十代、明日香等人在研究所里面并没有找到眼镜蛇，不过却发现了一个直通地下的电梯，于是便决定进入地下寻找眼镜蛇。来到研究所的底部后，众人被眼前的一幕震惊了。
整个研究所的地下十分的宽广，估计有半个决斗学院那样大，最重要的是整个地下就像是一个热带森林，到处是动植物。
“大家，这里这么大，我们分头去找吧。这样才能尽快找到科布拉！”十代说道。
约翰点头说道：“十代说得没错，不过为了安全着想我们就分成两队寻找。还有不管有没有找到，都先回到这里会和！”
于是约翰、十代、翔一队往右边寻找，剑山、明日香和吉姆一队向左边前进…
外面，阿蒙悄悄的来到了研究所外的森林中。此时的他一身的高级间谍装备，透过眼镜他喃喃道：“真是大意了，没想到这里居然有红外线，不过知道后这就不算什么了。”说完以敏捷的身手跃过了重重的红外线，进入了研究所内。
当他进入研究所后，我才从森林走出，然后双手插在裤袋里缓缓的走向研究所。至于红外线这种东西只要用黑暗能量就轻松解决了…
一切照着剧情发展：十与约翰、翔走散迷失在了森林中，却遇到了佐藤教授。佐藤教授由于不满十代的行为认为他的课没有人上都是由于十代的原因，甚至认为十代不配做为一个决斗者，因为他没有作为一个决斗者所要背负的东西！最后佐藤教授对十代说道，如果要想找到眼镜蛇只有打败他，于是两人的决斗开始了。
另一边，明日香、剑山他们也遇上了麻烦，麻烦来自于一只白虎。原本明日香会掉进眼镜蛇设置的陷阱里，不过当她失足的那一刻，黑魔导女孩出现了。黑魔导女孩拉住了明日香，把她从陷阱里救了出来。
“谢谢你，黑魔导女孩。不过你怎么会在这里，天麟呢？”明日香疑惑的问道。
黑魔导女孩笑道：“Martr怕你有危险就叫我来保护你，至于Martr我想还在学院中吧。”
“这样啊，对了黑魔导女孩你能帮我们把前面的老虎赶走吗？”明日香恳求道。
“恩！”黑魔导女孩稍微施展了下魔力就把凶猛的白色老虎赶跑了，之后几人在黑魔导女孩的保护下一路上都没有遇到什么危险。
十代VS佐藤，十代惨胜。虽然打到了佐藤，但自身的能量也被吸收了大半。
“即使你打到了我，你也不配做决斗者！你没有决斗者心中的黑暗，你的决斗根本不是为了自己，只是为了一时的快乐！”佐藤堕入深渊之前话不断的在十代耳边响起，使得原本处于转折时期的十代更为迷茫了。
“十代你在这里啊，发生了什么事吗！”突然一个声音传进十代的耳中，把他从内心的世界里唤醒。十代抬头一看来人是约翰，不禁说道：“约翰…”而后昏迷了过去。
约翰见到十代突然昏迷不醒便让他平躺在地上休息，然而意外发生了。约翰的精灵宝玉兽青玉天马就被精灵猎人基斯抓去，为了拯救被抓的宝玉兽约翰只能追逐基斯的脚步而去，并与之进行决斗。
约翰VS基斯，约翰获胜！
约翰不愧是决斗分院的代表，实力很是强大。虽然在决斗的前半段里一直处于下风，但还是凭着自己与宝玉兽的羁绊扭转了局势。
不过精灵猎人基斯却是个不折不扣小人，眼见决斗要输了竟以撕毁卡片为要挟，迫使约翰停止攻击。最后约翰在醒过来的十代的帮助下，先夺回了卡片然后以青玉天马赢得了决斗！
“谢谢了，十代！”约翰诚恳的笑道。
“没什么！”十代笑道，同时心中暗道：『即使和我最为相像的约翰亦是背负着自己的理想和理念去决斗，我却是为什么而决斗呢！』
“十代（大哥）、约翰，你们没事吧！”这时明日香、吉姆、剑山以及翔也找到了这，看到他们两人都在这里赶紧上来问道。原来整个地下是以圆形建立的，双方虽然走的方向不同，但最终目的地还是相同的。
“恩，我们没事。大家也都没事吧？”约翰说道。
明日香神色担忧的说：“我们都还好，就是不知道天麟他怎么样了。PDA被这里的电磁波所干扰，我们无法和天麟取得联系。”
黑魔导女孩突然出现在明日香身边，笑道：“明日香，你不用担心Martr，Martr可是很强的。而且Martr的身边还有师父，有师父在Martr是不会有事的！”
约翰感叹道：“这就是天麟的精灵黑魔导女孩啊，真的很强大啊！”
突然吉姆手上的检测仪不断的摆动，吉姆说道：“前方的电磁波很强，眼镜蛇应该就在前面，我们快去吧！”
“恩！”众人点点头而后朝控制室跑去…
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控制室里，眼镜蛇教授看着监视器十代众人的身影，喃喃道：“没想到你们居然能来到这里，不过这样也好原本以为约翰和基斯的决斗能量就能使大人复活，现在看来是要我亲自出手了啊！”
突然眼镜蛇语气一变，阴冷的喊道：“是谁，出来！”
一道身影从营造槽旁边出现，眼镜蛇看到来人后笑道：“没想到第一个来的人会是你啊，阿蒙·加勒姆！”
“科布拉，你有那张卡吧，交出来吧！”
“原来你是冲着那位大人来的啊，不过你说这可能吗！好了，我没有时间和你纠缠等下还要十代进行最后的决斗！”
阿蒙笑道：“既然我来到这里了，十代他们就别想再来了！”说完整个控制室忽然开始剧烈的摇晃。
“这是怎么回事！”眼镜蛇怒吼道。
“进来的时候我动了下手脚，好了现在没有人可以打扰我们了。我本想用决斗得到那张卡的，不过我想还是用武力更为直接！”说完阿蒙脱下衣服，摆出一副战斗的姿势。
“看来不先解决你是不行了啊，那么就速战速决！”眼镜蛇也脱下衣服，两人的战斗开始了！
另一边十代等人突然感到通道一阵晃动，而后听到要封闭这个地区的警报声众人不禁赶紧往控制室告诉。不过这地方太长了，沿途又不断将下防护门阻挡众人的去路。
虽然众人不停的奔跑但最后还是来不及，眼看着要被困死在这里时，欧布赖恩出现了，他牺牲自己让众人得以通过最后的地区。
“十代、大哥，你怎么了！”众人见到安全后十代就一直沉默不语不禁担心的问道。
良久，十代才怒吼道：“不可饶恕、不可饶恕！科布拉！”
画面再次转回
不得不说阿蒙的身手很不错，作为一个间谍居然能在和眼镜蛇的打斗中占上风，要知道眼镜蛇曾经可是某个国家的超级特种兵！
“很不错啊，阿蒙！不过游戏到比结束了！”眼镜蛇伸出左手，只见他的左手忽然长出了鳞片。眼镜蛇用左手对着阿蒙猛然一挥，这个控制室突然被金色的光芒笼罩。而阿蒙整个人被一股神秘的力量固定在了墙上，一动也不能动！
战斗结束后，眼镜蛇淡淡道：“你的生死就让大人来决定，现在我得去和十代进行最后的决斗了！”而后转身走进了控制室的电梯，迎接最后的决斗。
阿蒙和眼镜蛇甚至尤贝尔都不知道刚才的一切都被人尽收眼底了，感觉了下刚才的黑暗能量我微微一笑：『不行啊，尤贝尔。还是快点引诱阿蒙内心的黑暗吧，那样我才能真正了解你的黑暗能量！』
十代等人终于在离控制室不远的地方见到了眼镜蛇，眼镜蛇把大家带到了一个平台上，然后把平台升到了高空中。
“科布拉，你这是什么意思？”约翰大喊到。
眼镜蛇阴险的笑道：“这样你们就无法逃跑了！好了游城十代，决斗吧！”
“等一下，刚才十代已经消耗了许多体力还是由我来吧！”约翰说道。
明日香：“你们都受过伤了，还是由我来吧！”
“大家，谢谢了！但这场决斗由我亲自来！不管是为了帮助我们的欧布赖恩，还是为众多昏迷的学生，科布拉我都要打倒你！”这瞬间十代散发出一股惊人的气势！
眼镜蛇满意的点点头，暗道：『没错，就是这种气势！只要这场决斗结束后，大人一定会复活的！』
“DUEL！”