4月25日爆发的阿帕里地区的土着暴乱，直到三天后，当悬挂着南华的商船将不到300的幸存西班牙人送到最近的克鲁斯港后，消息才被迅速送到正在马尼拉召集大军准备展开反击的菲律宾总督莫林斯手上。
面对着菲律宾版图上已经出现的、多达7支大规模的反抗力量和不下数十支的各种游击队，这让莫林斯总督也是彻底的抓狂了，整个吕宋大岛是马尼拉为界截断为南北两部分，北方地区的大片平原两翼都连绵数百公里的山区，这里是反抗力量理想的聚集地。
而南方，从八打雁港到索索贡港，都是狭长的地形，而且这里布置有西班牙远东第二舰队，与当地驻军形成了绝对压制性打击力量，所以吕宋大岛南方地方，活动的多为小股的土着游击队，并没有太强实力。
而整个菲律宾殖民地西班牙军队实力还是非常强大的，超过21万的西班牙军队和5万人的土着仆从军是维系西班牙王国统治权的根基，唯一麻烦的是，目前北方地区反抗军的规模忽然间就变得十分惊人，据说卡帕斯地区、罗萨里奥、图玛维妮、阿帕里地区的反抗军规模都已经达到上万人，所以，彻底的剿灭反抗军已经成为了莫林斯总督第一等的要务。
最终，在驻菲律宾陆军司令哈皮中将的建议下，莫斯林总督授权成立北吕宋军团、由哈皮中将亲自指挥，由西班牙远东第一舰队罗本中将配合，攻击北方反抗军主力，而米哈林中将指挥南方军团，扫荡菲律宾南方各岛屿游击队和反抗军。
而就在西班牙人准备大举反攻之时，一则密报忽然由奥隆阿波总督佩德罗处送到马尼拉。根据从阿帕里港逃回幸存者提供的消息，阿帕里地区发生的暴乱可能有日本人的介入，而一名跳海逃生的炮台军官也确认，当时抢夺炮台的敌人拥有极其优良的军事训练，其中有人使用日式的长剑！
这一系列的证据，让西班牙人大为震怒，莫林斯总督立刻下令严格排查岛内各港口日本人的情况，若非担心驱逐日本人可能会引发外交事件，这位担任十七年西班牙总督的老官僚绝对会立刻下令把各港口的日本人都扔下大海。
不过。莫斯林这条看似平常的命令，在执行中却出现了极大的偏差，西班牙人在菲律宾300年的统治，白人从未把当地人、甚至于他们曾经倚重过的华人放在眼里，跟别提刚刚冒出来、个子矮小的倭鬼。
4月底。圣克鲁斯港、阿拉米诺斯港、奥隆阿波港、卡西古兰港纷纷爆发针对日本人的骚扰，当地白人愤怒的捣毁那些日本商人风格鲜明的店铺，不少日本人被绑起来扔进了大海，而当地土着在这一事件中完全是一个跟风者，纷纷参与其中。
而骚乱的爆发，显然带来了更大的影响，4月28日。在圣克鲁斯港发生针对日本人的打砸时，中国驻马尼拉领事柯宇珩、南华驻马尼拉领事陈瑜平就分别拜会了菲律宾总督莫林斯，要求菲律宾方面确保华人在菲律宾的安全。
傲慢的西班牙老头莫林斯事实上根本看不起南方占据那片贫瘠婆罗洲的南华国，至于北方那个庞大的东方古国。老家伙的概念还停留在辫子时代，他原本打算傲慢的拒绝，不过，在助手善意提醒、传闻出现在阿帕里的强力舰队后。他不置可否的答应发布保护华人的通告。
不过，在最后。他也十分傲慢的表示，“……拥有高贵礼仪的西班牙人肯定会遵从总督府的命令，但是，卑劣的土着，很多时候都是自行其是的，根本不受控制，对付这些低等人，为一点办法就是鞭子和步枪！”
柯宇珩、陈瑜平在华人互济会悄悄会面后，立刻召集互济会的高层，向菲律宾各省的分会发布命令，同时将到手的菲律宾总督府命令复制下发，最大限度确保华裔的安全，同时，在柯宇珩的授意下，互济会授意各省华人互济会开始颁发早已准备多年的“中华侨民证”、“华侨之家”等证书、挂牌，同时，各地互济会都开放安全据点接纳需要保护的华人。
最早得到消息的是停泊在巴拉望岛公主港、刚刚重新组建的南华第一舰队，由于早两年南华舰队几乎都被抽调参与中俄大海战，南华海军只保留了3艘训练舰和一些武装商船，虽然足以保证婆罗洲和周边的安全，但出击菲律宾显然毫无能力。
所以，随着南江、北江和大批陆军南下，军队都集结在出入方便，而且经营许久的巴拉望岛公主港，在短短一个月内，已经从南华民主共和国抽调在当地训练的12000越南仆从军、4000婆罗洲土着仆从军，加上南下的黄祖莲所辖17步兵师11000人，这座狭长的岛屿上已经成了名符其实的大兵营，而事实上，这里也是欧阳庆目前蹲点的指挥部。
得到消息后，欧阳庆立刻向北京拍发了下一步的计划，其中提到的几个关键词，百年后引发了历史学家的极大争议，欧阳在电报中含糊的指出，菲律宾的内部动乱，可能危及当地华人，而他作出的决断是……军方将静观其变！
5月1日，日本陆军大臣大山岩正召集参谋仔细研究头山满从阿帕里港送回来的战报，这一次，陆军部放弃成见特别邀请了新任日本常备舰队司令官伊东佑亨、海军少将尾本知道和数名海军参谋出席。
对于头山满、近藤喜平太以及派驻当地陆军军官团送回来的报告，已经引起了日本军方的足够重视，不过，由于阿帕里港的炮击太出乎意料，从现在获悉的情况报告也是充满了各种陈述上的矛盾，甚至都难以描述出出现战舰的模样，唯一的表述只是“漆黑的战舰！”
不过。开拓社稍晚时候从其他途径获悉了一点点消息，还是从一个中国商人那里听说的，因为这个人恰巧路过圣克鲁斯港，远远看到有大批船队出港，随后听说，似乎是在婆罗洲的南华国舰队运送来一批逃难的西班牙人。
而南华国……这个名字对于日本军界其实颇为陌生，倒是稍晚时分，之前不久从中国奉调回国的明石元二郎参谋提供了他在中国期间掌握的一些消息，这才让在座的这些日本军方了解了南华的一些基本情况。这个小小的南洋婆罗洲国家，据说与中国关系密切，早年曾经因荷兰人入侵婆罗洲而发生过冲突，最终，武备老掉牙的荷兰人被南华的舰队击败。从而奠定了这个南洋华人国家的地位。
而根据明石元二郎在中国进行的调查，他认为，南华国在与荷兰人的冲突中，获得了来自中国的武备支持……唯一的问题是，这些判断从当时清政府的公文中找不到任何的字言片语，当时中国国内倒是多有支持南华的言乱，但仅限于舆论。而明石元二郎在陆军部这次会议上，作出了他认为最大可能的判断——当时支援南华的应该就是中国现政府的秦铠、张佩纶等南方大员。
这个消息的出现，让日本陆军部大为吃惊，如果确认中国人已经介入菲律宾的内部动乱。那日本军方策划许久的开拓社秘密计划将遭遇极大困难，不过，这一消息，除了明石元二郎的判读外。并没有其他任何有力的证据，对于南华。日本了解的太少太少！
不过，开拓社送回来的另外一份消息，倒是让日本军方开始兴奋起来，几个月来对西班牙远东舰队的调查，虽然这个曾经的海上帝国仍旧维持的庞大的海军武备，不过，驻扎在苏比克湾的第一舰队和马尼拉港的第二舰队虽然拥有超过50艘的水上舰艇，但是，其中仅有2艘装甲巡洋舰是分别与1883年、1886年向英国、法国订购的“赫伦斯号”、“巴伦西亚号”，此外，还有一艘70年带的船旁炮铁甲舰“帕尔马号”，其他构成威胁的是11艘1500吨以上的无防护驱逐舰，18艘鱼雷艇，但都是6年前的产品，其余的船只更是不值一提。
海军司令伊东佑亨虽然脸上露出一丝轻松的表情，不过一想到另外那个可怕的敌人，他又皱起来眉头……
就在陆军部会议进行中的时候，外务大臣大隈重信匆匆干来拜会大山岩，他带来了更让日本吃惊的消息，西班牙控制下的菲律宾多出发生针对日本人的骚扰，而这一次损失最严重的，则是刚刚打开局面的开拓社，多个港口的开拓社成员受到袭击，当地的据点被焚毁。
这消息传来，大山岩神色颇有些无奈，但是陆军部的年轻军官们早已群情激奋……其实更多的是兴奋。
稍晚时候，三条实美召开的内阁会议上，尽管枢密院议长伊藤博文、海军大臣西乡从道不同意作出对菲律宾的军事准备案，但是，在明治天皇的过问下，该项议案迅速被制定出来，5月3日，日本电告驻马尼拉的领事小牧昌平，必须以最严厉的态度对西班牙人进行警告。
4日一早，小牧昌平领事就拜会了马尼拉总督府，提出彻查菲律宾排日事件的元凶、颁布对日本侨民保护案、对受害者和日本政府进行道歉、赔偿等6大点的《日西交涉案》，当然，这一要求立刻被西班牙人扔进了垃圾桶。
而小牧昌平刻意表现出来的傲慢，立刻引发了连锁的反应，菲律宾总督莫林斯立刻宣布对日本在菲律宾的商人进行调查，驱逐那些涉嫌谍报的人员……这一方案一出，整个日本政坛都被震动了，虽然一直来菲律宾并非日本的重要贸易伙伴，这其中最重要的一个原因，自然是西班牙人设置的高关税政策。
但是，公然以莫须有的理由来驱逐日本人，这已经将矛盾激化上升到国家层面，日本多名议员公开表示要对西班牙人进行严厉的报复，包括废止西班牙与其他列强共享的低关税等旧条约利益，这一呼声立刻得到了国内右翼组织和军方组织的呼应。
反观日本国会中，也有深感形势险恶的议员，东京都议员山本业在《朝日新闻》上刊发了对日本军费开支巨大的担忧，其实提到，如今的日本，首要是发展经济，一次战争的军费开支就能让日本经济倒退10余年……
这一论调很快就为他招来了杀生之祸，5月10日，让日本国内震惊的“山本议员遇刺案”爆发，一名自称“爱国忠君社”的右翼分子借口拜访进入了山本业议员的家中，交谈之后，这个身材不算魁梧的刺客拔出短刀刺中山本的脖子，造成重伤，随后，山本业与刺客在家中发生了激烈的搏斗，两人都从楼梯上滚落，最终，这名崭露头角的议员重伤失血过多而死。
而刺客高举着匕首向日本警察厅自首，这反倒引发了一场声势浩大的右翼团队和不明情况国民的游行，这些人高呼“惩戒卖国贼”、“尊皇强国”等口号，要求特赦刺客……
11日，原本就是暂领内阁首相的三条实美，面对国内、国外的危机局面，在与内阁阁僚以及各派系大佬沟通无果的情况，当天晚些时候向明治天皇提出辞去内阁总理之职，申请重新组阁……一时间日本政坛风云变幻。
这一突发情况，让日本军界也是大为惊讶，内阁显然是无法调和各派系在对外战争上的要求，而局势的变化，显然需求一个更为强势的日本新内阁……当天，日本政坛各派系已经展开了激烈的斡旋，但是，这一突发情况显然打乱了原本一触即发的日本和西班牙之间的外交冲突，让局势看起来更加的扑朔迷离。
而消息传到北京时，军政部总长周瑞东显然也有些意外，这小日本的政府还真是脆弱，一点点压力就垮台了……他立刻带着厚厚的计划书来见秦铠。