首先是改变了之前只在乡村活动而不占领大城市的原则，当初根据地之所以不占领大城市，就是不想过份的刺激清廷，但既然都打起来了，自然就是撕破了脸，根据地也就没有什么好顾忌的了。
其实那时不少大城市实际都被根据地分割包围起来，城外的乡村全是根据地的势力范围，并且有大量人员渗入，因此攻占下来十分容易，根据地很快就攻占了归徳府、陈州府、许州、卫辉府等地，并且将根据地的治所设在归德府商丘县，因为这里紧靠山东，不仅可得到山东支援，也方便根据地和山东进行各种物资交易来往，促进根据地的经济发展。
随后根据地又继续向外围扩张，先后又攻占彰德府、卫辉府、开封府、陈州府、许州府等地，几乎占领了大半个河南省。而清廷仅仅只能保住河南府、陕州府、怀庆，以及南阳府，浅丁府的部份等少数地区。
而且根据地的扩张不是局限于河南省，也包括河南及山东省周边地区，除了早期的湖北襄阳府、德安府以外，还占领了山西潞安府、泽州府，江苏徐州府，安徽颖州府、凤阳府等地区，只是为了不过份压迫清廷，在华东政府的限制下，根据地并没有向河北境内扩张。
到了1905年的时候，河湖根据地实际己经包括了河南、湖北、山西、江苏、安徽五个省的地区，总面积达16余万平方公里，人口有1700余万，当然根据地的范围主要是还是在河南省，在其他各省中，除湖北之外，仍然只是占领乡村而放过大城市。
占领了城市，就意味着根据地有了大量的人口，以及工商业，而这时华东政府的工业己初据规模，可以提供大量的工业产品，而河湖根据地的发展，又给山东的工业产品提供了一个不小的市场，而且河湖根据地实行土改之后，农民的收入有了大幅的提高，购买力自然也提高了不少，而工业产品的价格要低于手工产品，自然受到农民们欢迎，双方各取所需，都得到了较快的发展。只是河湖根据地成立的时间不长，而华东政府又在准备战争，因此没有在根据地进行大规模的投资建厂，推进工业化。
而华东政府参战之后，英法俄日等国都在唆使清廷出兵进攻华东政府，因此为了掩护华东政府，吸引清廷的注意力，河湖根据地这才开始向河北境内扩张，先后攻占了大名府、广平府、冀州府、顺德府、赵州府等地，并且直逼保定府，这一来果然引起了清廷的警觉，决定出兵征剿。
其实在出兵向河北扩张的时候，根据地政府就考虑到清廷会出兵征剿，毕竟一但向河北发展，就会威逼京师，清廷也决不会坐视不管，肯定会有所行动，因此根据地在向河北扩张的同时，也在积极的准备着第二次反围剿之战。
根据地的面积扩大了，人口增加了，经济也有了相当的发展，军事力量自然也有了极大的提高。现在根据地的军队义勇军共计编制了3个师和7个独立团，共计军队约6万余人，而之所以编制这么多独立团，是因为根据地的领地分布太散，各地的驻军又不需要太多，只能多设团一级的军队。另外各地方还有约3万左右民兵。
义勇军的武器装备虽然不能和人民军相比，但也不算差，每名士兵基本的武器配备，如步枪、刺刀、*等都配齐了，每个班还配有两具掷弹筒。
但炮兵、火力支援武器和人民军相比，有相当大的差距，全军仅仅只配一个75毫米野战炮兵团，下辖4个营，共计72门75毫米野战炮，而100毫米、125毫米等大口径火炮则一门也没有；师级作战单位配备了两个82迫击炮连，共计有18门82迫击炮；一个60迫击炮营，共计有54门60迫击炮，而没有配100毫米迫击炮；一个马克沁机枪连，配9挺马克沁机枪；两个通用机枪连，配36挺通用机枪。
而团级作战单位则只配备了一个60迫击炮连，配18门60迫击炮；2个通用机枪排，配12挺通用机枪，没有配82迫击炮和马克沁机枪。
民兵则只能确保一半的军队有武器，因为华东政府是不给民兵配备制式武器，因此民兵用的都是以前从战场上缴获的武器，在根据地的第一次反围剿战斗中，义勇军缴获了1万余支步枪，其中汉阳造88式步枪有6000余发，而且华东政府又拔来了一批，这才装配了一半民兵部队，而另一半民兵就只能用冷兵器了。
这样的武器配置，在这个时代的中国来说其实也不算差，仅仅也就是比北洋新军略差一点，但也没有质的差距，而比其他的清军还是要强得多。
北洋新军是采用现代军队编制方式，因此也比较重视武器的统一，主要装配的武器是，日式31式步枪或汉阳造88式步枪、马克沁机枪；火炮主要是德国格鲁森75mm野战炮、57mm速射山炮，克虏伯75mm山炮、以及英国威克斯75mm山炮、日本三一式速射炮等。
北洋六镇只有第一镇配备2个炮兵营，其余5镇均只配一个炮兵营，每个炮兵营配60门各种火炮，口型分75、57两种，类形分野战炮、山炮，总体来看北洋新军数量不少，但缺少大口径火炮，而且山炮较多，野战炮较少。而华东政府由于生产了大量的各种口径迫击炮，因此并没有装备山炮和速射炮，所有火炮均为野战炮。而如果将迫击炮也算进来的话，义勇军的火力其实也并不比北洋新军差。
另外义勇军在机枪上占有一定的优势，北洋军虽然装配了马克沁机枪，但数量并不多，当然比起义勇军来还是要多一些的，但义勇军装备了大量的通用机枪，威力虽不及马克沁机枪，但胜在数量多，移动灵活，可以随步军一起运动作战。
不过北洋新军每镇还配有一个骑兵营，而义勇军还没有成建制的骑车部队，其实也别说义勇军，就是人民军现在也只有一个骑兵旅。因此现在骑兵是人民军的最大短板。
总体来看双方的装备其实是各有所长，基本不相上下，而清军的总兵力略多一些，但却是进攻的一方，义勇军是在家门口作战，有主场优势，因此谁都没有明显的优势。
河湖根据地的军事负责人栗文飞认为，总体的作战原则还是和第一次反围剿战一样，采取诱敌深入到根据地境内，在运动中调动敌军，并寻找战机歼灭敌军。虽然双方的整体实力相差并不大，但也没有必要和清军硬碰硬拼，那样就算是获胜了，自身也会有相当大的伤亡，显然是不划算的，这个思路也得到了华东政府赞同。
而得知清廷准备出兵之后，根据地也正式开始了战前的准备工作，而义勇军的各部队也都擦拳磨掌，准备大干一场，因为人民军出兵辽东参战之后，连战连胜，大败日俄军队，现在攻占了海参崴，这也让义勇军的将士们，由其是穿越的军人都羡慕不已，毕竟人民军、义勇军其实是同一支军队的不同名称而已，而看着当年一起穿越的同伴在辽东战场上建功立业，扬名立万，自己却还守在国内，心里自然不得劲，现在清军要进攻河南，正好拿来练练手。虽然清军不能和日俄军队相比，但也是卿胜于无，而且击败清军之后，根据地肯定会再扩大，也还是有不少立功的机会。
当然这时河湖根据地还不知道清军的兵力布置和战术安排，因此安排大量侦察人员在根据地的周边活动，侦察清军的动向，并在各条交通要跑地区设置哨点，观察点，以便于监视清军的行踪。
而战备主要是在后勤和宣传方面。后勤方面主要是筹备物资、并且建立补济点、设立野战医院，对部队加强战术训练，整编民兵等。在宣传方面则是以第一次反围剿胜利为例子，向根据地的民众宣扬义勇军必胜，清军必败的信念，同时也要求根据地的民众服从根据地政府的安排，因为根据地制定的是诱敌深入的战术，自然免不了会在某些地区施行坚壁清野的战术，这样一来居民的配合也就十分重要了。
在第一次反围剿作战中，曾出现有一个原地主的家族拒不执行根据地政府的撤离命令，甚致还想迎接清军来剿灭根据地，结果一家人都被清军杀尽，财产被夺的事例，也被根据地政府作为反面教材进行宣传。
同时对在根据地内散布各种消极言论、谣言诽语，甚致是暗中煽动民众支持清军，并打算协助清军的人员、组织进行严格的查处，一但发现，决不轻恕。毕竟根据地成立的时间不长，根基不算完全稳固，而且在根据地实施土地改革，也确实得罪了一批地主乡绅势力，只是那时地主乡绅迫于大势，只能屈从于根据地的管理，但心里未必真服气，不少人都盼着王师能够早日打回来，现在清军果然打来了，因此这帮人难保不会有什么冒险的行动，也不能不防。