李明峰到迪化的时候，陈星翰带着自己麾下的一镇常胜军已经先到了三日了。得知李明峰即将到此，陈星翰带着人马，到迪化城外十里处亲自迎接。
当李明峰的十丈大旗遥遥出现在天边的时候，陈星翰立刻纵马上前，到了李明峰的八抬大轿之下，这位新任的巡抚大人迅翻身下马，跪伏于地，高声道：“新任新疆巡抚陈星翰，叩见太师”
李明峰闻声，撩开轿帘，走下轿子，将陈星翰扶了起来，满面笑容的说道：“老陈，你和我客气什么，赶紧起来”
随着年纪的增长和官职的提升，李明峰和常胜军众将之间的关系也越微妙了起来。因为地位的巨大提升，而导致李明峰做事也谨小慎微了起来，猜忌之心越来越严重了。所以老李在安排人事的时候，尽量提拔自己信任的人。
不过，老李对自己信任的人，也往往是留着后手，严加防备，防止叛乱。
而陈星翰也知道这种情况，所以他一见面立刻就对李明峰极尽恭顺，尽量消除老李的戒心。李明峰张口就称呼陈星翰为老陈，一方面是因为以前也经常这么叫，一方面也是李明峰有意而为，为两人营造出融洽亲密的气氛。
陈星翰被李明峰扶起之后，立刻说道：“大人此次西征，收复新疆，真乃不世之功啊”
李明峰笑着说道：“呵呵，老陈啊，你倒是越来越会拍马屁了。你现在可是堂堂的一省巡抚了，以后也要注意点自己的身份吗。”
刘铭传、蔡宜群、宋庆等人也都骑着马跟在李明峰的轿子后面，看到陈星翰过来，众人也都下马相迎，现在听了李明峰的调侃，众人也跟着哈哈大笑。
陈星翰故作随意的道：“什么巡抚不巡抚的，我的一切不都是大人赏赐的吗。要是没遇见大人，我还得在绿营军之中厮混呢，即便混得如意，最多也就是个游击、千总罢了，哪能像今天这般光宗耀祖啊”
陈星翰是最早参加洋枪队的，在这之前，他只是两江总督衙门下面的一个小小的把总。他上面也没有人关照，要不是李明峰提携，即便这七八年他混的如意，恐怕也只能升职一两次罢了，哪能像现在一样，八年升职十几次？
所以陈星翰这话，倒也说的是真心诚意的。
李明峰满意的点了点头，又说道：“你到新疆做巡抚，布政使我给你安排好了，是哈密回王的儿子。按察使还空缺这，几个道员我也没任命，这些职位都交给你来安排。你记住，一定要把新疆牢牢的掌握在咱们常胜军的手中。”
陈星翰高兴的应道：“是”
按察使可是大官，从二品，道员也是四品官，地位也很高，李明峰把这几个职位留给陈星翰任命，相当于给了陈星翰很大的自主权。这样一来，陈星翰就能把自己的亲信安插上来，这就能提升他在新疆的权力。
李明峰看着满面笑容的陈星翰道：“你这一万人马，镇守迪化是足够了，但是新疆之土，方圆五千里，别说一万人马，就是十万，恐怕也力有不怠。你到新疆之后，要在当地征召士兵，充实常胜军。
哈密回王、吐鲁番回王都是忠于朝廷的，可以让他们在当地选拔维族、蒙古族、回族、汉族的精壮百姓组建新的军队。我建议你的一镇人马应该扩充成三镇，这才勉强够用吗。”
陈星翰应道：“是我会照办的，可是这统领人选该如何指定？而且该镇守何处？使用什么装备？全用异族人成吗？非我族类，其心必异啊”
“走”李明峰对着身后轿夫说道。
李明峰没有上轿子，而是和众将一同步行往迪化方向走去。一边走，李明峰一边说道：“你亲自担任新疆第一镇的统领，第一镇的人马就是你的旧部。第二镇的统领是姚宝忠，第三镇统领是安靖庐，这两镇的的中高层将领一半从常胜军旧部选派，一半让各大回王家的年轻一辈来充任。”
陈星翰应道：“是”
此刻，姚宝忠和安靖庐就在陈星翰的身后，他俩听了这个任命之后，脸上现出惊喜的神色，连忙跪在地上给李明峰叩头，口中不住的谢恩。
李明峰见状，故作不悦的说道：“我不是说了吗，军队内部要行军礼，不要搞这套老古董的东西。”
两人闻言，立刻站了起来，行了一个军礼道：“是”
姚宝忠和安靖庐是陈星翰手下那镇人马的副统领，李明峰提拔他们两个，是合情合理合制度的。这两人也是洋枪队老成员，对李明峰的忠诚度没有问题，而且还是陈星翰的副手，陈星翰也挑不出这个任命的毛病。
一直以来，为了防止常胜军六镇人马变成各大统领的私家军，李明峰也经常调换那一镇人马的中级将领和副职，姚宝忠和安靖庐以前是韦志俊的副手，后来又调到刘铭传手下，两年前被调到陈星翰手下。所以，这两人也算不上是陈星翰一党的，这就防止了陈星翰在新疆作大的可能。
而且李明峰直接当着两人的面，命令，就是要让两人知道，谁才是赏赐他们荣华富贵的人，也能让他们知道效忠的对象
李明峰伸手在姚宝忠和安靖庐肩膀上拍了拍，以示抚慰，然后又转身继续往迪化方向走去。李明峰一边走一边说道：“一镇要在迪化，一镇要在阿克苏，一镇要在哈密。这三个地方战略地位重要，驻兵在此最好。
至于新军的底层士兵吗，我建议要由各族青年担任，但是不要让他们一个民族成一个连或者一个排，一定要打散分配以连为基准单位，维吾尔族和回族、汉族、蒙古族的比例应该是三比三比二比二。这样就有利于管理了，不至于让他们抱团。
由少数民族来组成军队，容易在新疆办事，能减轻民族矛盾。要是全都是汉人的军队，当地百姓会有种被镇压、被统治的感觉，要是军队是自己民族的，他们的接受度就会高一些。而且让这些回王贵族来充任军官，也会方便行事。
而且组成一支军队，那是要统一使用汉语来沟通的，也能在一定程度上同化他们。长期来看，只有彻底同化了这帮回子，新疆才能长久的安定。
至于武器，这次西征，我们缴获了阿古柏的英式火器很多，估计起码有五六万条枪，两千门火炮。这些武器一半留给你们，一半我带回辽东。新军就使用这批武器，至于教官，普通士兵直接用你的老部下来训练，高等军官先送到保定陆军学校培训一年，然后再上任。”
陈星翰应道：“大人英明”
李明峰要求把军官送到保定去培训，也是为了加强对新军的管理。保定陆军军官学校的主要课程就有《李明峰思想》，《李明峰作战理论》《李明峰主义》等等，这些课程可以完成对学员的洗脑工作。
只要从保定陆军军官学校毕业出来，李明峰自信这些中低级军官会成为自己最忠诚的部下。
李明峰又道：“朝廷每年给新疆两百万两协饷，以前是供养新疆五万军队和上千官员的。现在供养常胜军的三镇人马，也是绰绰有余的。不过，以后常胜军的军费开支还是要走老程序，我会让胡雪岩把票号开到迪化来。
以后朝廷的拨款，先入胡雪岩的票号，进入常胜军的总账。每个季度新疆军的所有开支先做一个预算，再上报辽东，等我批准过后，再拿我的手令从新疆的票号里支取。”
陈星翰应道：“是”
李明峰这是又从经济上控制了新疆军，朝廷每年拨给新疆军队两百万的军饷，李明峰打算直接给划到自己的名下。新疆军有需要，再从李明峰手中申请，这就使了新疆军没有经济独立性。经济不独立，新疆军脱离李明峰掌握的可能性就基本为零了。
陈星翰自然知道，李明峰这都是防备他在新疆自立的。虽然有些感觉到自己和李明峰之间的关系有些疏远，但是陈星翰也不得不佩服老李的安排。这简直就是滴水不漏，既让他能掌握新疆，也使他根本不可能脱离李明峰而独自成为一方势力。
李明峰在前面走着，一边走一边安排新疆的未来事项，陈星翰等人在后面紧紧跟着，不住的附和老李的安排。十里的路程并不长，不到一个时辰，众人就进了迪化。
李明峰带兵入了迪化，新疆这些表现不错的回王一同集资在迪化城内给李明峰摆酒庆贺。李明峰和新任新疆巡抚陈星翰还有常胜军的将领们都出席了这次酒宴，席间这些回王赠送给李明峰不少金银，表示要充作常胜军军费。
李明峰大略看了一下，总共也就是三五十万两白银罢了，不是什么大数字。老李也理解，这帮新疆回王都穷，这些银子都已经是他们能拿出的极限了，所以老李也没有苛求什么，直接笑纳了。
等到宴会开始，看到李明峰心情不错，伯锡尔在众回王的不断暗示之下，终于开口问道：“太师大人，阿克苏那帮乱民，虽然有罪，但是他们也就是受了一小撮分子的鼓动罢了，并非真敢对抗朝廷……”
阿克苏城被李明峰给血洗了，至今还扣押着两万俘虏。这些俘虏都是阿克苏的普通维族百姓，他们趁着李明峰出去救援玉努斯江而反叛，彻底激怒了老李，让老李施展了一下雷霆手段。
不过诸回王和这些俘虏都是穆斯林，回王们想要尽尽义务，试着求个情。但是李明峰却丝毫不给他们面子。
没等伯锡尔说完，李明峰就阴着脸道：“好了，王爷，此事您就别插手了。不敢对抗朝廷？我手下的士兵死在这帮乱民手中上千人这就是不敢对抗朝廷的表现吗？”
伯锡尔被李明峰一顿抢白有些尴尬，但是老李却继续说道：“这些人，我会带到辽东充作苦役。他们要是老老实实的，过个十年八载的，还能得到赦免，要是还敢妄图反抗，只有死路一条”
伯锡尔看咽了口唾液，硬着头皮又道：“太师大人，你看，南疆的那十四个领主到底该如何处理呢？他们虽然投靠了阿古柏，但是也是逼不得已啊，我看太师大人大量，最好就饶了他们。”
新疆的领主们，多多少少都有些联系。南疆的那些领主虽然更倾向于对抗朝廷，但是和北疆的领主们关系却不错。伯锡尔和南疆的两个领主也有姻亲关系，所以他想替这些被李明峰扣押的回王们说说情。
而且在伯锡尔看来，朝廷还是要依靠回王们来统治新疆的，李明峰只不过是想惩戒警告一下那些南疆回王罢了，不是真想杀掉他们。所以伯锡尔认为自己的求情，也许还是给李明峰找了个台阶下，让老李有借口放人。
李明峰冷笑道：“阿古柏没来的时候，他们就纷纷造反了，难道这也是逼不得已？”
伯锡尔听了这话，知道自己的推测恐怕是错了，头上隐隐现出了汗珠，但是仍然辩解道：“他们那是鬼迷心窍了如今看到朝廷雄狮的天威，他们应该早就服了，否则也不会献城投降啊。”
李明峰大手一挥，止住了伯锡尔的话头，不满的说道：“伯锡尔王爷，你也不用替他们说情了。新疆几百年来一直不消停，就是这些地方势力作祟。他们不像王爷您，您的家族忠于大清，但是他们的家族，时刻都在琢磨着如何反清
这次索性我将他们斩草除根，南疆是叛乱之源，我将南疆的回王全部递解入京，然后处死。到时候，南疆就直接处于巡抚大人的管理之下了，也没有什么回王问题了。这样你这个哈密回王，日子也能轻松一些，不用时刻防备着南面造反了。”
伯锡尔听了话，愣了半响之后才连忙道：“哦，太师英明，太师英明。”
诸回王也吓得满头大汗，李明峰话说的很明白，他这是要将这些投靠阿古柏的回王全部诛杀。所谓兔死狐悲，这几个回王虽然在阿古柏到新疆的时候，保持了忠于大清的态度，但是他们毕竟也和南疆那些人一样，都是领主。
李明峰现在表现出了对领主的轻视态度，让众人觉得自己的地位也岌岌可危了。
李明峰要的就是这种效果，看到众人满头大汗，李明峰继续冷声说道：“南疆以后就剩下两个领主了，一个就是布加罗大人，他统领喀什新城，一个是雷扎伊大人，他统领喀什旧城。除了这两座城池之外，南疆全部都归朝廷直接管理。
北疆也就是在座的几位大人了，还希望诸位领主老爷能配合官府，管理百姓，不要妄生事端啊”
众人齐声应道：“一定，一定”
敲打完毕之后，李明峰又说了些抚慰的话，气氛才逐渐好转起来。穆斯林不喝酒，所以宴席结束的比较快，晚上七八点钟众人就散了。
李明峰又在迪化休整了三天，在此期间将新疆的事务安排完毕，这才带领常胜军返回。出来时候的六万大军，如今只剩下一半了，三万人马押着两万多阿克苏的叛乱回民，浩浩荡荡的向东而行。
临行前，李明峰还是觉得玉努斯江是个废物，于是就在迪化城头将其斩。可怜这个一直想要谋取富贵的浩罕人，竟然是这么一个结局。
李明峰离开新疆之后，朝廷的圣旨也到了新疆。布加罗因为诛杀阿古柏有功，加封为贝子，赐他喀什噶尔城为领地，雷扎伊加封为镇国公，赐他喀什老城为领地。
两人的兵马也被朝廷削减，布加罗只允许拥有千人卫队，雷扎伊只允许有五百人的卫队，不许多一人。一旦被现卫队数量标，将会受到朝廷惩处。
就这样，新疆的征程结束了。整个新疆，除了伊犁附近的几百里土地之外，都重新归到了大清的版图之中。
通过李明峰的大规模改制，中央政权对新疆的控制力度大增，存在了上千年的封建领主制度，基本上已经灭亡。新疆终于和中原省份一样，受到了朝廷的直接管辖。