虽然在进攻南京的问题上，面临着左右两难的问题，但是在十一月初，帕特里奇仍然批准了进攻计划。
显然，这不是出于军事上的考虑，而是政治因素起了决定性作用。
不管怎么说，到十一月初，随着美台联军在汕头方向上的进攻行动偃旗息鼓，其他两个次要方向上的战斗也暂时告以段落，东南战场上，总兵力已经超过一百万的美台联军面临着无仗可打的尴尬局面。
因为美国当局已经承诺在东北战场上取得重大突破之后，发动进攻南京的作战行动，而台湾当局又将这一承诺当成一回事，所以在帕特里奇犹豫着要不要打南京的时候，美国当局替他做出了决定。
南京必须打，只是没有规定一定要打下来。
由此可见，起到主导作用的仍然是军事因素，而不是政治因素。
在这一点上，美国当局的做法相当开明，没有给帕特里奇太大的压力，也没有让政治因素干扰军事决策。
以当时的情况，发动进攻的主要目的还是为了平息台湾当局的不满。
受此影响，在部署进攻南京的作战行动时，帕特里奇就显得非常保守了。
因为美台联军已经在石臼湖东岸站稳了脚跟，而且为进攻南京准备了好几个月，所以帕特里奇将此设为主攻方向。
问题是，中国军队的防御部署也主要针对盘踞在溧水县南面的美台联军。
如果能够轻易突破中国军队设在南京城区南面的防线，美台联军早就发起了进攻，也早就打下了南京。
为此，在部署进攻的时候，帕特里奇还选择了两路辅攻方向。
一是让之间攻打安庆的部队从芜湖出发，北上攻占当涂县，再沿着长江南岸，向马鞍山推进，最后攻入南京。二是让占领了上海的部队向镇江集结，做出渡江攻打扬州的样子，迫使中国军队在长江北岸部署更多的防御部队。
问题是，这两路进攻部队的兵力都非常有限。
因为要守卫铜棱市，挡住华中战区的中国军队，所以能够从芜湖出发，攻打马鞍山市的美军只有两个主力师与两个国民警卫队师，即便算上协同作战的十个台军旅，总兵力也不会超过十五万。更要命的是，陈必时复职之后，仿照罗耀武在东北战区采用的办法，依靠当地民众组建了大批敌后游击队。就算美台联军能够出动十五万大军，真正能够用在进攻上的也就只有两个美军主力师。
从镇江出发的部队更加麻烦。虽然陈必时主动放弃了上海，没有让这座远东最大的城市遭受炮火摧残，但是中国军队并没放弃在长江南岸的抵抗行动，几个月来，大批中国军队零散渡江，在长江南岸与美台联军周旋。加上在该地区活动的游击队，帕特里奇放在该方向上的三个美军师与十个台军旅别说渡过长江攻打扬州，能不能在进军南京的作战行动中发挥积极作用都是个问题。
针对帕特里奇的这一部署，陈必时采取的战术也很简单。
西面，中国军队的底线就是守住马鞍山市，并且尽量将美台联军挡在当涂县南面，阻止美台联军经三四一省道攻入溧水县，确保南面正面防线的安全，从而确保主要战场上的防御作战不受影响。
东面，陈必时的办法更加简单。因为断定美军不会在占领南京之前渡江，也没有能力渡过长江，所以陈必时将一个民兵大队摆在了扬州南面，做出了拱卫扬州的架势，从而迫使美台联军放弃北上的想法。
与美日联军的部署一样，陈必时也将守军的主力放在南京南面。
溧水县是南京主城区的最后一道防线，如果让美日联军在该方向上取得突破，就算陈必时动员再多的作战人员，也无法将敌人挡在南京城外。
虽然在部署防御的时候，陈必时未雨绸缪，几个月来，一直在加强主城区的防御，特别是南面的江陵区与东面的栖霞区。但是从根本上讲，南京是一座位于长江冲积平原上的特大城市，主城区内，除了密集的建筑物之外，基本上无险可守。如果发展到与美日联军打巷战的地步，守住南京的希望将非常渺茫。
可以说，陈必时没有选择，必须竭尽全力将敌人当在城外。
为此，数个月来，南京守军一直在想方设法的加强防御部署。
幸运的是，南京是长江中下游的中心城市，虽然长江南岸的主要城镇均落入了美台联军手中，但是长江北岸仍然在中国军队的控制之中，而这些城市几乎都是现代化工业城市，拥有大量工业设施。比如在扬州与淮安就有不少钢铁厂与化工厂，在盐城还有江南地区最大的水泥生产基地，而在安徽天长则有几座钢铁厂。这些工厂都对守军加强南京的防御部署提供了巨大帮助。
几个月下来，南京的防御可以用固若金汤来形容。
比如在此之前，守军在溧水县到江陵区修建了上万个临时火力点。为了增强这些火力点的生存能力，陈必时不但动员了数十万民工，挖掘了总长度超过五千公里的战壕，还分三层修建了密如蛛网般的地下坑道系统，并且用钢筋混凝土将所有火力点加固，使其成为永备防御工事。
虽然美台联军拥有空中优势，要想在短期内摧毁上万个永备工事，几乎是不可能的事情。
再说了，美军炸得厉害，中国军队的工程修复能力也非常厉害。在八月到十月的三个月中，美军平均每天摧毁近三百个永备工事点，而中国军队不但能够修复被炸毁的工事，平均每天还能新建近百个永备工事。
相对而言，真正让美台联军头痛的还是地下防御系统。
实战证明，面对拥有绝对制空权的美军，只有完善的地下防御工事才能发挥作用。
在东北战场上，东北军能在不占任何优势的情况下守住防线，几乎全部依靠提前构筑的地下防御体系。为此，中国军队还专门开发了好几种用来修建地下工事的设备，大的需要用坦克推动，小的则可以手工操作。
因为在南京方向上没有爆发大规模的战斗，所以陈必时有充足的时间部署防御。
在南京南面近百公里的防御范围内，中国军队构筑的地下坑道总长度超过十万公里，能绕地球赤道两圈半。这些坑道不但将所有永备工事联系在一起，还连接着数以万计的临时火力点，并且分为上中下三层，足以抵抗美军使用得最多的小直径炸弹，对付大口径炮弹更不在话下。
更重要的是，除了坑道之外，中国军队还构筑了足以容纳五十万官兵的地下掩体，以及足够部署五个主力集团军的地下基地。也就是说，不但官兵能够藏在地下，连坦克、战车与火炮都能藏在地下，甚至连防空系统都能设置在地下。
这些地下基地，每一个都有好几个出口。如果是供炮兵使用的地下基地，附近还有数个到十多个炮兵阵地，让自行火炮能在开火之后迅速撤入地下基地，避免遭到美军轰炸。如果是提供给装甲兵的地下基地，则会设置十多个机动火力点，让坦克战车等具有反装甲作战能力的主战武器能够在防御作战中充当流动火力点。当然，这些专门为装甲兵准备的地下基地四通八达，方便在必要的时候集结出击。
用美军指挥官的话来说，为了守住南京，陈必时指挥下的百万军民完成了人类历史上最伟大的军事工程。
仅从南京的防御工程施工土方量来说，三个月之内，一百多万南京军民的工作量就相当于构筑了一条东方的马其诺防线。与那条根本没有发挥作用的防线相比，南京的防御部署不但具有现实意义，而且不是一条单一的防线，而是一条纵深近一百公里，面积超过一万平方公里的防区。
可以说，南京已经不再是一座城市，而是一座军事要塞。
守卫这座要塞的，除了近百万官兵之外，还有陈必时动员起来的数十万民众。如果有必要的话，陈必时甚至能够在近千万南京市民中再动员一百多万战斗人员与劳动人员，使这座要塞变得坚不可摧。
正是如此，几个月间，美军一直没有做出攻打南京的决定。
按照帕特里奇的估计，如果强攻南京，除了要花费两到三个月的时间之外，还得准备好几万条裹尸袋。因为台军的战斗力相当有限，甚至不比已经退下舞台的韩军好多少，所以只能由美军充当主力，美军的伤亡就不会小到哪里去。
如果可以选择，帕特里奇更愿意绕到长江北岸，以包围的方式来攻占南京。
可惜的是，绕过南京比强攻南京还要困难。
从登陆作战来说，因为江苏沿海地区没有深水良港，近海的水文情况非常复杂，没有适合登陆的地点，要上岸就只能借道山东，这就等于开辟新的战场。
即便强渡长江，也只能选择在南京上游，而不是下游。
在不得不攻打南京的情况下，帕特里奇别无选择，只能按照美国当局的指示，用一场算不上卖力的进攻来敷衍台湾当局。
这也就注定了美台联军进攻南京的作战行动不会收到好的结果。