洪武皇帝实行了严厉的海禁政策，对外贸易完全是以官方的通贡贸易进行，这一方面满足了外国贵族对中华物品的需求，另一方面维护了东方的朝贡秩序和天朝的虚荣心。但私下里的海外贸易一直在进行，官方的态度也比较暧昧，从成化年起，一些出使他国的官员开始利用出国的机会在船只中夹带私货，沿海市舶司的官员更是参与到走私活动当中。
而此时的日本正处于战国时代，一些破产的大名或失去生计的武士流落到中土，开始骚扰沿海边境，而沿海的一些失去生计的渔民也加入其中，协助声势。
帝国有三处市舶司负责海上通贡贸易，宁波司主要对日本，泉州司主要对琉球，广州司主要对南洋诸国。嘉靖二年（1523年），日本国内两大家族大内氏、细川氏分别派代表从宁波市舶使进入中国来通贡。按照宁波市舶司的规定，谁的船先进港，谁的船先验货，这天是大内氏的船先进港，但细川氏家族的使节贿赂了市舶司宦官，导致细川家族的船先验货。
中午在宁波市舶司举办的宴会上，细川家族的使节又坐在主座，本就在国内积怨甚深的两大家族，此刻面对这种情况大内氏的代表愤起杀了细川氏的使节，接着，大内氏家族代表带着他的人沿途烧杀抢掠，并打败了前来围堵的都指挥和千户。
这一事情上报帝国后并未引起多大的重视，皇帝与群臣正处于大礼仪争斗的炽热阶段，给事中夏言建议冷处理，关闭市舶司了事，嘉靖对夏言的奏书随后批复了事，从此中国与日本之间的通贡彻底断绝，一直到甲午战争才恢复。
日本由于处在蛮荒的孤岛上，形成了国民粗野的性格，所以历代中土王朝都对日本没有好感，属于被排斥的对象，如今帝国希望能寄关闭市舶司一劳永逸的解决不必要的麻烦，但问题只能疏导，却不能堵。明廷不知道粗暴的关闭了通贡窗口只会使问题更加复杂化。
尽管在以后的二十年中，日本人跟北方的草原人一样哀求这个傲慢的帝国允许开放贸易，但无疑都遭到了拒绝。1544年当一个日本使团来到中国后再次遭到了拒绝，这些日本人开始转而求助当地的商人。
明朝不仅关闭了官方贸易，对私人贸易也开始限制起来，这不仅影响到了日本人的利益，也影响到了中国沿海商人和普通民众的利益，为了生存，他们开始与日本人相互勾结起来，所以16世纪中期危害中国沿海的倭患大部分是由中国人参与的。
汪直是这场倭乱的主导者，从16世纪上半期他便开始从事走私生意，汪直大约出身于一个中平之家，自小就有江湖习气，有独立意识与冒险精神。他最开始的时候是加入别人的走私集团，在其领导被朝廷击溃后，其开始慢慢掌握整个走私船队，控制了大陆与日本岛之间的走私贸易。
这种走私活动进行的并不顺利，其原因倒不是朝廷的压制，而是地方士绅的剥削。汪直的走私团伙首先将货物从地方商人手中收购过来，再运到日本销售，然后从日本采购货物运回国内，在这个过程中沿海的商人通常采取先收货、后付款或者先收款、后付货的方式，这自然侵蚀到了走私者的利益，在这些商人拒绝付款的情况下，走私者采取了暴力方式。所以从1544年以后帝国的东南区域已经发生了几起针对当地富绅的暴力骚乱行为，在这种情况下，朝廷开始酝酿解决危害东南的倭患问题。
朝廷开始派江苏苏州府吴县人朱纨任浙江巡抚，提督闽浙两省军务。东南沿海的局势已经很微妙了，当地已经是官绅一体，都参与了走私，无论是官府、士绅、小民都从走私中获得了利益，而前几次的火并不过是利益集团内部分赃不均所引致，眼看朝廷派大员来整治，这伙人开始悔恨莫及。
朱纨来到浙江后才发现这里的形势复杂，地方官员不听指挥，卫所的军队无法调动，这些困难对有着处理地方复杂政务、军务的朱纨来说不过是小菜一碟。他开始自己招募军队，将地方官员撇开单干。此时的朱纨知道从中枢到地方他没有一个支持者，自己的面前是凶险万分，如果出错，即使皇帝不杀自己，浙闽两省的官员和士绅也会杀了自己。
朱纨在福建漳州建立剿倭指挥部，他开始执行严厉的禁海政策，毁掉船只、填塞港口、保甲连坐。这是永乐时代起东南沿海最严厉的海禁时期，真正达到了片板不能下海。很快，有史以来最大一次倭寇入侵在大明朝发生了，一伙由中国人组成的海盗侵入宁波、台州杀人放火，沿海的驻军没有做出任何反应，他们只是睁一只眼、闭一只眼，甚至是引寇入侵。情报显示这些海盗主要集中在双屿和九山两个岛屿，很快朱纨拟定了对这两个地方的作战计划。
战斗在深夜打响，官军乘着夜色向这两个岛屿发起猛攻，官军面对的海盗头目正是汪直。海盗们在这次的突袭中遭到了惨败，大部分人就地被歼，小部分人逃入外海，朱纨不顾地方官员的强烈反对将在这次战斗中捕获的人全部处决，被处决的人当中甚至有闽浙两省的地方官员的父亲和其他亲属。
第二年，朱纨命人攻击了停泊在福建沿海的一支大商船的船队，将捕获的中国人、葡萄牙人、日本人一共96人公开斩杀，此举震动了整个帝国。
总督数省军务是封建王朝为了应对突发事件便于协调数省而设置的官职，朱纨作为闽浙总督这在明代历史上是从来没有的事情，朱纨从1547年到任，以雷霆手段在两年的时间内就解决了倭寇问题，并实行了严格的海禁，尤其是1549年的这次公开斩杀更是震惊中外。虽然皇帝授予了朱纨便易行事的权力，但如此大规模公开斩杀走私百姓也的确有些令人发指。
正沉浸在胜利喜悦中的朱纨不知道危险已经悄悄临近了。大批在朝的闽浙两省的官员纷纷弹劾朱纨行事偏激、滥杀无辜，福建籍御史陈九德也弹劾朱纨滥杀百姓。嘉靖皇帝接到这些奏折后将朱纨浙江巡抚一职改为巡视。
愤愤不平的朱纨上书指责浙闽两省的人视倭寇为衣食父母，并一针见血的指出闽浙两省“士绅民寇一体”，而且对一些在朝官员进行了公开点名。在这种情况下，嘉靖派了两名非闽浙籍的官员赴闽浙两省调查此事，调查的结果是被斩杀的佛朗机人只是跟沿海百姓进行公开贸易，并无劫掠情节，而且被斩杀的也多为福建沿海出外行商的百姓。
当事情逐渐清晰后，嘉靖命人逮捕朱纨进京询问，得到消息的朱纨悲愤交加，他写好了《都察院右副都御史秋厓朱公纨圹志》的奏折后服药而死。他在奏书中写道：“一不负天子，二不负君子，命如之何？丹心青史。纵天子不欲死我，闽浙人必杀我。去外夷之盗易，去中国之盗难，去中国之盗易，去中国衣冠之盗难。”
明代史学家谈迁在《国榷》中写道：“朱纨十年中丞，田不亩辟，家徒壁立。”
朱纨的悲剧一定程度也是个人造成的，他行事直线化，他不明白闽浙两省大批的人口赖以海洋生计，他也不明白贸易能够使双方都获利，百姓能够获得便宜价格的苏木、胡椒、香料，沿海百姓也能够将自己的日用之资高价卖给这些日本人或佛朗机人，但这些从根本上来说还是受制于帝国的政策。
朱纨既死，在闽浙两省官员的努力下，帝国取消了向闽浙两省派遣巡视大臣的制度，朱纨的防卫力量和保甲制度也尽皆裁撤，他的两名副手卢镗、柯乔也被定了死罪，关在福建的按察使司狱中。嘉靖年第一次轰轰烈烈的灭倭行动就这样结束了，很快帝国将会自吞苦果。
朱纨既死，闽浙两省之间的走私贸易再无障碍，我们的五峰船主汪直正式走到了前台。为了扑灭一些不听指挥的海盗，闽浙两省官员去信给汪直，让他协助扑灭，这对于汪直来说是一举两得的事情，一来在官府那里邀了功，二来也消灭了竞争对手，很快汪直打垮了两个较大的海盗势力集团，汪船主终于一统江湖，成为名副其实的海上霸主。他的全盛时代手下控制了数万人的人马，拥有全副武装的近百艘的现代化战舰。
我们的五峰船主有一个理想，那就是开放海禁，在大陆与日本之间进行公平的贸易，以互惠两国人民。汪直自认为他剿灭海盗对朝廷有功，他上了一道奏章要求开放贸易，但这道奏章自然毫无意义，朝廷给了一百石的粮食作为扑灭海盗的奖励。失望的汪船主变得不理性起来，他要让大明帝国知道他的厉害。
历史进入16世纪50年代，东南地区的自然灾害增多起来，从城市到乡村似乎都动荡起来，成群失去生计的百姓成为盗匪，沿海的乡村都是结墙自保。继汪直海盗集团的总部双屿岛被朱纨攻破后，这些人就转移到了舟山外海的万表山，朱纨死后，朝廷也停了他所招募军队的粮饷，这些士兵便投入万表山成为海盗，此刻聚集在万表山的海盗已达万余名，一场大的暴风雨就要来了。
1552年这些海盗从万表山出发，沿途劫掠台州、温州、宁波、绍兴等地，并攻陷黄岩县城，在城内整整呆了七天，这清楚地表明骚乱已经开始了升级。过去海盗只是劫掠村庄，此次竟然攻陷了城池，人们发觉了事态的严重性，并开始反思处置朱纨的失误之处。
群臣建议恢复派人巡视闽浙的制度，皇帝令吏部会推，会推的结果是山东巡抚王忬。王忬是明代史学家王世贞的父亲，他跟朱纨一样有着处理地方政务与军务的经验，此刻由他出任空缺四年的浙江巡抚兼浙闽总督一职，预示着朝廷的对倭政策又来了个180度大转弯。帝国再次风起云涌。
除此之外，朝廷还在浙江和南直隶增设一名参将，分别为俞大猷和汤克宽，王忬到任后又将朱纨的部将从牢里放出来重新聘用。但此时的情况跟朱纨时代已经不可同日而语，汪直的势力已经大增，实际上官军已经不是其对手。
1553年汪直的海军大规模向内地进攻，整个东南沿海，南京以东和以南的地方全部失陷，州府一级的城市开始被攻陷，府衙被烧、知府被杀，在这两万多人的入侵者中大部分是中国沿海的破产农民、盗匪、倭寇、还有一些欧洲的探险爱好者，他们也夹在这些人中起哄。大明朝的国门形同虚设，久未训练而且缺员三分之二的卫所根本抵挡不住这些疯子们的进攻。
而此时的闽浙总督王忬手段远远没有朱纨毒辣，他也没有一个明确的对付海盗的办法，他不是像朱纨那样主动派兵渡海作战，而是让各府各县结墙自保。在1553年的战斗中，有一股四十余人的倭寇脱离了大部队单独行动，他们从浙江进入安徽，从芜湖兜了一个圈子，然后打到南京城下。这伙倭寇人数少、行动迅速，官军难以发现其踪迹，虽然最终在江苏境内将其全部歼灭，但沿途军民也死伤数百人之多。
帝国的陪都南京竟然也遭到威胁，半个东南岌岌可危，备倭形势已是刻不容缓，在这种情况下，嘉靖皇帝罢免王忬，调南京兵部尚书张经提督沿海五省军务，从外省调客家军入浙参战，有斩倭寇首级者一级赏银一百两，按说这些规格都是相当高的，只差没有调动边军了。
此时海盗的主力两万余人盘踞在松江这个地方，张经打算对这个地方进行攻击，但他要等两广的土司兵、湖广苗兵抵达，两广土司兵很快抵达，但张经还要等苗兵抵至才肯出击。张经的僵化头脑最终还是给自己埋下祸根，朝廷就需要在短时间内对倭取得胜利，哪怕是一次局部胜利也可以取得皇帝对自己的信任，从而为接下来的剿倭战争打下基础。但张经来到浙江一年多了也没有任何进展，他只是牢牢守住一些重地，听任海盗肆虐乡村。