朱载坖虽然说既往不咎，但也不能任由这些军官仍在其位。
九边之地，从蓟镇开始，一个镇一个镇的整顿。而这些军镇的武官，也分批调入京中的大明皇家军事书院学习。
朱载坖自己就是这军事书院的山长，是采取了后世蒋委员长的故智，而这些军镇武官，也成了天子门生。
这些骄兵悍将，在外面坐镇一方，但到了朱载坖的面前，无论长幼都是大气也不敢喘一口。老老实实的读书，用握刀的姿势握着毛笔写作业。
敢有一个不听话的，朱载坖有得是办法收拾他们。
读书识字，是朱载坖对这些原有武官最低要求。凡是不能自己写公文的，一律免费再学，什么时候学会，什么时候毕业。
既然让这些武官读书识字了，那首要的任务便是忠君爱国的教育。刘教谕如今今非昔比，为大明皇家格物书院的和皇家航海学院的山长，受朱载坖之命，专门组织人手编写此类教材。
都是捡选当年的岳飞、郭子仪，以及大明开国的徐达、常遇春等忠君名将事迹编写而成。为此，还专门开设了一门《将德》的课程。顾名思义，就是为将的职责和义务，保家是如何做，为国是如何实现，忠于君上是如何必要及其与国家稳定发展的关系。
另外朱载坖也将当初练兵的小册子取了出来，着沈一贯的活字印刷厂印成书，发到军事书院充作教材。使天下练兵，都如一体，即使将不知兵，兵不知将，也可即时任命便能出战。
另外朱载坖下旨，命戚继光与俞大猷回京述职。
两人入宫见到朱载坖，只觉得朱载坖虽然年轻，却不复初见之时的跳脱。朱载坖的一举一动，在两人的眼中，都有些高深莫测。之前的关外一战，已经让他们两人知道，朱载坖对于这天下的掌握和了解，远在他人之上。当然，朱载坖还是那样，只是他们的感觉已经不同了。
“两位卿家免礼。”朱载坖看着这两人，“朕知你们二人屡战于东南倭寇皆有名将之姿，才亲自点名，使你们二人鏖战于关外。如今功成，便可提拔任用。”
俞大猷和戚继光连忙躬身道：“陛下知遇之恩，我等没齿难忘。”
两人心中同时都想到，果然是这样，关外一战的功劳，都是送到他们手中的。
朱载坖点点头道：“我打算委任你们两人，作为大明皇家书院的副山长。将大明皇家书院里的军将们，都好好的教一教。这些家伙，除了抡刀光膀子，只知道在战阵上瞪着眼乱冲乱撞。勇力虽然也有可取之处，但他们身为将领，也不能只知道冲锋在前。我召你们二人回京，就是要教一教他们兵法战阵。”
俞大猷本身，年轻时就曾在边镇与当年的宣大总督谈过兵法战阵之道，虽然折服了那位宣大总督，却并没受到重用。后来在东南抗倭，才展露出带兵作战的才能。
而戚继光则是世袭的卫所指挥，十几岁就曾与倭寇交过手，其后更是立下‘封候非我意，但愿海波平’的誓愿。虽然现在才三十岁，但也算是一员征战的老将。更难得的是，戚继光勤学好问，肯用心钻研兵书，是个技术型人才。
以这两人作为皇家军事书院的副山长，才能是足够用的。
另外，还有巡查蓟镇，发现大批逃兵问题的唐顺之，也被朱载坖任命为兵部侍郎，兼军镇巡查使，使之巡察九边军镇。如有再发现问题者，直接向监察司发文即可。
如此一来，北方九边的军镇为之焕然一新。那些原有的武官都被弄到京中上学，边镇的事务便交由京营武官监督整顿。再改变军制就没了武官串联的可能，如此也就没有大乱子发生。
而且这些边镇的卫所，朱载坖也都将军户迁出关外，分发土地使其耕种。
有些不适合的耕种的地区，朱载坖则是命其开设矿场，或是办成作坊。总之就是让他们既能自食其力，又使其成为工人中的一员。这也为朱载坖想要将大明由农耕经济转变为商品经济，创造了一点点前提条件。
不要觉得这么多人都搞作坊，生产的东西卖不出去。这些卫所裁撤下来老弱并没想象的那么多，更多的人是愿意去种地的。
这些作坊所生产的货物，只一个裕成超市便可消化的差不多。
虽然事情看上去就是个改变军制，但是其中的琐事多不胜数。杨博带着兵部官员，在其他各部官员的配合之下，到了年底之时，才将九边军镇改的差不多。
其中每一镇精简下来，不过三万余人，九边加到一起，不到三十万人。虽然兵员人数大大减少，但是也正在换装之中，逐渐装备掣电铳与火炮，使之成为强兵，这战力的提升可不是一点半点。
九边的武官都培训完毕，朱载坖便又开始整顿大明境内腹地各布政使司的卫所，命其武官入京学习。并派京营武官去各卫所接任，并整顿卫所，交接屯田于地方，并开始移民。
如此大的动作，朱载坖根本就不和朝堂上的众臣们商议。只是命兵部与户部相配合，勿使混乱。
这个时候的朱载坖，在朝在野都是威望无两，有事完全可以一言而决。
但是他自己知道，之所以会这样，是因为自己通过纳东番岛而开海，和九边军事胜利和拓地千里，还有实实在在增加的税收而建立的。
但是现在还不行，这个改变整个社会生产关系和结构的基础，还没能打好。若是朱载坖软弱一些，以大明强大的封建势力，轻易的便可将之前所付出的努力毁掉。什么商品经济，统统都完蛋。皇帝只能坐困于宫中，想做点什么都不会顺利。
远不如现在，朱载坖只负责发布命令，而下面的臣子都负责执行更有效率。若是出了乱子，将朱载坖的命令弄的错了，那板子是一定要挨的。
而且朱载坖从头到尾，都没有动这些士大夫们的利益，他只是整顿军务，先将兵权死死抓在手中。这就是一根长长的绳索，等打好了绳结才知道，这是勒在了谁的脖子上。