原来，当初盘古劈开混沌之时，混沌当中有一清一浊两团气流外泄，后鸿钧道人强行捕获。在双方争斗中，浊气化作一头强悍凶兽，鸿钧道人称作混沌兽。而那一团清气则被鸿钧道人收取。
后来，鸿钧道人将混沌兽封印于一座山峰之中，并且设下重重结界，十万灵都不得靠近。可不曾料到的是，就在鸿钧道人封印之际，混沌凶兽将幻化前所剩的最后一丝浊气，强行注入到了那一股清气当中。
封印完凶兽混沌之后，鸿钧道人担心那股清气会彻底被这一丝浊气给侵蚀，就想运用自己的力量，彻底从那团清气当中剔除那一丝浊气。
然而，出乎鸿钧道人意料的是，仅凭他一己之力，无论如何也无法从那一股清气之中彻底清除浊气。
于是，他便马不停蹄地将这团清气带回天外天，交给了天外神帝与太圣天尊。
结果，太圣天尊、天外神帝三位大神合力，方才将这团清气给分离开来。可是被分割开来的清气，却感染上了天外至尊之神的灵气，从而化而为灵，便成了太上、原始和灵宝如今这三种形态。
太上与元始这两尊灵体，至纯至净，全无杂质，可是那一丝浊气，已经融入到了最后分离出来的那一团清气当中，并且那一团清气也已经化成了灵宝天尊而且也已经有了意识和灵体，而那一丝浊气也侵蚀到了灵宝天尊的神魂，若是继续任其发展下去，这一生毒气就会彻底侵蚀清气，最终转化为魔气，那后果将会不堪设想。现在，即使太圣提天尊他们神魂俱散，也无法彻底消灭那一丝浊气，即使把最后那一团清气也给消灭了，那一团浊气也不会，反而会去吸收天外天的灵气，从而变得越来越强大。
所以唯一的办法就是，将其封印于体内，等到将来再历一场杀伐大劫，就可彻底除去除去那一丝浊气。
之后，这三清便跟着鸿钧道人，并做了他的徒弟，而且在天外天世界，吸收了大量能力。
因为三清的灵体是由乾坤清气净化而来，故而他们的体质也是非同一般。他们只用了数十万年时间，便使自己身体所能吸收的人气达到饱和，并且全部转化为神力。
青龙神君他们到达天外天之时，这三清正是在天外天各处吸收着灵气，所以也就没有遇上，而当时的太上天尊，也没有跟他们讲起这件事情，所以青龙神君他们自然也是不知道的。
然而现在，因为有玄武神君在场，这些经历自然是带过不提，他只说是三清体质特殊，没过多久，便拥有了超强神力。
至于三清用了数十万年修炼神力的事情，也是后来鸿钧道人告诉给他们的。
听完了鸿钧道人的讲述，众神也方才明白这三清的具体来历。
朱雀玄女说道：“如此看来，我之前叫你老祖，确实一点儿都不为过，结果你还那般谦虚，真乃我等学习之楷模。”
鸿钧道人言道：“万不可如此说，如今他们能有此成果，也分我一力之功，所以也不必如此抬举于我。其实此事最大功劳，非太圣天尊和神帝莫属。”
青龙神君说道：“可他们毕竟去不了地球，而你刚才也说过，你与三清必定会常驻地球，故而你领下这功劳又何妨？再者说，你们皆是天外天生灵，却又都是那里最高神灵，你替他们领了这功劳，他们也不会有失身份，他们也必定不会怪罪于你。”
鸿钧道人言道：“如此看来，我是逃不掉了。临来之时，太圣天尊和神帝都曾与我说过，说是尔等要将三清之功归于我身，当时我还百般推辞，当他们把缘由讲于我听时，我的心中仍是不愿。如今看来，我是难以推辞了。如此，我便代替天尊和神帝，再次愧领新功了。”
女娲说道：“什么愧领不愧领，如今你们也都是我们这里的创世神之一，既然他们有不得已的理由，获取功劳，那么就将这些功劳归于于你身，又有何不可。再说，以你之人，领受这些功劳，也都是理所应当，并没有什么过处。”
鸿钧道人：“既然如此说，那我也就不再矫情，便领了这些功劳。不过，不管怎么说，我都得感谢你们抬爱，瞧得起我，让我有机会成为新世界的创世之神。既是如此，之前我便说过，如若你们所需，我定会竭尽全力帮助于你们。接下来，我所要做的第一件事，便是与你们一道创建神界，而后再创建四片大陆和其余五界。”
说干就干，接下来的十多万年里，他们便开始创建起了四片大陆与六界。
一切都已建设完成，他们又花了两万年时间，将资产创造出来的所有森林，进行分类安置。
首先安置的就是神界生灵，神界的人包括神和仙两个体系。且皆为混居，神与仙所居之所并无区别，只是只论神位与仙位高低罢了。
神界天宫，共分九十九重，三百九十六层。第一重天宫共有有三万六千五百座神仙府邸，每往上一重天宫便会少三百六十五座神仙府邸，又因为每一重天宫都有一座主事大殿，所以到了九十九重天，就只剩下了六百三十座神仙府邸。每一重天宫，便是一重天，故而天上一共有九十九重天宫。
这九十九重天宫分上三十三重天、中三十三重天与下三十三重天。下三十三天则叫做上清真境，中三十三天则称为玉清圣境，上三十三天则名为太清境。又称作上清天，玉清天和太清天，或者是，上清境，欲清境和太清境。
而这九十九重天的命名来源，皆是因为三清，而且在创建这九十九重天之时，除了青龙神君、青龙玄女与朱雀玄女，就数他们功劳最大，就算是鸿钧道人也都远不及他们，故而以他们三清名号命名。
三清所居之所，第九十九重天，分别是上清重华宫，玉清乾元宫和太清兜率宫。
作为创世神的另外几位大神，同样是住在九十九重天，青龙神君住在至尊神龙宫，朱雀玄女住在至尊灵玉宫，青龙玄女则住在至尊女娲宫，白矖与腾蛇随其居住于至尊女娲宫，玄武神君居于上尊玄武宫，鸿钧道人则居于至尊紫霄宫。
而创建的地下地下宫殿，也称之为黄泉，或是地府。其中有幽冥地府、阴曹地府、鬼王宫、阎罗殿等等三万六千五百座地府宫殿，每座宫殿皆有无间地狱、阿鼻地狱、酆都地狱、幽冥地狱等大地狱三十六重，每重大地狱之下又有小地狱七十二个。还有若水河畔奈何桥、轮回隧道、彼岸花等物无穷无尽。
水下宫殿唯有水晶宫一座，内有大小宫殿七千二百座。
最后便是下神地仙府邸，各山山神、各方土地，以及地府城隍所居之所。
而余下五界便是人界、鬼界、精灵界、妖界与魔界。而人神鬼，这三种生灵皆为人，故而人界之人又称凡人，所以这人界又叫凡人界、凡间、人间。
鬼界之生灵皆归于地府宫殿。
天地六界，每一界都有主宰，每一界主宰和头领皆可称之为皇、帝、王、君等等。
青龙神灵他们将五界生灵，平均至于四片大陆，那么这每片大陆上的五界，自然也就都有他们的统治者。
这四片大陆分别是：东方神州大陆，属青龙神君管辖，西方日不落大陆，属女娲管辖，南方九州大陆，属朱雀玄女管辖，北方扶桑大陆，结束玄武神军管辖，在这每片大陆之上，又分分东南，西北四方，如此继续往下分，直至无穷无尽，难以再分。
起先，太圣天尊原本告诉他们，他会另外派其他生灵，去地球西边创建生灵，却因为黑龙封印突然松动，天外天所有高等生灵，都要重新加固封印，故而无人可派。太圣天尊与天外神帝这才让鸿钧道人带着三清，前来协助于青龙神君他们。
至此以后，这三清自然也成了创世神之一，从而进入到了创世神的行列。
他们先是从每片大陆上的五界中，选出统治者，然后教他们生活生存技能，再让这些统治者，回去传授于下面的生灵。
传授完以后，这四方守护神、鸿钧道人、三清、白矖、腾蛇等创世大神皆回归神界。
然而在神界，也必须有一个领导来掌管，因为神界需要掌管其余五界和四片大陆，而作为神界之主，必须要统管六届所有生灵，维持六界与四片大陆之平衡，而在这天地间，所有生灵都由神界掌管者来做主，故而这神界之主，又称之为天地共主，天地共主，掌管六界生灵的生死存亡，管控六界兴亡盛衰，是这天地间权力至高之神。只因中三十三天与上三十三天，还未有神仙，故而主神殿便设在了，下三十三天的第三十三重天——上清真境大罗天。
而这首任天地共主，便由造出高等生灵的青龙玄女，也就是女娲来坐，而这也是众望所归之事，也就无人反对。
女娲坐上天地共主，便开始封神封仙，立下天规天条。使天地六界与四块大陆，都能井然有序的向前发展，天下所有生灵，都能安安稳稳的生活，和谐平等共处。