五天后，水师舰队抵达了台湾淡水港。
回来台湾之后，岳云便立刻召集岛内众官员和军队中都指挥使以上级别军官，在台北城府衙前的广场上宣读了朝廷的圣旨，称海外都护府正式建立，府衙就设在台北城内，将原来的台湾府衙改为海外都护府府衙。
同时，岳云宣布由于台湾府升格为海外都护府，加上现在辖区已不止台湾一地，还包括吕宋州、琉球群岛和日本的迩摩郡、鹿儿岛、横滨城，所以要对机构设置进行重新安排。
海外都护府设大都督一名，由岳云担任，下设内政部、财政部、外交部、情报部、科技部、国防部六大部门。
内政部主要负责都护府内的民生、道路维修、城池建设、码头维护、矿产开采、人员登记管理，协调内部各州县的事务。部长由刘一宁担任。
财政部主要负责都护府内的收税、收支预算、财政拔款等事务。由李雨柔任部长。
外交部主要负责与都护府外的国家和地区联系交往，包括签订条约、对外贸易，保护都护府民众在他国的利益等。部长由薜源担任。
情报部主要负责收集海外都护府的内部及国外的情报。部长由巩月漓担任，分为对内调查司和对外情报司，分由巩义和巩勇担任司长。
科技部是由原来财政部下属的火器制造局提升而来的，主要负责各项科技的研发，及兵器、船只制造。岳云特地交给情报部一个任务，就是搜罗那些精通奇技淫巧的匠人，想方设法挖到台湾来。科技部的部长由陈规担任，目前只设了武器制造局、造船厂、农作物研究院三大机构，分由苏永贵、高宣和陈旉任负责人。
国防部主要负责士兵招募训练、保卫海外都护府的领土不受侵犯，按都护府的命令承担对外作战任务。部长由虞允文担任。下分陆军和海军两大兵种。
陆军都统为张宪。分为骑兵军、步兵军和火器军，分由岳雷、陆文龙和关铃任统制。
海军分为北海舰队和南洋舰队。
北海舰队的主要作战范围为高丽、日本、金国及台湾以北的江浙、琉球一带沿海区域，舰队司令由杨月担任。下属三大驻防舰队，分别是日本驻防舰队、琉球驻防舰队和台湾本土驻防舰队。其中台湾本土驻防舰队司令由杨月兼任，而日本驻防舰队司令和琉球驻防舰队司令则由吕浩、宋忠担任。
南洋舰队的主要作战范围则包括岭南沿岸，以及吕宋、安南、占城、马六甲、三佛齐等在内的南洋诸国沿海区域。舰队统制由李宝担任，下属五支分舰队。即第一、第二、第三、第四和吕宋驻防舰队。李宝自己兼任第一分舰队统领，菲加任吕宋驻防舰队统领。而第二、第三和第四分舰队则由曹宁、高宠、赵耀担任舰队统领。
同时，岳云还在国防部下开设了一所军事院校，称为台湾军事学院，由岳飞任院长，负责培训军官，训练士兵。
除了这六大部门外，岳云还新设立了两个颇具现代特色的机构：法院和议会。
法院自不必说。按岳云的解释，这就相当于大理寺和临安府的那种机构，专司诉讼。同时，延续了之前台湾府的两审终审制。设海外都护府最高法院，院长由张择瑞担任，下设台湾州、琉球州、吕宋州三个州法院。负责处理民间诉讼，由情报部对内调查司查获的贪污渎职官员也由州法院审理。而军队中的诉讼则有专门的军事法院进行审理。
而议会这个新机构却让众人都摸不着头脑。按岳云的说法，这个议会是将民间一些有声望的人组织起来，让他们参于政府的政策及法律制定，反映民间百姓的诉求。避免高层官员和基层民众脱节。而这些议会的议员由百姓推举。每五年推举一次。
第一届议会的议长由王童担任，以后则由议员选举产生。议员人数暂定为台湾三十名、琉球五名、吕宋五名。以后则按各州的人口比例来确定议员人数。这些议员并不列为政府官员，依然是一般民众，只是因担任议员担搁了他们的日常工作，由政府给予一定补贴。
在讨论海外都护府的政府机构设置时，当岳云提出设立议会，很多人都表示多此一举。而岳云却坚持要求设立。因为他太清楚一个国家有议会，而且是由民众推举的议员组成的议会。对国家的民主进程有多大作用了。
眼下海外都护府政府是一个全新的政府，以年轻人居多，较为能接受新事物。如果把规矩现在就定下来。以后按此框架向其他地方推广就容易得多。
如果现在不抓住良机设立，等以后向内地进军之后。在保守势力和士大夫文人的干扰下，设立议会就更难了。
当然，岳云也深知议会民主虽然遏制了君主独裁，避免出大错，但同时也让决策效率低下，尤其是战争时期，往往会导致战机丧失。所以他现在也仅让议会处于一个反映民情的地位，就连制订法律和政府内政方面的决策也只能参于讨论，决定权仍在自己手中。等到了以后时机成熟时，才进一步提升议会的权力。
在岳云将这一切麻烦事情，逐渐理顺之时，朝廷的特使也终于到了。
经过曹公公用“金锭攻势”的努力，再加上那每年二十万两白银的诱惑，赵构终于同意了将原来岳家军的将兵及其家属，归还岳云。
不过，赵构却是暗藏祸心。在秦桧的建议下，他下令将荆襄和江淮之地因战乱而产生的流民也全部算作岳家军的家属给送了过来。这样，便可使南宋朝廷减少了一个大麻烦，却让台湾背上了一个很大的负担和包袱。
这批流民总人数高达五十余万，每天消耗的粮食便是个天文数字，而且这五十万是人不是家畜。并不是让他们吃饱了饭便行了，他们还要工作、要生活、要住房、要挣钱。如果安置不好，又或他们上岛之后，和本地居民起了矛盾冲突，皆是个很大的麻烦。
赵构和秦桧的想法，便是企图用这批流民让海外都护府陷入大乱，只要岛内发生民变，引起大动乱，在台湾军队忙不过来之时，朝廷再出兵收复台湾，便是水道渠成之事了。
而如果岳云拒绝接纳，则会在这些民众中失去威信和凝聚力，今后荆襄、江淮之地的民众将不会再唯岳飞父子马首是瞻了。
岳云虽然明知是计，却也只得咬牙承诺了下来，事到如今，出尔反尔只会让情况变得更糟。
于是，一时之间，从长江口前往淡水港的船只络绎不绝，天天都有数千人上岸。这一来，让岳云不禁措手不及，导致岛内物价暴涨，粮食短缺。饶是岳云从高丽、日本、南洋采购了大批粮食，依然只能勉强不让百姓饿死。
不过岳云却是深知，这批人要么是对他和岳飞极为忠诚的将士家属，要么是对朝廷心怀不满的百姓。只要能把他们安顿下来，自己就凭空多了五十余万人口，对以后的发展大为有利。所以，哪怕是硬着头皮，也只能把人接收下来。
好在他还有从石见银山及吕宋开采的大量金银矿石，安置的费用倒是不缺。但如此多的人员拥入，却让台湾各地的官员、士兵、民众忙得焦头烂额。
而就在此时，占城国的驸马阮成文又派使者来催促了，称如果他再不出兵，占城就要沦陷了。
之前在舟山时，岳云曾答应了阮成文，称自己回到台湾，安顿好人员之后，便派兵救援占城。但没料到回去后不久，就被赵构弄了五十万流民到台湾来，这让他措手不及，所以一直没有派兵去援救占城。
而占城国在得知宋军即将来援的消息后，全国上下倒也振奋了一阵。连连出击，打死打伤了不少安南军士兵，让战争形势顿时得以好转。
不过随着时间的推移，安南军在安南国王李觉的率领下，顶住了占城军的反扑之后，又继续发动攻势，再次占据了上风。
占城军这时再也抵挡不住，连战连溃，安南军连破数城，眼看都要打进占城首都毗阇耶了。
占城国王阇耶跋摩于是只得再度命女婿阮成文向台湾求救，希望能尽快派兵援救占城。
今趟接到阮成文的求救信后，岳云也只得放下手中的工作，召集众人讨论如何出兵救援占城国。
但他没想到的是，王童、虞允文、薜源这三大军师竟然全都反对出兵。他们觉得现在台湾百废待新，大量移民涌入，还未安顿下来，岛内人心惶惶。如果此时派大军远赴占城，将会使岛内局势动荡，万一朝廷发兵进攻，则台湾危矣。
尤其是王童，历数了安南从中原王朝的管辖中独立出去的经过，以及历朝历代朝廷在对安南用兵时，折戟的过程。他坚称，以台湾目前的军队，要想击败安南是不难，但想让它臣服下来，却是很难很难。