在第二道圣旨完成复命之后，道光帝又发了第三道圣旨，将台湾、广东、上海和天津划为全国特别试验区，四地的军队、政府和通商活动，统一交由新军全权管理，皇帝亲自掌控。
通令广东正在执行封锁港口，谕令永久停止中英贸易的钦差大臣关防林则徐、两广总督邓廷桢、广东巡抚怡良、广东海关监督豫坤、广东水师提督关天培、苏松太道道员周祖植、直隶总督琦善等官员，务必与即将驻扎的新军通力合作，狠狠打击港脚商人以飞剪船在广东沿海武装公开贩运鸦片的嚣张气焰。
林则徐（1785年8月30日－1850年11月22日），福建省侯官（今福州市区）人，字元抚，又字少穆、石麟，晚号俟村老人、俟村退叟、七十二峰退叟、瓶泉居士、栎社散人等，是中国清朝后期政治家、思想家和诗人，官至一品，曾任湖广总督、陕甘总督和云贵总督，两次受命钦差大臣；因其主张严禁鸦片、抵抗西方列强的侵略，在中国有“民族英雄”之誉。尽管林则徐一生力抗西方入侵，但其对于西方的文化、科技和贸易则持开放态度，主张学其优而用之。根据文献记载，他至少略通英、葡两种外语，且着力翻译西方报刊和书籍。晚清思想家魏源将林则徐及幕僚翻译的文书合编为《海国图志》，此书对晚清的洋务运动乃至日本的明治维新都具有启发作用。
邓廷桢（1776年－1846年），字维周，又字嶰筠，晚号妙吉祥室老人、刚木老人。中国江苏江宁人，祖籍苏州洞庭西山明月湾。清朝官员。善诗文，是著名的书法家，著有《双砚斋诗钞》。嘉庆六年（1801年）中进士，选庶吉士，散馆授翰林院编修。后历任浙江宁波、陕西延安、榆林、西安等地知府，湖北按察使、江西布政使、陕西按察使、布政使等职。道光六年（1826年），升任安徽巡抚，十五年（1835年）10月15日升任两广总督。在任职两广总督期间，邓一度主张放开鸦片的进口，并于道光十六年九月初二（1836年10月11日）上奏要求弛禁。但是，弛禁消息一传开，广州地区吸食鸦片的情况骤然恶化，邓不得不转变立场，主张严禁鸦片。当钦差大臣林则徐到达广州后，邓迅速加以配合。
怡良（1791年－1867年），表字悦亭，满洲正红旗瓜尔佳氏，最初在刑部任笔帖式，后升为员外郎。道光8年（1828年）起外放，逐级升迁，18年（1838年）出任广东巡抚。在广东巡抚任内，怡良积极配合两广总督邓廷桢和林则徐的禁烟运动，并支持关天培在第一次鸦片战争初期的抵抗活动。
关天培（1781年1月8日－1841年2月26日），字仲因，号滋圃，江苏山阳县（今淮安市淮安区）人。乾隆四十六年出生在江苏山阳（今淮安）一个军人家庭里，自小耳濡目染，习兵练武，驾船航海。1803年（嘉庆八年）考取武痒生，拔淮安城守营额外右营外委，后升左营把总、中营千总。后又历任江南扬州营中军守备、两江督标中军守备、外海水师奇营守备、江南苏松镇标左营游击、吴淞营参将、江南川沙营外海水师参将。1826年（道光六年），关天培押送漕米船1254艘自吴淞往天津，一路上排除万难，逾百万石漕粮完整运达。道光帝闻讯大喜，升其为江苏太湖营内河水师副将；次年特旨补授江南苏松镇总兵。1833年（道光十三年），署江南提督。1834年（道光十四年），发生律劳卑事件，广东水师提督李增阶因疏于防务、办事不力而被革职，由关天培顶替。关到职后，致力完善广州门户虎门的防卫体系——加固炮台、增设火炮、构筑障碍、添补兵勇、拟订战术。1839年（道光十九年），林则徐任钦差大臣，奉旨到广东禁烟，并节制广东水师。关天培全力支持，协助林禁烟、销烟。而损失惨重的英国开始采取武力报复，自此发动了数次进攻，都被关天培率水师击败，因而得到了道光帝的嘉许，赐号法福灵阿巴图鲁。英军攻陷虎门炮台后，同游击麦廷章一起伤重殉职。
周祖植，字芝生，河南商城人。嘉庆二十四年（1819年）己卯恩科进士。道光十七年（1837年）任苏松道道员。官至江苏按察使。
琦善（1786年1月18日－1854年8月3日），字静庵，博尔济吉特氏，满洲正黄旗人。清朝官员。世袭一等侯爵，父成德，曾任杭州将军及热河都统。嘉庆十一年（1806年）由荫生授刑部员外郎。嘉庆二十四年（1819年）升河南巡抚，被褫职以主事饺留办河工。历任布政使、巡抚等职，官至直隶总督、文渊阁大学士。1838年8月至11月，在天津起获烟土15万余两。
港脚商人特指为大英帝国服务在东亚南亚从事经商的英国公民、印度人、香港居民。包括LondonEastIndiaandChinaAssociation等。通常以英国人为老板，华人及印度人为跟班。很多英国国会议员就是老板，以贩卖鸦片、茶叶、丝绸、瓷器为主。
飞剪式帆船（Clipper）船型瘦长，长宽比一般大于6：1，船首前端尖锐突出，并且是空心的，航速快而吨位不大。由于采用了空心船首，使船在风浪中便于抬首，提高了它在浪中的航向稳定性、减小了船首的阻力。船体后部逐渐变廋的有倾度的水线平滑过渡到狭窄的圆状船尾。舰船上多采用3-4高桅全装备帆，高桅一般为全船长度的四分之三左右，并且在船之两侧还有外伸帆桁，称翼帆杠，可挂翼帆，使得帆的横向尺寸远远超过船宽，更加大了帆的横向外伸面积。此类舰船是1830年代在美国发展出来的新型快速帆船，但在1870年代后逐步被蒸汽机船所取代。
道光十九年腊月廿一日（1840年1月25日），新军从台湾顺利登陆澳门、香港和广州等港口，第二天登陆上海港，第三天登陆天津大沽口。在接下来的几天，与驻防在虎门炮台、吴淞口炮台和大沽口炮台的水师官兵完成了防务的交接。
年已58岁的广东水师提督关天培，在新军入驻前是持怀疑态度的，他认为皇帝秘密训练的新军没有经过与英军实战的检验，不会比广东水师强到哪儿去。直到亲眼看到了那些狰狞的舰船、力量感十足的武器和精神面貌焕然一新、新式服装整齐惹眼的官兵，这才收起轻视之意，从内心深处感受到新军的强大，甚至远远超过了英军带给人的震撼！
不光关天培如此，林则徐、邓廷桢、周祖植、琦善、怡良、豫坤以及关天培的儿子关从龙、游击麦廷章等人，均报有类似的想法。
更让人瞠目结舌的是，这些新军竟然都没有辫子，这可是杀头的大罪，于是乎，林则徐、邓廷桢、周祖植和琦善等朝廷重臣立刻以五百里加急的驿站快马，向道光帝送去了奏折，禀告这一重大事件。不久，道光帝回复解释说，新军不留辫子，是鉴于快速作战的安全性考虑，并非大逆不道，事先也获得了联的特赦令，诸位爱卿不必大惊小怪。
辫子风波暂时告一段落，更离奇的事件还在后面。
在肃清了港脚商人的飞剪式帆船之后，四个特别试验区的新军以相同的步调，开始修建军用机场和港口，并列为军事禁区保护起来。
然后是对当地驻扎的八旗军和绿营军进行整肃，而道光帝也授予了新军任免四个特别试验区将军、都统和提督以下满汉官员的人事大权，不免让八旗军和绿营军的官兵感到惶恐不安。
新军对四个特别试验区的官兵进行了体能测验和抽血化验，凡是查出吸食鸦片的，不分官职一律开除；虽然没有吸食鸦片，但体能测验不过关的，以一个月为限进行强化训练，一个月以后如果仍然不达标，一律开除。
颁布了《新军事条令》，共计九章三十三条，从总则、组织机构及职责、岗位职责、生活制度、训练制度、考勤和请销假制度、值勤和会议制度、考评和奖惩、附则九个方面对军队官兵进行了规范化管理。不论新兵、老兵和职务高低，违反条令者，一律依照奖惩制度进行处理。
那些八旗军和绿营军的官兵，一开始还有很大的抵触情绪，在看到新军官兵也是一样的对待时，顿时就无言以对了，纷纷驯服下来。