战斗结束后不久，自来也碰见了长门、小南和弥彦。面对弥彦渴望学忍术的请求，自来也不顾纲手的反对，决定教给三个孩子忍术，他觉得这是命运的趋势。
之后自来也就留下来照顾三个孩子，他在雨隐附近找了个木屋，与三个孩子一起住了进去。第一次吃晚饭，自来也抓来了一条大鱼，用火遁之术烧鱼吃。弥彦说，“老师，我记住钓鱼的要诀了！”长门哭了，弥彦问他怎么了，长门说突然想起了家人。
弥彦拍了桌子，“不许哭，你是男人！就因为这样，雨隐的男人才会被人认为是胆小鬼！”自来也道，“包围雨隐村的三大国，现如今一直没有安定下来，这场战争不会持续太久了。等你们长大后，各国也会互相理解，这里也会和平……”
弥彦生气，“这些都是你的一厢情愿！我们大家的家人都被杀死了，如果要互相理解的话，让他们也尝尝相同的痛苦再说，这也算分担痛苦嘛！”弥彦的反应让自来也很吃惊，其实自来也也知道，和平在忍界本就是一种奢望。
弥彦道，“但是，我也明白这些是不可能的，所以战争无法消失。我讨厌下雨，这个国家一直在哭泣，是胆小鬼，我要改变这个国家，要保护大家！所以自来也老师，请你让我们接受忍术的修行。”
回到房间后，自来也想要写那本小说，但却想不出小说的主题。想起弥彦的话，自来也忽然有了灵感，“虽然主人公为了消除仇恨，希望能够为大家创造和平。但是该怎么做呢？”小南突然开门进来，“不好了，自来也老师，长门和弥彦……”
自来也急忙带着小南赶出来，来到外面不远处，看见一个岩忍倒在地上，长门和弥彦躺在两侧。自来也扶起弥彦，问起情况。原来，长门和弥彦出门时，遭遇了这个岩忍，岩忍让二人交出食物和钱财，弥彦不肯，然后长门突然失控了。
自来也认出那个死去的男子是岩隐村的中忍，“到底是如何被杀……”自来也看向长门，长门的轮回眼打开了。看到这双眼睛，自来也震惊万分，“这孩子，难道是……那个形状，波纹的模样，难以置信！那双眼睛是三大瞳术中最崇高的眼睛，轮回眼。”忍者的祖师是六道仙人，据说现存的所有忍术，都是这拥有轮回眼的仙人所创造出来的。
自来也认为长门就是乱世中上天派来的救世主，同时也被称为将一切归零的破坏神。自来也一直以为轮回眼是神话传说，没想到这个世上真会有轮回眼的人存在。想起大蛤蟆仙人的预言，自来也道，“难道说长门就是那个变革者……这也许就是命运的邂逅啊！”
在教给三个孩子学习忍术的过程中，自来也发现长门居然具有轮回眼，他想起了那条寓言，他的弟子将为忍者世界带来重大的变革。
之后，自来也决定传授忍术给那三个孩子，让他们能够在遭遇危险时自保。弥彦兴高采烈，向长门谢过上次的救命之恩，“我说你是胆小鬼，真是抱歉了。如果以后发生什么事情，下次就是我来救长门你了。”长门道，“谢谢你，弥彦。”小南笑道，“是吗？可是长门比弥彦厉害哦！”弥彦不满，“可是通过接下来的修行，我就能变强了。小南，你的话太多了！”
自来也宣布修行开始，首先教授三人查克拉的凝聚方法。当天晚上，自来也发现长门独自在门外哭泣，就过去询问。长门说的是杀死岩忍的事情，当时弥彦被打伤，长门很愤怒，脑子变得一片空白，处于忘我的状态，等长门回过神来，岩忍已经死在地上了。之后长门很害怕，“怀着仇恨，失去自我的我，把对方给……这种做法是不对的。其实还有更好的方法……”
自来也道，“长门，我也不知道你的做法是否正确，但多亏了你，弥彦才活了下来。你保护了朋友，所以你的做法应该没有错，大家都不会怪你的。一旦被伤害就会记住仇恨，伤人同样也会遭人怨恨，同时也受到良心的谴责。但正是因为这种痛苦，今后才能以宽大的胸怀待人。这就是人类啊！”长门问道，“这是什么意思？”自来也大笑，“这就是成长啊！”长门再问，“成长是什么？”自来也道，“就是自己去思考该怎么做。”
长门说起自身的遭遇，他和小南在饿得无路可走时，弥彦救了他们两个，为此他不惜去偷别人的食物。长门道，“我只想保护他们两人，无论承受何种痛苦。”自来也很满意，“这样啊！”
受到弥彦和长门的感染，自来也在教授三人忍术的时候，终于开始了小说的创作，那本小说是自来也的第一本小说，题目就叫做《坚强毅力忍传》，也就是根性忍传。三个弟子各有特色，弥彦精通水遁忍术，把水遁用的出神入化。小南使用纸遁（秘术，非血继限界），变化成各种兵刃和暗器，威力强大。长门出乎意料地精通五遁忍术，这跟猿飞日斩是同样的奇迹，自来也对长门最为上心。
3年后，为了测试三个弟子的修行成果，自来也与三人对战。在大雨波涛中，弥彦发动忍术，“水遁，水乱波！”小南射出了纸手里剑，长门结印，“风遁，烈风掌！”三人配合出击，击溃了自来也的影分身。看到昔日的三个孩子已经变成了少男少女，而且已经出师，自来也道，“这样我就能放心回村子去了。从今往后，一切要靠你们自己了。这3年来，你们都很努力呢！”
自来也不是没想过带三个弟子回村子，但是长门的轮回眼太过骇人，一旦被他人知晓，不知道会引起怎样的轩然大波。要知道这个时候，白眼、写轮眼都在木叶，如果再加上轮回眼，肯定会引起更大的波澜。而且团藏等人在后面兴风作浪，长门一旦到了木叶，会遭遇什么，自来也都不敢保证。所以自来也不惜花费了三年时间留在这里，传授忍术给三人，让三人足以自保。预言里说的很清楚，自来也只是引导者，而变革者的路要靠自己来完成，雨之国无疑是个很好的实验之地。
听到要与老师分别，三个弟子都哭了，自来也道，“好啦，别哭了，弥彦。会让人以为你是胆小鬼的！小南你会成为大美人的。等你们长大了，我们还会再见的。这个国家还很贫穷，今后你们要悲伤的事情，还多着呢！不过，下次要用你们的力量去改变这个国家。”自来也转身向前走，忽然停下来，“长门，你们都成长了，对吗？”长门泪流满面，“谢谢你，老师！”自来也自认为完成了引导者的责任，放下一直压在心中的石头，带着离别的伤感，返回了木叶。
自来也回到村子后，第二次忍界大战还在持续，战斗进一步升级。（第二次忍界大战到底打了多久，除了ab先生外，恐怕没人知道。）木叶三忍在战斗中屡立战功，三人的通灵兽，万蛇、蛤蟆文太、蛞蝓，也跟着名扬天下，一起变成了传说中的名号。一场大战结束后，敌人溃败了。纲手叹气，“这场战争要持续到什么时候啊！要怎样才能结束呢？”大蛇丸哼了一声，“不会有这种方法的！因恨生恨就是这个道理。”纲手不满，“你怎么这么说？”自来也道，“方法我不知道，但我一定要抓住和平！只要有这样坚信的人，我认为就有希望。”
这时，妙木山的传信蛙送来了卷轴，自来也看完后悲痛欲绝，纲手问起原委。自来也道，“那些孩子们死了。我怒力想做出正确的选择，我以为那是给予我的命运。并且相信自己做出了正确的选择，可是，也许我错了。”纲手安慰他，“你一定会找到的，只要有信念。”
自来也道，“是啊，我的道路还长着呢！”大蛇丸冷笑不止，觉得纲手和自来也很天真，忍者本来就是为战争而存在的，没有了战争，就不需要忍者了。在这之后不久，第二次忍界大战就以木叶的胜利而结束了，战争来得快，结束的也突然，其实是各国的财力、物力、人力都支撑不住，战争打不下去了。
似乎和平的曙光降临了，自来也在木叶村收了另外一个平民出身的普通的弟子，这个人就是波风水门，一个充满微笑，阳光一样的温柔男孩。水门拥有的天赋之高，超乎了想象，这让自来也非常满意，并把水门视为预言之子。
正如一位贤者所说，各个忍村都只有两件事在做，一个是发动战争，另外一个是准备战争，这就是所谓的战争与和平。随着三代风影的突然失踪，忍界的平衡再次被打乱，第三次忍界大战就此爆发了。这场战争同样非常惨烈，五大国均被卷入其中。
将持续长久的第三次忍界大战引向木叶胜利的，是自来也的弟子波风水门，这就是在三战中名震忍界的金色闪光。神无昆桥之战奠定了木叶的胜局，最后，木叶的金水组合击退云隐的ab组合，为第三次忍界大战画上了完美的句号。这场胜利同样来之不易，有无数的忍者倒在了战场上。
战争结束了，木叶三忍前往墓区祭奠亡者，那里到处都是牺牲的木叶忍者的墓碑。慰灵碑前，放满了白花。三忍心情沉痛，纲手难过，“好久，实在太久了！今后要做什么呢？”自来也道，“是啊，继续去旅行吧！也许在某地能够邂逅能够改变世界的弟子呢！”纲手道，“这就是你自来也的命运吗？”自来也道，“嗯，可以这么说吧！”大蛇丸道，“哼，你还真是多事。”自来也道，“你就不想将自己的忍道，让别人继承下去吗？”
大蛇丸道，“搜集研究这世界上的一切忍术，我的愿望，仅此而已。”纲手道，“就算你能精进忍术，可人的生命是有限的。”自来也道，“就是啊，你看猿飞老师，被誉为五影最强，精通木叶所有的忍术，可现在也逐渐老迈，不复昔日忍雄的风采。”大蛇丸道，“我可未必。”说完，大蛇丸就独自离去了。纲手选择了静音作为弟子，带着静音踏上了以赌博为生的旅程。自来也想在临走前，看看弟子水门。就连猿飞都说，一向不着调的自来也，收了个好徒弟。
某日，当上四代火影的波风水门一脸微笑，他正在翻看自来也的第一部小说，《坚强毅力忍传》。在这部小说中，自来也把之前遇到的砂隐傀儡师、草忍、泷忍、风魔忍、宗教领袖他们的言行都记录在里面，并跟主人公发生战斗和交流。
主人公说了这样的话，“那就让我来解开这个世界的诅咒！若世界上存在和平，我就一定要去抓住它！我绝不会放弃！”水门正看得入神，自来也闯进来，推了他一把，“哦，在读我写的《根性忍传》啊！不过这是我的**作，文笔还有些稚嫩。写的不是很好啦！”
水门合上书，“不，没这回事。这故事写的非常出色。每个故事都穿插进老师你的传说，感觉有点像自传小说。”自来也坐下来，老脸发红，“没有啦，那个……完全卖不出去呢！下回的作品，我打算加入一些我最擅长的h要素。”
水门道，“这本书的主人公，直到最后都不放弃的形象真的好帅啊！这主人公感觉和老师很像。”自来也谦虚，“是，是吗？”水门忽然道，“那个我想好了，等我的孩子出世，如果他能成为主人公一样的忍者就好了。所以我想借用一下这本小说里面的主人公的名字，可以吗？”
自来也吃惊，“喂喂，这样好吗？我可是边吃拉面边随便写了个名字。”漩涡玖辛奈走出来，“鸣人，很不错的名字呢！总比金宇那家伙的名字好多了。”想起金宇那古怪的名字，水门也大笑起来，“说起来，他和正美的孩子的名字，好像也起好了。金宇希望孩子能够平安长大，不一定要当忍者，过得普通却能很幸福就好。”
玖辛奈轻轻抚摸肚子，“嗯，听正美说是团藏长老冥思苦想了几天几夜，才想出来的，好像是叫做晶臧，汉字的写法很麻烦的。团藏长老对那个孩子可是给予了厚望，这跟金宇的想法完全不同呢。”
自来也看到玖辛奈的动作，笑道，“真是的，这么说来的话，我就是给孩子起名字的人啦！这名字由我来取真的没问题吗？”玖辛奈温柔地走到水门身边，夫妇二人如同一对璧人。水门笑道，“正因为是老师你啊，要说拥有真正忍者才能的优秀忍者，已经非您莫属了。”自来也大为感动，还是第一次有人说他拥有忍者的才能。就这样，鸣人的名字是由水门的老师自来也所取，晶臧的名字同样由金宇的老师团藏所给。
那以后，自来也为了寻求自己的命运，踌躇满志，继续旅行。而自来也在木叶村遇到鸣人，是那之后很久的故事了。