是存思法中一种重要思想，就是指修炼者闭目存思，潜神入定后，内观形体，神气充溢而使体内朗然洞彻的景象。关于存思脾神：“脾长一尺掩太仓，中部老君治明堂，……黄衣紫带龙虎章，长精益命赖君王，三呼我名神自通。”脾居中宫，存思脾神，即可增长精气，延长寿命，心虚洞鉴，神灵自通。关于存思肺神：“肺部之宫似华盖，下有童子坐玉阙。……素锦衣裳黄云带，喘息呼吸体不快，急存白云和六气，神仙久视无灾害，同之不己形不滞。”肺为金宫，在五脏之上，状似华盖。
童子、白云都是指肺神。当喘息不定呼吸不畅、身体不快时，就赶紧存思肺神，便能调和六气而无灾害，常用此道，可保形体不枯衰。关于存思肾神：“肾部之宫玄阙园，中有童子冥上玄，……苍锦云衣舞龙幡，……百病千灾急当存，两部水王对门生，使人长生■九天。”肾为水宫。玄阙园，喻指肾之外形。童子、水王都是指肾神。当人正生病时，就应立即存思肾神，这样便能逢凶化吉，免除疾病而能升天成仙。
“三丹田” 《内景经》提出“三丹田”之说。关于三丹田之名，在此经之前的早期道教籍中尚未出现。《太平经》、《大洞真经》提到泥丸、心、脐等与之相关的名称，只有到了《内景经》才明确提出“三丹田”的概念。丹田有上、中、下之分，故合作“三田”。每一丹田中各居着一位神，故有“三神”。又因丹田之室，方圆一寸，故称寸田，下面分别简介三丹田。
一是关于吐纳行气的方法。《外景经》在《内景经》的基础上，继续强调这方面的内容，如“象龟引气至灵根”，“呼吸庐间入丹田”，讲的是人应当效法长寿之龟，引气到丹田，以保持体内元气。又如：“人尽食谷与五味，独食太和阴阳气”，“呼吸庐间以自偿，子保完坚身受庆”，讲的是常人都吃五谷，品五味，而修炼黄庭经者的形状只食太和阴阳气，以充实体内元气，经常这样做，就会使元气充足，神气合一身体健康无损。
二是关于咽津和宝精、固精的问题。道教常称津液为玉液、玉浆、醴泉、灵液等，认为此液由炼气而产生，是五脏之精华，甜美清香。若人们勤加修炼，漱津咽液，那么就以去病防病，强健身体。《外景经》很重视津液的作用，如“玉池清水灌灵根，审能修之可长存”，“玉池清水上生肥，灵根坚固老不衰”，“津液醴泉通六腑，随鼻上下开两耳，窥视天地存童子，调和精华治发齿，颜色光泽不复白”，可见经常叩齿咽津，可使齿坚发亮，童颜常驻，其妙无穷。历来道经甚重视宝精、固精的问题，《太平经》主张“人欲寿，当爱气尊神重精”，《内景经》也强调说：“急守精室勿妄泄，闭而宝之可长活。”《外景经》也强调固精、宝精的意义，如“长生要慎房中急，弃捐淫俗专子精……闭子精门可长活”，“急固子精以自持，……精神还归老复壮”。
三是恬淡无欲的思想。《外景经》反复强调这种思想，并在数处加以阐述：“物有自然道不烦，重拱无为身体安，虚无之居在帏间，寂寞廓然口不言”，“扶养性命守虚无，恬淡自乐何思虚”，“近存子身还自守，清静无为神留止”，“恬淡无欲养华茎，服食玄气可遂生”等等，这些都强调修炼者要恬淡无欲，清静无为、虚静自守。这些思想是对以老庄为代表的道家哲学思想加以继承，并有所发展，运用于存思修炼中。