隆万时期一些重大的事项都在同时推进，除了南北开关外，帝国的军事组织也发生了重大变化，这种变化是戚继光将他在南方练兵的经验带到了北方，最终提升了北方军队的战斗力和巩固了北部防务，这对于帝国来说意义是重大的，它支撑了万历朝的几场战争，并使日后帝国的军事体系不至于那么崩坏。
海瑞是文官中的特殊，戚继光是武官中的特殊，海瑞的成功在于他无党，戚继光的成功在于有人赏识，谭纶就是戚继光的赏识者。谭纶是一位很有特点的官僚，他是文官出身，但是却喜欢军事，当海盗侵入南直隶和浙江的时候，他曾亲自组织队伍前去作战，一度亲自在战场上与倭寇搏杀，此后一直到福建巡抚位置上的他始终跟御倭联系在一起。他的身上不具备一般文官的酸腐之气，却有着武将的豪爽。整场御倭战争，谭纶跟俞大猷、戚继光都是同等性质的人物，但由于他的文官身份，历史对此并无过多注解。
当谭纶巡抚福建的时候，他将戚继光从浙江召来任福建总兵，两人一起收复了兴化、仙游，结束了这场旷日持久的御倭战争。之后谭伦又相继总督陕西、四川、两广等地，隆庆元年，谭纶成为蓟辽总督，开始负责蓟州至山海关一线的防务，来到这样一个军事重地已经不是南方可以比拟，尤其是隆庆和议之后，宣大、陕西之地再也无战事，这个时候蓟镇的位置却又突兀出来，因为这里偶尔还会发生不受约束的朵颜部和图们汗骚扰事件，这个时候，谭纶将戚继光调到蓟镇来担任总理蓟辽、保定、昌平军务官。
谭伦给戚继光安排了这样一个职位，这属于之前没有的惯例，之所以要这样做，是想让戚继光管辖范围宽一些，能够多做些事情。戚继光来到后，当地将领们多不听他的指挥，不久，蓟州总兵被调走，戚继光还是独掌本地防务。这后面的一切都是张居正在操作。
谭纶和戚继光无疑是幸运的，他们在蓟镇这个地方可以为所欲为，可以充分将他们的想法付诸实施，因为他们背后有张居正在打点一切，而张居正背后就是皇上，这使得谭纶和戚继光不用操心政治，只负责军事，在这方面，两人无疑是幸运的，而嘉靖朝的那些文臣武将们则没有那么好的运气。
张居正用谭纶、戚继光正是想对帝国的军事组织进行改组，具体实施的方略就是参照戚继光南方练兵的经验，建立攻防一体的作战体系，但这跟南方不同，北方的士兵对他这个从南方来的人并不买账，况且蓟镇这个地方的士兵向来跋扈不服管束，戚继光慢慢的感觉到若想调教好这些士兵是不可能的，他的心中产生了一个大胆的设想，那就是将浙江的原班人马带到蓟镇来。
这种想法是非常危险的，本来戚继光在南方靠带私兵作战就受到非议，现在竟然要将这些私兵带到蓟镇来，往大的方面说此举等同于谋逆，但时代不同了，隆庆皇帝和张居正充分信任戚继光，加上那位令所有人惧怕的高拱，他们都是改革派，他们都是为了帝国着想。
戚继光的想法很快得到批准，他将这些北方的将士完全抛弃，另起炉灶。开始调过来的是三千浙兵，不久增加到两万人，他以这些浙兵为统率，再辅以北兵，这样戚继光的练兵方略才可以顺利推进下去。
戚继光本来的想法是练成强大的战兵，以骑兵为主，以彻底打垮蒙古人的战斗力为目标，但这个时候已经不是永乐时代，戚继光对付倭寇的那一套用来对付蒙古人并无效果，况且朝廷和蒙古已经达成和议，再进行战争已经不合时宜，所以最终决定的练兵方略是以防御为主。
戚继光依靠的主力还是他从南方带来的那个混成旅，一个以步兵为主力的混成旅，这个混成旅包括战车、步兵和骑兵，作战的时候先将战车排一行，战士先用战车上的佛朗机炮开火，然后再将鸟铳放光，接着步兵出击，这些步兵包括藤牌手和长枪手，步兵攻击完毕后，骑兵再出击。戚继光一共建立了七个这样的混成旅，每旅马步兵加一起有七千人，重轻战车有三百余辆，戚继光将这七个混成旅放在京畿周围拱卫。
戚继光的练兵方略究竟有无效果我们不得而知，因为不久朝廷便跟蒙古实现了和议，我个人认为戚的这一方略对付蒙古骑兵效果并不大，因为他们不是南方的步兵倭寇。
在戚继光镇守北部边防的15年，虽然有张居正的支持，但是他面临的压力也很大。北兵看不起南兵，北兵经常将南兵的功劳居为己有，那些世袭的军户看不起这些从南方来的募兵，对于这些问题张居正总是让戚继光以忍让的方式解决。
张居正对于谭纶和戚继光的支持的确是无私的，张居正给戚继光提供大量的资金用于购买军火、马匹、兵器，而其他军镇则没有这种待遇，张居正还要求戚继光属地的文官不要干预戚继光的军务，对于当地反对戚继光的将领张居正总是不动声色的将其调走，对于朝中反对谭纶和戚继光的官员张居正也都将他们统统调到地方。张居正和谭纶、戚继光的私人信件来往十分频繁，张居正经常让谭伦和戚继光按照他的意思上奏折，然后再由自己票拟，报冯保批红。
当谭纶死后，戚继光对张居正的依赖更加强烈，在张居正返回家乡葬父期间，戚继光竟然惴惴不安，他自己心里明白自己完全是靠着张的庇护，一旦张这个靠山倒了，自己也就什么也不是了。他去信给张居正表达了他的担忧，张居正对戚继光进行了安抚，在信中张居正说道接替谭纶的是梁梦龙，梁是自己人。看见首辅对自己如此信任，戚继光竟然在众目睽睽之下派了一队鸟铳手保护张居正南下，而张居正竟然也坦然接受。
张居正对戚继光的过分关怀的确是不恰当的，这会令其他边镇的将士们寒心，也会加剧他们跟戚继光的矛盾，而张居正写给戚继光的信件也会作为日后群臣倒张的重要证据，因为在本朝中枢结交边将乃是大忌，宦官汪直和首辅夏言都曾犯了这样的大忌。
在边关并无战事的情况下，戚继光逐渐将心思放在修建长城上，在张居正和戚继光的推动下，蓟镇到山海关一带的长城在徐达修建的基础上又加固了。
对于一个喜欢真刀实枪的将军，戚继光在蓟镇的15年过的并不愉快，他只好将自己的过剩精力发挥在不断的练兵上。当张居正死后，戚继光很快被改任广东总兵，虽然这个位置依然显赫，但对于戚继光来说无疑是贬黜，他很快成为一个被帝国遗忘的人，也许只有在东南灭倭的那段时间才是他一生真正的辉煌。没有战争的生活对于一名武将来说的确是悲剧。
戚继光虽然在寂寞中死去，但是他留下的蓟镇班底却在万历朝几场大的战争中发挥了光和热，这些南兵老实、低调、吃苦，从不争功，很多硬骨头都是他们去啃。