在忍界生离死别已成常态，大蛇丸袭击木叶所带来的的影响很快被人们抛之脑后了，毕竟不管怎么说生活还要继续，没有多余的时间来悲春伤秋的。
五代火影的就任可以说是一个非常重要的了，三代也是为纲手弄了一个盛大的接任仪式，也是为了提振木叶的士气。
人们对于纲手接任火影也是非常赞成的，初代火影的孙女，三代火影的弟子，名震忍界的三忍之一，忍界最强医疗忍者等等，这一系列的头衔让纲手接任火影实至名归。
更何况这还是木叶第一次由女性来接任火影，总会给人一种不一样的感觉，而且对木叶来说这将是一个新的开始。
纲手一接任火影，就着手对木叶开始进行大改革，限制了村中顾问的权利，提拔了一些想奈良鹿久等一些中青年，让管理层年轻化，将小队中配备医疗忍者再度提上日程，为了最大程度上的减少任务伤亡，配备医疗忍者是必须的。
不过这将是一个漫长的过程，不可能会一蹴而就，医疗忍者对于查克拉的掌控是极为严格的，想要让每个小队都配备上医疗忍者是几乎不可能的，纲手开始考虑将医疗忍术和封印卷轴相结合的方式，这也需要不短的时间去探索。
而在这过程中，也是发生了让人意想不到的事情，宇智波佐助叛逃了！
这件事让所有人都非常意外，包括罗根，他都没想到佐助会在这个时候叛逃，比起原作被鼬折腾个半死相比，今生鼬只有在暗处观察过佐助，并没有露面和佐助有交集。
按罗根的猜想，佐助虽然会离开木叶，但是也会是在鸣人快速成长的压力下，以及看不到未来希望的情况下，会离开木叶，而不是现在这么突然就离开了。
罗根推测，肯定这期间发生过连他都不知道的事情，所以才会导致佐助在这个时候离开了木叶，虽然有些意外，但是罗根并没有理会，因为佐助离开是必然的，否则未来的佐助可能就不会出现了，这可不是什么好事。
和原作一样，木叶现在人手紧张，派不出上忍去追踪，还是安排了中忍选拔考试中唯一升为中忍的鹿丸带队，还是原班的人马，还是以失败告终。
而和原作不同的是，大蛇丸并没有急于用佐助的身体，在他看来还远不到成熟的时候，现在的佐助太稚嫩了，写轮眼也才开启到三勾玉状态，根本不是理想的状态。
在经过罗根的刺激之后，大蛇丸将目光放在了万花筒写轮眼上，普通的写轮眼他已经看不上了，尤其是在见识过罗根的轮回眼的威力之后，大蛇丸对于轮回眼更加觊觎了。
双手被封印的大蛇丸无法使用忍术，他就将重心放在了研究上，还正是因为他的全身心投入，对于木遁和写轮眼之间的关系真被他发现了更多的秘密。
同样对于基因的研究也更进一步了，这比起原作来说要快了不少，当然大蛇丸也没放弃研究怎么解封双手，也被他发现了一些蛛丝马迹，想要解封双手其实很简单，只要找到对应的面具，召唤出死神，划开死神的肚子就可以了，但是现在的大蛇丸可不知道这一点。
由于君麻吕被罗根给提前弄走了，所以音忍五人众的领头人物从君麻吕变成了其他人，是个罗根从未听说过的人，实力也是非常不错，应该是大蛇丸给自己预备的素材。
大蛇丸也没想到这一次佐助竟然会选择离开木叶，他的计划是潜移默化的影响佐助，谁知佐助跳过了整个过程，直接选择投入大蛇丸麾下了。
这让大蛇丸喜出望外，他的计划可以加快脚步了，所以对于佐助也做出了一系列的安排，增强佐助的实力，成了大蛇丸的主要任务。
而鸣人经过这一次的变故，开始发生了改变，作为从小孤身一人的鸣人，他理解不了佐助的痛苦，作为对手挚友的他们从小一起长大，经历了很多，鸣人将佐助当成了自己最好的兄弟，所以除了佐助的父母之外，最难过的就是鸣人了。
对于佐助的叛逃，宇智波富裕和宇智波美琴并不意外，因为罗根早就和他们说过了，而且也和他们保证过佐助虽然会经受一些波折，但是不会有任何的危险，可作为母亲的美琴来说，还是接受不了两个儿子的选择。
终日以泪洗面的美琴不愿意面对现实，最终恳求罗根将她封印，等两个儿子都回来之后，再将她解封，罗根答应了她，利用时间能力将美琴封印了。
富岳没有阻止，他明白自己妻子的痛苦，不过富岳没有选择被封印，因为他要看着自己的两个儿子到底会成长到何种地步，他不愿意错过。
而在这个时候，罗根突然想到一件事情，在博人传中，大筒木浦式会在差不多这个时候穿越时间来到木叶抓捕鸣人，但是因为罗根的意外出现，未来发生了很大的改变，罗根也不敢确定大筒木浦式会不会出现了。
同时罗根也不希望大筒木浦式现在出现，因为即便是浦式现在出现了，罗根还真没有能力去夺取大筒木浦式的眼睛，轮回眼的进化还没有结束，罗根的实力根本无法发挥，浦式出现的话，罗根最多只能杀了浦式，剥夺的能力此刻根本无法动用。
罗根只能祈祷浦式最好是在他眼睛进化完毕之后再来，那样罗根的计划就完全实现了，为了防止浦式的出现，罗根安排了多个木遁分身监测时空，但凡有一点异常，罗根都能够及时发现。
但是到鸣人和自来也离开木叶，大筒木浦式以及未来的佐助和博人都没有出现，罗根在松了一口气的时候，也有些失望。
罗根筹谋着虽然不能夺取浦式的眼睛，但是可以在杀了他之后将他封印，等剥夺的能力可以使用之后再进行剥夺，虽然这样会导致能量流失，眼睛进化不完全，但是只要有桃氏和金氏在，流逝的能量到时候都可以补回来，更重要的是让罗根有了很多的底气和实力面对未来的壳组织。