除了前线部队和装备的损失之外。在这个期间季明还要担负另外的一场战争，而这场战争这发生在德军后方。按照苏联方面的统计，截至1942年4月，德占区游击队总人数已经增加到8万人，主要编为509个游击支队，隶属于93个游击兵团中。游击队的战斗编成，通常为连、排、班。为了统一指挥这些游击队，苏联最高统帅部大本营此前设立了游击运动总司令部以及各地区游击运动司令部。通过无线电，这些司令部得以和80%的游击队保持经常联系，并不断以空投等方式向游击队提供武器和指挥以及技术人员。
这些接受统一指挥的游击队，被视为苏联正规军的辅助力量，其主要任务：诸如破坏德军的后方交通运输，侦查德军的兵力和部署等等，都是以配合正规军作战为核心的。此外，苏联游击队也经常刺杀德国行政人员和职员，阻止德军在占领区掠夺人员和物资，甚至有时也会袭击德军小股守备队，攻取一些中小城镇。游击队的活跃程度，受到地域民族属性的影响：在被占领的俄罗斯和亲俄的白俄罗斯地区（主要是中央集团军群后方），游击队活动尤其频繁；其他地区，尤其是西乌克兰和波罗的海沿岸地区，则要逊色一些。在乌克兰地区，甚至有反苏和亲苏的两种游击队存在。
其实为了对付苏联游击队，鲁道夫赫斯就意识到了游击队的严重性，这些属于墙头草性质的部队总是在德军最薄弱的时候来上一下子。于是他本人早在1942年2月18日就签署了国防军统帅部第46号训令，要求在东方占领区加强和游击队的斗争，“集中从国防军各军种、党卫军和警察中抽调的合适兵力，迅速严厉、主动地打击游击队”。
而为了执行这个命令。德国人投入了相当庞大的力量。其中包括正规野战军地后方警卫警察部队；正规军后备部队；各种内务警察部队，和所谓的“当地部队”。以及德占苏联地区的所有其他德国人。
正规野战军后方警卫部队，包括陆军警卫师，大大小小的警卫和军事警察宪兵分队，以及匈牙利军队的几个师。他们主要负责警戒陆军后方的交通线、基地仓库、指挥所等等。另外，德军在后方的后勤和辅助人员，有时甚至还包括空军机场人员，也经常被用于反游击战。德国陆军总参谋长负责统一指挥正规军战区的反游击行动。截至1942年4月，陆军作战地区已经为反游击战投入了8万人。
野战军之外，根据鲁道夫赫斯的指示。从1942年4月开始，5个后备师（1942年5月前，东线实际部署了4个）和约5万人地后备陆军人员，也被送往德占东部地区。这些后备部队。一方面可以在必要的时候，为前线野战军提供补充。而在平时，则负责对付游击队。
党卫军以及警察头子莱因哈特海德里希和阿图尔奈比所管辖的普通党卫军和德国警察，也向东线派出了强大力量。在里加、明斯克和基辅，德国人分别设置了“东部及俄国北部”、“俄国中部”、“俄国南部（后来改为乌克兰）”党卫军和警察高级领袖，并以德国治安警察所属的部队为主干。这些部队不属于军队序列，却身着绿色军事化制服，配备精良地武器，以团营为编制单位，甚至还拥有装甲连。标准状态下。1个警察团拥有3个营（每营约500人），有些还下属3个炮兵连或1个装甲连。俨然是一支战斗部队，在反游击战中。警察部队担负主动进攻清剿的任务，但有时也会被投入前线野战。根据笔者的初步统计，在东线有第2、6、警察团，以及一些独立武装治安警察分队。但其中第6、8、1警察团，已经在1943年1月被歼灭于东线南部。
除了武装治安警察外。东线还有大量盖世太保战地秘密警察、党卫军保安处人员、刑事警察、辅助警察等等。这些警察主要隶属于帝国保安总局。德国人还利用当地人组成了维持部队。其人数在1942年初约13万，通常采用营为单位。威廉鲁道夫赫斯最初曾要求大量扩充这种部队。但除了几支死硬反苏部队外。这些部队的战斗力通常很弱，而且德军的军官也认为他们在政治上并不是十分的可靠，甚至还发生了几个营穿越战线投降苏军的事件。出于不信任情绪，为此鲁道夫赫斯在第46训令的补充指示中，取消了扩充命令。基于同样考虑，直到1942年春，鲁道夫赫斯依然不愿意利用卖身投靠的弗拉索夫等苏联叛徒从事宣传以外的工作。他曾私下表示：这些叛徒，要么是些没有骨头地废物，要么是些居心叵测的阴谋家。
最后，根据鲁道夫赫斯的第46号训令，在苏联占领区地所有德国非军事人员，包括帝国青年义务劳动队，铁路职工，农林人员等等，也要配备精良武器，加入清剿行动。这位新的帝国元首特别规定，“在受游击队威胁的地区，不允许有消极或被动参加同游击队斗争的德国人”。根据苏联方面的统计，到1942年初，那些用于对付苏联游击队地德军辅助人员，总数约50万人。这个数字并没有得到更可靠来源地证实。但根据鲁道夫赫斯的指示，大量德国非军事人员也必须参与清剿。
为此德国正规军后方部队和后备部队、德国警察和形形色色地仆从辅助人员，组成了庞大的东线占领力量。依据所在地区的不同（而非完全的隶属关系），这些占领部队，有的听命于德国军队，有的听命于德国后方占领机构，并不断发动清剿。但这样的清剿的效果并不好。那些苏联游击队非但没有被消灭，反而有愈演愈烈之势。地处白俄罗斯和俄罗斯一部分地区的中央集团军群后方，由于当地居民的民族属性更有利于游击队的活动，导致该集团军群面临的形势尤其严峻，其后方地域司令部1943年5月9日就报告称，仅靠现有的59个警卫或者警察营，根本无法保证漫长的交通线免遭游击队的侵袭。德军为新的莫斯科战役所进行的后勤准备，因此受到了直接影响。
为了彻底消除苏联游击队的威胁，给即将到来的东线春季会战创造一个稳固的后方，德国人决定利用前线平静的有利时机，将一些野战部队暂时撤下来，加强反游击战的力量。这样，连同原有的警卫师在内，德国正规军用来对付游击队的兵力增加到了25个师。
5月中旬，中央集团军群大规模反游击行动拉开了序幕，清剿的重点是布良斯克西南部。德军第2装甲集团军第47装甲军、第55军，第3装甲集团军和第4集团军，实施了代号“吉普赛男爵”、“魔弹射手”、“五月雷暴”和“友邻支援1、2、3”的行动。投入的部队，除了2个警卫师，大量后方警卫警察部队外，还包括从匈牙利步兵第102师，德国步兵第6、7、292、102、707师，第4、5、18装甲师、第10摩托化师等众多野战兵团抽调来的兵员，其中包括坦克分队。在布良斯克地区，投入兵力约4万人，在明斯克地区，投入3万人。连同其他地区投入的兵力，中央集团军群动员的人员可能在10万左右，并且得到飞机火炮，坦克和自行火炮的配合。
对这次大规模的东线反游击行动，无论是苏联政府还是德国的媒体都一致选择了沉默。但是，德军在5月25日宣布的战果为击毙23152名游击队员，俘虏5269人。但行动本身的结果并不理想。一支在中央集团军群下辖的参与围剿的匈牙利军队在战后总结中承认，动用大兵团清剿游击队的效果不明显。我们在战斗中付出了战死800人的很大的代价仍然没有完全的清除那里的俄国反抗力量。清剿行动在5月下旬到来的时候戛然而止。而就在这个月，德国的统计却显示，苏联游击队袭击铁路设施仍然高达292次，摧毁或破坏机车109辆，可见清剿效果的微弱。而根据苏方统计，在4-5月，游击队一共炸毁德军列车1700列。
实际上，轴心国的联军在这一系列的进剿过程中不但没有彻底的扑灭活跃在那里的游击队。他们的某些过火的行动反而更加激起了当地一些俄罗斯民众的反抗力量（德国宪兵对付游击队的方法主要是采取并村的方法，并且如果这个地方出现了游击队，整个村子都会遭到株连。而其他部队，特别是那些辅助的伪军部队这采取了残忍的种族灭绝的政策）所以就目前的情况来看，德国对于越来越热闹的游击战根本无解。