开国大典过后，盟军便开始对日本本土实施登陆作战，不过一份来自美国联合参谋部的报告让美国新任总统杜鲁门犹豫了。
这份报告是联合参谋部根据之前的硫磺岛战役和琉球群岛战役做出的战术评估，根据之前的战损，联合参谋部认为盟军如果选择登陆日本本土作战的话，伤亡将会达到一个惊人的数字。至少会有160万盟军伤亡，其中死亡或失踪将超过40万。
对于联合参谋部的这份报告，美军在太平洋上的主要将领尼米兹和麦克阿瑟都表示赞同，虽然与她们的伤亡估计有一些差距，但是差距并不是很大，这份报告基本上是准确的。
随后，美国战争部部长史汀生也上呈了一份报告，其评估征服日本将造成170万到400万的美军伤亡，其中死亡40万到80万人，而日本方面仅死亡就可达500万到1000万人。
如此巨大的伤亡估计，让美国政府不得不暂停对日登陆行动，并且紧急与中国和苏联方面取得联系，商讨此事。
马峥自然知道美国人的担心，因为根据历史记载，现在美国的原子弹还没有研制成功，也就是说美国并没有对付日本人的终极武器。
根据历史记载，美国是在1941年底才正式批准了原子武器的研制计划，并取名为“曼哈顿工程”，由美国陆军工程兵团建筑部副主任格罗夫斯将军任计划总负责人。四年后，世界上第一颗原子弹在美国新墨西哥州的沙漠地区爆炸成功，这种威力巨大的武器横空出世。
不过在此之前美国人并没有迫使日本投降的资本，所以马峥建议中央坚定登陆日本本土的意见，这样一来便可趁机在参与到这个庞大的计划中来，即便是美国人研制成了原子弹也不能吃独食。
对于马峥的建议中央很重视，随后外交部向杜鲁门转达了中国的意思，要么就进行登陆作战，要么就想方设法迫使日本政府投降，除此之外别无他法。
为了显示中国政府的决心，在上海和天津、青岛等沿海地区，隶属于马峥所部的200万大军已经整装待发，做好了战斗准备，随时准备登陆日本列岛。
而斯大林也觉得对于日本这个弹丸小国没必要容忍太多，现在欧洲战场的战事已经结束，苏联可以在短期内抽调超过150万的部队参加登陆日本的作战，如果美国没有更好的办法的话，那么只能继续执行登陆作战了。
事实上杜鲁门现在也很纠结，一方面他担心登陆作战将会给美军造成巨大的兵员伤亡，一方面却又没有好的办法迫使日本人无条件投降。
而作为美国盟友的中国和苏联却都坚持攻占日本列岛，彻底扫清太平洋地区的这颗水雷，他确实难以抉择。
然而，天无绝人之路，就在罗斯福纠结的时候，负责曼哈顿工程的理论物理学家jr奥本海默亲自向罗斯福汇报，说一颗实验性原子弹已经完成了最后装配，请求进行爆炸试验。奥本海默的汇报让杜鲁门想到了解决眼下难题的办法，随即同意进行试验。
事情的一切都回到了原点，1945年7月16日清晨5时30分，世界上第一颗原子弹在墨西哥的沙漠地区试爆成功。
紧接着，安装在代号“小男孩”的原子弹的铀-235弹体，由美国重型巡洋舰“印第安纳波利斯”号在大批飞机和潜艇的护送下运抵西太平洋马里亚纳群岛的提尼安岛。随后，其它放射件也由美国空军运输部3架c-54运输机运抵提尼安。
8月6日凌晨，在无数照相机和摄影机的强光下，负责投掷原子弹的“埃诺拉盖伊”号b-29轰炸机机组成员由迪贝茨上校率领，鱼贯进入机舱。
凌晨2时45分，携带原子弹“小男孩”的“埃诺拉盖伊”号起飞离开提尼安，飞向日本。
8时15分，原子弹降临广岛，一朵高达万米的蘑菇云将广岛市中心3公里范围内笼罩在黑灰色的云雾之中。
8月9日11时2分，美军又在长崎投下第二颗原子弹“胖子”。在原子弹袭击中的死者和失踪者，广岛约有15万，长崎约8万。
8月15日，日本天皇发布投降诏书，宣布无条件投降。
日本终于投降了，这个给亚洲人民以及美国造成巨大的灾难的国家终于屈服了，全世界深受战争创伤的人们在广播中听到日本天皇宣读的投降诏书时，所有人都哭了。
9月2日，在历史的见证下，日本政府在停泊在东京湾的美国战列舰“密苏里号”上与盟军签订了投降协议，日本正式投降。
日本投降之后，中美英苏四国分别对日本列岛进行了分区占领，中国的军队奉命占领九州以及日本西北部地区，美军则是进驻日本中部以及东北地区，英军则是占领四国，苏联则是占领北海道，而马峥作为中国对外占领军的总指挥于8月20日登陆日本本土。
战争虽然结束了，但是关于战争后续问题却急需解决，首先是怎样处理日本，是分区占领，直接肢解日本，还是重建日本政府，这是摆在盟国面前很大的一个问题。
苏联认为日本国民深受武士道精神以及军国主义的毒害，如果不肢解日本的话，那么再过十年二十年日本还将会成为盟国的心头大患，因此苏联认为应该肢解日本，中美英苏四国根据所占的占领区实行永久性占领。
但是美英两国却不同意，首先是因为有德国这个例子在前，正是因为一战后对德国处理不当，所以才引起了第二次世界大战。
经历过两次世界大战，不管是美英还是其他国家都怕了，也倦了，因此在处理战败国问题上美英等国都不像一战时那样只懂得狼吞虎咽。
美英两国认为，对于日本这个曾经独立的国家，而且还是一个独立的强国，盟军应该给予极大的尊重，无论如何不能对日本实施永久性占领，因为这将会成为引发第三次世界大战的导火索。
美英两国认为对于日本应给实施政治扶持，也就是在盟军的支持下组建新的民主政府，并且就日本给各国造成的损失进行赔偿，对于那些在战争中犯有战争罪行的高层进行审判。
而中国政府的意见是，首先是日本必须解除自己的军队，除了拥有维持治安的警察外，永远不能拥有任何武装力量。其次是解散政府，所有战犯必须接受国际审判，任何人都不能以任何理由逃脱审判。第三归还在战争中掠夺的中国财产和文物，并且赔偿战争损失。第四是归还琉球群岛给中国。
这些要求很合理，因此盟军方面并没有推诿，很爽快的就答应了。
在中国的要求下，中美苏英等国组成联合法庭，对包括日本天皇在内的所有战犯进行审判，受审战犯共18226人，其中1931名战犯被处以死刑，其他多数被判处5至20年不等的有期徒刑，使得这群发动战争的刽子手得到了应有的惩罚。