隐藏在船上不肯投降的水匪里面，也有武功高强，试图反抗的，但是在列阵持枪的自卫队面前，竟完全没有反抗之力。自卫队在搜查的时候也十分谨慎，基本不会轻易进入的船舱等地，而是使用最新研制出来的手雷对可疑之处进行攻击，令隐藏其中的水匪还没有见到自卫队员的样子就被炸得面目全非，丧失了反抗之力。
自卫队手中的手雷并不是多得可以随便浪费，只是他们根本不用炸遍每一艘船，在两艘船还没有炸到头的时候，其他船上的人已经主动走出来投降了，总共也只用掉了六枚手雷而已。
这些后来才出来投降的水匪显然是比较死硬的，自然也会被自卫队区别对待，在第一时间被捆绑得如同粽子一般。
这一仗，东门码头这边击毙水匪九十七人，抓获俘虏一百三十三人，击沉敌船一艘，缴获大小船只十一艘。审问后得知，来袭的水匪总人数是二百四十多人，有二十人左右跳水逃走，当然，也有被击毙在水中的，实际人数就不是那么清楚了。
就在码头这边战斗进行得正激烈的时候，宝应县城里面也发生了战斗。城里战斗的规模没有城外这边大，发动袭击的水匪也只有四五十人。只不过参与城里战斗的这些水匪显然是水匪中的精锐，武功高强，而且在战场上配合得也更纯熟，给城里跟随着章维的自卫队应付得有些困难。
二十名留在城里的民团新兵也参加了战斗，新兵们面对有备而来战斗经验又丰富的水匪精锐时，表现得没有南岗那边那四个班好，在战斗遇到挫折的时候，有人便打算看着逃走，被带队的教官用刺刀直接戳翻在地，才震慑住了其他人，没有造成全队的崩溃。
后来才知道，这次来袭的是远在洪泽湖上著名的大寨青云帮的人马，正是应满济江求援而来的。他们这次共出动了近二十艘大小船只，由二寨主徐元直带队，领着十几个大小头目，总共带了三百人过来。
青云寨这次来宝应的战术目的便是消灭章维手下的全部亲信，同时胁迫章维放弃皇粮清查行动。如果章维的骨头硬，不肯配合的话，便将章维绑到寨子里去，然后高调宣布章维入伙青云寨，大寨主温凤仪也会宣布将寨主之位让给章维，做他一个谋逆反叛的罪名，也给后面再来宝应的县令们树立一个反而典型，让人知道他们的厉害，反正青云寨中所有人都是温凤仪的亲信，即使真的让这章维当了寨主，真正的主事权也不会落在他手里。
正是因为这个目的，他们利用大部分人手在城外发动的两场战斗都是为了声东击西，吸引章维手中的武装力量，给最后突袭县衙创造条件。
作为洪泽湖上最大的水寨之一，温凤仪知道章维手中那几十名使用火铳作为主兵器的自卫队员战斗力十分强大，当初在辑查运河船只的时候，在运河上曾经爆发过两场战斗，这些自卫队员兵不血刃地拿下了与他们数量相当的水匪。
后来在清查皇粮时，又爆发过现场冲突。这两场冲突名义上都是由当地豪强发动的，可实际动手的主力都是青云寨的人，同样没有计到任何好处，甚至都没有给自卫队带来一点伤亡，可见这些从山东跟随章维上任的自卫队战斗力是如何的强大。
这次徐元直来到宝应之后，也曾经仔细打听了自卫队驻扎的地点，意外听说县衙新招的民团新兵之后，又打听了这些新兵的训练情况和驻扎情况。当听说防守南岗三处粮仓的都是一群新兵，又有自卫队驾船装载着稻谷沿运河北上，看来是去销售谋利去了。
对于民团中的几十名新兵，徐元直完全没有放在眼里：谁人见过刚刚参军不到一个月便能形成战斗力的队伍？按照传统的说法，所有新兵都无法做到这一点，所以他打算尽快动手，以免这些新兵训练完成之后不好对付。现在的县衙除了这些并没有驻扎在城里的新兵，以及因为往山东运粮而离开的自卫队员，笑得人畜无害的样子就想上去抽上几下。
虽然庆幸，不过这徐元直却不是个粗心之人，他根据章维手下几支武力力量的分布情况，最终才制定了整体的作战计划，就是由城外的船只袭击和牵制城外的武装力量，而后视城里的章维是出城支援也好，或是龟缩在县衙里面的角落里也好，提前混进城里的人员都发动突然袭击。
像这次章维谨守县衙，并不出城参加战斗，而是在这县衙里面谨守门户，直等城外的战事结果。徐元直对于这种情况早已做出十足的准备，便在城外枪声响起之后不久，带人朝县衙扑去，对这小小的官府发动了强攻。
徐元直在洪泽湖水匪之中被称为“智多星”，机敏多智，行事稳重。这次带队来到宝应之后，他多次派人在城里城外侦察章维和他手下人手的行动规律，在确知战斗力最强的自卫队主力都不在城里，而且新招募编练的民团多数也不在城里的情况下，才制定了城外牵制、城里突袭县衙的战术安排。
只是徐元直还是小看了自卫队的战斗力，以至于在城外负责牵制的人手被迅速击败，在火铳和火炮的压制下，竟然连逃跑都没能做到，直接被全歼掉了。
城里的战斗也不顺利。
县衙规模不大，只有前后两进院子，左右各带一个跨院。
章维在接到城外战斗的消息之后就组织全体人员集中到作为后衙的后院东跨院。这里是他平时生活休息的地方，院墙和房子是县衙里面最高大坚固的，来到宝应之后制定的应急预案也将这里作为受到攻击时固守待援的堡垒，就连防守时的战术都已经有过了预案。
此时在县衙内的人手包括章维从即墨带来的整个团队的三十多人，还有本地的三班衙役中值夜的壮班和快班人员总共八人。民团那二十名新兵的营房在城南，并不在县衙之中。
按照预案，十名自卫队员很快进入各自的防守位置，前后房子的屋顶各有两人，其余六人则守在院子之中。那些原即墨县衙的人员各持一支长枪，列队守在院门内，他们在青岛劳改的时候接受过简单的队列训练，此时十几个人手中的长枪如林，看上去倒有那么几分威势。
至于那八名衙役，以前也接受过一点训练，各自选了称手的兵器，被安排守在书房门外，章维和三位师爷此时正在书房里面，商量着这次在县里立威之后如何安抚全县士绅和民众的问题。