此时左季皋已经给眼前的一幕完全惊呆了，完全没有听到金顺在说什么。
他怎么也想不到，自己亲自率领的进攻乌鲁木齐的大军，竟然会这样在即将取得胜利的最后一刻，瞬间崩溃。
左季皋由镇压圣平天国之乱起家，经历过的战事可以说不少，但象眼前这样的全军瞬间崩溃，他还是第一次经历。
现在的他，终于理解了，曾伯函为什么会在九江之败后，想要投水自尽了。
“大帅！大帅！叛军要冲过来了！您快走！快走啊！末将给大帅断后！”金顺的喊声让左季皋回过神来，听到金顺要他逃走，他的脸登时涨成了紫色。
“本帅就在这里！谁也不许退后！”左季皋厉声大喝起来，伸手去拔自己的佩刀，却被金顺按住了手。
“大帅！此处离战场过近，您要是有个闪失，全军不免动摇！末将不是要大帅逃跑！是请大帅立刻前往大营坐镇！”金顺知道自己情急之下没把话说清楚，让左季皋以为自己怯战畏敌，立刻说道，“这里交给末将好了！末将愿立军令状！今日杀败叛逆，逝不回军！”
左季皋听了金顺的解释，怒气稍息，这时不知从哪里打来了一枪，射中了距左季皋不远处的一座沙丘，发出一声尖鸣，左季皋心里一缩，他拉了拉马，对金顺说道：“本帅现在便去大营，你小心在意！务必要击破逆贼！”
“末将领命！”金顺大声的回答道。
左季皋带着督标卫队纵马急驰而去，金顺看着左季皋一行人渐行渐远。这才努力镇定下来。打马来到了一处高坡之上。举起望远镜，仔细观察起眼前的战况来。
这时候和金顺一样保持镇定的，是金顺和他的直属部队。金顺观察了一会儿之后，率军退到一处相对较高的地势，并把余虎恩、陶鼎金等还未溃逃的部队收拢过来，编列成军。
此时乾军将领徐学功注意到，叛军其实这时候也特别混乱。胡里伯克冲的太快，身边士兵不多。更多的叛军被堵在了乌鲁木齐城前，与刘超佩、戴宗骞两军拼命死战。他立刻带着骑兵越过胡里伯克，绕入城下，先把刘、戴两部救了出来，然后转身杀向胡里伯克身后。
胡里伯克见乾军发动反击，大惊失色，急忙朝旁边退去。但此时徐学功无心恋战，接应出刘、戴两军之后，便直接向东方退去。
此时两万名乾军已经跑得到处都是，人人都争先恐后地朝着后方奔去。
那一声炮兵阵地传来的巨大爆炸声。成了乾军的催命符，跑到这会儿。他们已经不是因为战败或者恐惧而跑，而是别人也在跑，自己不得不跑。
这时候，骆驼身上的最后一根稻草落了下来。
叛军的援军马明所部已经赶到了战场，这支叛军正好冲到了乾军的右翼。
马明是甘肃回匪头目，被乾军赶进新疆后，投奔了阿古柏，此人生性凶狠，见有机可乘，立刻撒开了手下开始屠杀。叛军士兵此刻象发了狂的野兽，挥舞着刀枪便扑了过来。
这是一场不折不扣的追歼战。乾军已经完全没有了抵抗的意志，从一支成建制的军队沦为一个个惊慌失措的孱弱个体，任由叛军像杀鸡一样肆意杀害，割去首级与耳朵。乌鲁木齐城外的广阔地带，变成了乾军的地狱，一时间尸横遍野，血流成河。
戴宗骞一路后退，在高地结阵自守以后，清点了一下兵力，发现本军两营伤亡了200余人，幕僚赵宏遇难。而董福祥更惨，三个营只剩下了不足100人，而乾军操作劈山炮的炮兵，也在爆炸和溃逃中十不存一。这还是在有组织撤退的情况下，那些一路跑成散沙的部队，还不知伤亡有多少。
戴宗骞看着败军，心里又是沮丧，又是惭愧。沮丧的是两万大军，居然就这样的轻易溃败了；惭愧的是，他实在是枉费了老上司李绍泉的一番苦心。
要说淮军还不愧是大乾帝**队勇营当中第一靠谱的部队。当有部下劝说戴宗骞撤退时，戴宗骞立刻激励部下道：“咱们是败了，可乌鲁木齐是叛军的最后存身之处，咱们好不容易才打来这里的，如果就此退走，下次再打过来就难了。败退到此为止，无论如何，咱们这里得守住！”
戴宗骞的坚定使军心迅速稳定了下来，刘超佩等诸将也都赞同他的决定，于是戴宗骞和刘超佩就地扎营，收拢散落的乾军，准备打一场防守战。很快，赶过来会师的有万淮、冯桂增、刘宏发等，这些人的部队都是相对比较完整的。
这时候金顺也率军赶来了。戴宗骞把刚才话重复了一遍，希望主帅同意，金顺分析了一下形势，同意了戴宗骞的意见，决定先收拢部队，结阵防守，先打退叛军的追击，然后再考虑重新进攻乌鲁木齐。
但让所有的人感到意外的，是叛军根本没有再继续追击。
金顺一开始还不敢相信，下令派出侦骑，多方打探，结果侦骑回报，叛军没有再追击，而是收队回城了。
金顺召集诸将会议，他分析叛军没有追击的原因可能有二：一是粮秣不足，不敢轻进；二是没有时间，他们要忙着庆功。
对于阿古柏叛军来说，这一天可以说是盛大的节日。人人都砍到了乾军首级，人人都立了大功，每一个人都笑逐颜开。从濒临全灭到大获全胜，这样的惊喜实在令人兴奋。
金顺并不知道，阿古柏事后清点战果，把所有割下来的乾军首级在清点完以后统统埋入一个大坑，填埋成土包，并立碑刻石来炫耀自己的胜利。
乌鲁木齐之战。是乾军入疆以来败得最惨的一场战斗。也是最让人惋惜的一战。
乾军凭借着数倍于敌的优势兵力。以犁庭扫闾之势开局，在距离胜利最近的时候，居然因为一次意外的爆炸而中道崩溃，演成大败，实在让人扼腕叹息。
如果没有那门大炮的意外炸膛，乾军便能顺利攻入城内。左季皋的作战计划虽好，但是这一次，他的运气实在是太差了。
时人记述乌鲁木齐之役时。只用了这样寥寥几句：“……忽劈山炮一尊破，误失火与药柜，药发冲天，一军惊溃……”也就是说，乾军的胜负完全取决于一门大炮。这样下结论，是否公平？
也不尽然。
乌鲁木齐之战确实是因为一个偶然性的意外而出现了这样的转折，但在这偶然之中，又蕴藏着某些必然。
如果战前，左季皋不去验证他那个“长短互补”的理论非要用旧式劈山炮，只用西洋大炮攻城的话。局面或许会大不相同。
如果不是左季皋急于建功，合围强攻。而是“围三阙一”，说不定阿古柏和白彦虎便会选择出逃，而不是困守坚城。
如果董福祥的部队严守纪律，不抢攻入城，而是留在阵位上护卫炮兵阵地——毕竟被爆掉的只是劈山炮阵地，攻城主力的西洋攻城炮阵地还完好无损——说不定叛军还不敢轻易的出城冲杀。
如果方春发、陈百顺与张俊三部骑兵在事发后没有逃走，而是前进支援，说不定叛军的反攻不仅会被扼杀在萌芽中，还有可能顺势一举攻下乌鲁木齐城。
如果乾军诸部都像刘超佩、戴宗骞、徐得功等人治军有方，虽惊不乱，一营一营徐徐后退，叛军便不会有这么多机会展开屠杀。
这一连串“如果”说明，乾军在进攻之前，已经存在着严重的纪律问题。诸部各行其事，打顺风战就一窝蜂地冲，战况不利就一哄而散，缺少整体的协调性。哪怕是左季皋亲自坐镇指挥，情况也没有多少好转。叛军面对的，实际上不是一支2万人的大军，而是一大堆支离破碎的小部队。这样一支军队，面对少数敌人会发生溃败，其实一点都不意外。
而这场败仗也说明，左季皋虽以镇压圣平天国之乱而闻名天下，实际上他擅长的是策略而非实际指挥，在平定陕甘回乱及收复新疆的作战中，他本人一直从事的是后勤方面的工作，主要的作战都是由部将刘松山（阵亡后由侄儿刘金堂接替）、金顺、张曜指挥的，他本人并没有指挥过一次战役，而这一次西征新疆到了最后关头，在喀什噶尔、玛纳斯、达坂城等叛军坚固据点相继拔除，阿古柏叛军已然穷途末路之际，他亲自指挥的这场战役竟然打成了这个样子，可以说让时人大跌眼镜，也让他从“擎天之柱”的云端掉落了下来。
乌鲁木齐之战中，乾军的伤亡数字一直存在争议。叛军向俄国人和英国人声称斩下12714颗乾军首级，数字有零有整，听着象是那么回事，英国人和俄国人也都信以为真，但这个数字水分实在很大，即使是真的，也很可能是叛军冒杀新疆平民或城中的民夫，去凑歼灭乾军的总数，以前这种事他们就经常干，阿古柏攻陷和阗时，便声称杀死敌军5万人，其实当中大部分都是平民百姓。
事实上，乾军的伤亡并不如外界想象的大。
乾军伤亡最大的部队，是董福祥的三个营。这支部队共计1500人，最后只剩下不到100人，基本上等于是全军覆没。另外戴宗骞的部队为两个营1200人，伤亡大约是在250人左右，伤亡不到四分之一；刘超佩所部伤亡率也差不多，两个营1200人，战死者有200多人，也就是说，最靠近乌鲁木齐城的这些部队，阵亡总人数不超过2000人。
乾军的其他部队里，方春发、陈百顺与张俊早早地就跑了，又是骑兵，基本没受多大损失。徐得功部因为是主动进攻，打了叛军一个措手不及，救出刘、戴两军后撤退也很及时。伤亡也不大。其他如万淮、冯桂增、刘宏发等军。本就不在主战场。跑起来也不是叛军能追及的。值得注意的是，乾军在乌鲁木齐之战前后均无将领死亡，指挥层在大溃败中并未蒙受巨大损失，他们还维持着最低限度的组织度。也就是说，在这一场溃败中，乾军不是完全地跑成一片散沙，而是以各军将领为一个个小核心，拼命向后方运动。伤亡情况基本上都出现在这些小核心外围以及后面的离散乾军。这些人跑得很散。看着很多，但实际上数量并不大。
董福祥部可以说全军覆没，姑且不论；戴宗骞、刘超佩以步兵深陷敌阵，伤亡率约为25%，那么位于阵后的其他骑兵部队伤亡肯定不会超过这个比例，2万乾军，实际伤亡大约在3000人左右。
3000人，足足3000名乾军士兵倒在了乌鲁木齐城外的土地上，倒在了距离胜利最近的时刻，这足可以称为西征以来的第一惨败了。如果不是金顺随后攻克了乌鲁木齐城。这场惨败足以成为左季皋军旅生涯最大的污点。
金顺在收拢了败兵之后，乾国重新集结。这时由法国教官高德佩带领的炮兵队并未撤出阵地，并且在健锐营营官和振兴的支援下，成功的守住了炮兵阵地，不仅打退了叛军的进攻，还用大炮平射，打死叛军500多人。消息传来后，金顺大喜过望，立刻率大军前移，同和振兴、高德佩会合。
乾军重新来到乌鲁木齐城下，叛军见乾军去而复返，不由得很是吃惊，而金顺为了抓住战机，立刻便开始了攻击，此时被乾军大炮轰塌的乌鲁木齐城门尚未来得及修复，乾军大炮又开始了攻击，很快，在高德佩的指挥下，140毫米施耐德大炮又将城墙轰塌了一处，乾军士兵一拥而入，这一次抢先入城的是戴宗骞和刘超佩，而后是董福祥和冯桂增，这些人带着手下，怀着刻骨的仇恨同叛军展开激烈的巷战，经过一个半时辰的激战，乌鲁木齐城最终被乾军攻克。
回到大营后的左季皋一直坐立不安，他派人去给分兵进攻叛军的刘金堂、张曜送信，要求他们派军支援，乌鲁木齐城下惨败的消息传到了正在进攻叛军的刘金堂军中。刘金堂一听，大为震骇。如果中军溃败，意味着其它地方的叛军可以肆无忌惮地向他这里或是张曜那里增援，且士气此消彼长，以后的仗就不好打了。刘金堂急派部将谭拔萃率所部前往中军支援，而当谭拔萃赶到左季皋大营时，左季皋满面春风的正准备庆功——金顺已经将乌鲁木齐攻克了，谭拔萃于是派人飞骑往报刘金堂与张曜，避免了左右两路乾军出现混乱。
乌鲁木齐城虽然克复，但左季皋心里却并不满意，而他的不满意，不是因为大军伤亡的4000多人（攻城巷战又损失了1000余人），而是因为，叛军的酋首，他一个也没能抓到。
原来，在出城追击之后，料到乾军很快还会再来进攻，阿古柏的儿子胡里伯克和叛军另一酋首白彦虎没有回城，而是直接跑路，奔向俄国境内而去，阿古柏得知消息后，又气又恨，他仍想坚守，于是命令所部坚守，次子海古拉为最高指挥官，但海古拉知道，在之前乾军的炮火攻击中，他的部下已经遭受了惨重的伤亡，现在城门被毁，城墙也受损严重，是无法坚守的，是以他偷偷的做好了逃跑的准备。在乾军突入内城之后，海古拉趁乾军没有对乌鲁木齐形成合围，挟持着父亲阿古柏逃出城去，也和哥哥胡里伯克一样，直奔俄境逃跑。
虽然攻下了乌鲁木齐，但叛军首领一个也没有抓到，只捉到了阿古柏的部将阿里达什和白彦虎的部将于小虎等几人和一票土耳其人军事教官，左季皋明白，只凭这些虾兵蟹将，是无法向朝廷交差的！
为了抓住阿古柏，金顺一边大派骑兵追捕，一边派人打探消息，不久便有一个对左季皋十分重要的消息传来：阿古柏死了。
在逃出乌鲁木齐后，阿古柏预感到灭顶之灾已经降临，突然死于逃亡俄境的途中。他的死因至今也是个谜。有人说他看死神逼近，索性喝了毒酒一死了之，还有人说，此时的阿古柏已经丧失理智，歇斯底里发作，因一件小事和次子海古拉吵闹打架，拔刀要杀海古拉，结果被海古拉手下的卫兵失手打死，等等。但不管怎么说，比较可信的是，这个双手沾满新疆人民鲜血、罪大恶极的阿古柏，确实是死了。海古拉护送阿古柏尸体前去和哥哥胡里伯克会合，为了防止弟弟前来与自己争权夺位，胡里伯克手下军官穆罕默德?孜牙开枪杀死了毫无思想准备的海古拉。阴谋实现后，阿古柏和海古拉一并被胡里伯克葬在沙漠之中。