高俊获得了开衙的权利，建立一个统一的根据地政府迫在眉睫。根据高俊的估计，以现在朝堂上的形势，等到明年的时候，朝廷可能还将进一步的下放权力，允许建立行（尚书）省、行（元帅）府、行（枢密）院。但是与其等到那个时候再手忙脚乱的组织中枢，倒不如今年趁着眼下大战在即的紧迫感，提前把中枢打造妥当。
三月末的时候，五位地方大员先后接到了消息，让他们尽快赶往济南。这五个人分别是赞州刺史赵汝凡、沂州刺史张成武、密州刺史鲁家齐、滕州刺史吴广亭，以及还在密州的孔元政。
高俊和赵汝凡已经许久不见了，此次赵汝凡穿着绯红官袍，一看到高俊就急忙下拜。
“从周，坚守梁山真是辛苦你了。”高俊看到赵汝凡也很高兴：“此番五马进京，一马当先，你心里可要预先有些准备。”
赵汝凡又惊又喜，已经大概猜出是什么情况了，果不其然，就在第二天，何志也在工作会议上提出准备组建统一的根据地政府，这五位先生暂时就不用走了。
“古语有云，‘名不正，言不顺’，今天我先给你们定下一个基调：根据地百姓的支持就是名正，太平军这一万七千多条长枪就是言顺。有关组织架构的问题，大家都只需考虑根据地百姓的需要，至于上下名节的问题，高郎君和我去替你们打通，这些你们都不用管！”
经过长达半个月的讨论之后，根据地的架构基本完成，此时齐州的城墙也修复，并且逐渐恢复人口，高俊将济南府更名为齐州，并且设置了济南县、历城县分管城墙以外的郊区，而城内由齐州录事司管辖，按照根据地行政传统，录事司的等级等同于县。
与此同时，城内建筑也清理完毕，以原来的山东路按察使衙门为原址，修建了新的衙门，定名为“山东东西路军民元帅府”。
帅府分为五个部分，北院为军政院，南院为民政院，东院为司法院，西院为集贤院，外院为流泉院。这五院当中，以南院、北院最大是根据地的行政主体。
军政院既原本的军事委员会，原军事委员会委员改称知军政院事，自然，民政院是由原行政委员会所改成，所有的人被称为知民政院事。
民政院内分为七个办公厅，分别为礼户吏兵刑工农，办公厅称政府，而首脑称为主席。
赵汝凡为吏政府主席、吴广亭为工政府主席、张成武为刑政府主席、孔元政为户政府主席、元好问为礼政府副主****空缺），鲁家齐为农政府主席，在高俊推荐下，王浍兼任兵政府主席。
除此之外，还有若干独立机构：
坻报署：负责编辑和发行邸报，目前还要兼职管理根据地所有的发行刊物，目前的主事是邓博勉，这个小伙子蛮机灵的，高俊很赏识他。
大家普遍不重视坻报，邓博勉心中有时候也小小的感叹自己被大材小用，但是高俊对大众媒体极为重视，事实上，许多年之后人们才发现，不少政治干部都是率先在坻报署锻炼了自己的能力。
水利署：目前负责农田水利建设以及北清河沿岸的治理。高俊应该感到幸运，目前他的控制区还算风平浪静，闹的几次水患都远离人口稠密区。但未雨绸缪永远不错，水利署已经正式挂牌运作。
惠民署：医药事业的总管理单位，目前根据地已经有了三家医院分立的计划，并且还要在各州建立医疗点，在各县设立诊所，如何划分各自的医疗区域，如何建立医疗人才的培养机制，收集验方并且提高医学技术水平，这都是惠民署管理的范围，惠民署暂时无主事，由齐州医院院长白卉代理。
军器署：老铁匠孙大纲没想到自己能当官，而且一下子就当上了军器署的副主事，制造军器时有关技术的问题都要从这里过，这让他激动到无以复加：从三皇五帝开始算，真没听说几个因为手艺好而当官的人。
军器署主事叫张红河，是山东本地人，曾经应试为举子，但始终没有进学。郑迎受高俊之命掌管根据地的工商企业之后，一直感叹自己学识不足，因而到处延揽人才。张红河也因此进入了根据地的工商系统，因为一向勤奋能干，所以如今被委以重任。
将作署：从名字上来看是打造器械的，但是目前根据地的民用工具生产完全都是由国营商社和民营商社经营。将作署的实际职责是维护整个根据地内的道路和邮政系统。早在前年，根据地就开始大规模的整修道路，但是由于这两年维护的不算很好，今年是为了充实经济而努力耕种的一年，道路的全面大整修还要在明年进行，目前将作署已经开始着手做这次道路整修的准备。
文教署：主要任务是负责根据地内的教育系统，所有的学校都应对其负责，由白广泉担任主事，该部门将继续负责建设新的中学、培养人才、，以及对教师的统一培训和调动。
东院则集中进行司法和监察工作，翟呈信终于有了自己一间固定的办公室，开始进行他的司法工作了。
目前而言，东院的主要工作还集中于编写法律和做社会调查，以及培养青年法律人才，而常规性的工作则集中于重大刑事案件，以及涉及官员案件的复核审理。
整体而言，西院是由原本的咨询协商委员会组成的。全真道的李志常道长和尹志平道长自不必言，诸位佛教高僧大德也都被邀请前来，除此之外还有根据地内名声较好的大商人大地主，以及赋闲在家的退休官员。
而流泉院则由郑迎和张思彝两个人负责，与此同时，高俊也让孔元政经常到外院去一同参与工作，扛过了今年，把资源都抓在手里之后，明后年开始也要考虑铸币的事情了。
在元帅府衙门附近，高俊又筹划建立齐州市民服务中心，以开放式窗口的形式对齐州人民进行服务。整个根据地的干部们从农村走向城市，开始掌管整个山东路。