在李过册封李来亨为皇太子、监国以后，晋王殿下便开始着手于改组大顺的中央朝廷。此时田见秀被流放武昌，牛金星自杀，张鼐战死，袁宗第亦臣服于李来亨，大顺军内部除了一个抱病在身、不能理事的光中皇帝李过以外，再没有任何一人的地位能够和假节钺、平章军国重事、诸道行军大总统李来亨等夷了。
何况在李过册晋王为皇太极的圣旨中，明白指出从今以后大顺的一切军政和用人大事，都由李来亨一意决之，而无须送宫中等待光中天子裁决。
李来亨那一栋小小的晋王府，实在是不够容纳众多的臣僚，也无法充当大顺中央朝廷的真正核心所在。
于是在群臣的劝谏之下，李来亨选择了田见秀原本居住的平阳公府为监国行辕——值得一提的是，张鼐原本居住的义侯府继续由他的遗孀田氏和子嗣张玄朗居住，只是吴汝义的太平伯府被抄没以后，李来亨又将其赏赐给了“赞画平叛”有功的方以仁。
原本的大顺中央朝廷是以牛金星担任的平章政事、天佑殿大学士为核心，六政府六谏议为辅。六政府中，吏政府尚书宋企郊、礼政府尚书巩焴都早早地投靠了李来亨，因此其官位依旧稳固，户政府尚书杨王休则被白旺替代。
剩下的刑政府尚书安兴民、工政府尚书徐尚德、兵政府尚书李之纲都是牛金星的同党，因此大多左迁。
新任的刑政府尚书由陈可新出任，工政府尚书由白鸠鹤出任，兵政府尚书则由顾君恩出任，同时参军司亦升格为参军院，也由兵政府尚书顾君恩如白旺例，兼任参军院总裁。
此外，吏政府所辖的文谕院是大顺朝廷选拔、考核官员的最重要机构，因此李来亨也从湖广调来了一直在随州负责考试事务的谢徵担任文谕院总裁。
谢徵的伯父明朝原任大学士谢升，在德州投降于豪格，对顺军在山东的防务造成很不利的影响，但李来亨并没有因此怪罪于谢徵，反而提拔他出任关键的文谕院总裁一职，颇使文谕院为之动容。
这些重要的中枢文臣中，不出众人意料，是以李来亨较为信赖的明朝降臣巩淯及晋王心腹顾君恩二人，挂同平章事和天佑殿大学士衔。
最后，则是李来亨最为信任的谋主方以仁，他自然是取代了“牛太师”的地位，成为了大顺一人之下、万人之上的首相，挂平章政事和天佑殿大学士衔，为大顺文臣之首，足可以被众人尊称为“方太师”了。
不过文臣还是其次，如今正逢乱世，东虏随时南下之意。诸将群臣估计，等到永昌元年年底，一旦天气变冷，黄河冻结，应该就是东虏全力南下的时候，到时候在黄河两岸，势必将爆发一场决定大顺命运的决战。
所以武官的重要性，依旧是高于文臣。
这其中最重要的自然还是大顺军的野战主力——五营野战军。
大顺的五营中，最为核心的中营已经因为田见秀和张鼐的垮台，还有在获鹿大战中的损失，实力受到沉重的打击；
袁宗第的右营，虽然在杨承祖、吉珪叛乱中损失泰半，但最为精锐的核心兵力尚在，骨干尚存，退出陕西以后即恢复了不少实力；
刘芳亮的左营，自从顺军北伐以来，屡次同李来亨的前营携手作战，又没有参加获鹿大战，兵力较之袁宗第的右营还要更为强大；
光中天子李过原本掌握的后营，则和中营一样，在获鹿大战中损失惨重，核心骨干遭到沉重打击；
最后则是李来亨的前营，亦即楚闯，经过北伐以来的大小战役，前营已经毫无疑问地成为了大顺五营野战军中兵力最雄厚、战力最强悍，无可争议的最强兵团。
李来亨因此决定重新整编五营兵力：
过去李自成编制五营兵力时，大顺军总兵力不过十万出头，可是如今仅仅楚闯一营便有十万以上人马，旧的五营编制，显然已经不能再适应顺军的现状。
因此李来亨在编制上将五营改称为五军，五军名号分别为忠敬陛卫殿中军、忠悫都卫殿前军、忠义宿卫殿后军、忠正京卫殿右军、忠勇羽林殿左军，平常则简称为殿中、殿前、殿后、殿右、殿左五军。
五军之下，在原本营与标两级编制之间，新增师的编制。殿中军设有五个师编制，殿前、殿后、殿右、殿左皆设有三师。师的名称，顾君恩本来建议使用唐朝府兵制的十二卫名称，但李来亨认为十二卫的左右武卫、左右威卫一类名字，雷同难记，便干脆决定顺军的师编制除了禁卫军外，皆用第一师、第二师、第三师……等名目，按序列记录。
五军具体编制则如下：
哨为最基层的作战单位，步兵每十人编为一哨，设哨总一人；
四个长枪哨（长枪兵配弓箭）、三个牌刀哨（牌刀手配火铳或弓箭）、二个火铳哨为一步兵队，设部总一人；
四个步兵队、一个炮兵队（下辖五个炮兵哨，以轻型和中型的湖广制红夷炮为主，战时可以集中使用，也可以分散给各步兵队）为一步兵旅，设掌旅一人；
骑兵旅编制较小，辖三个骑兵队，共三百骑，皆配马槊、腰刀和手铳；炮兵旅则辖五个炮兵队，根据轻重炮的配比，拥有十门至二十余门轻重火炮；
四个步兵旅、一个骑兵旅、一个炮兵旅（将过去使用的大将军炮一律替换为湖广制的重型红夷炮）为一步兵标；四个骑兵旅、一个炮兵旅为一骑兵标；皆设威武将军一人、都尉三人（旗鼓都尉、左都尉、右都尉）。
以上步兵标3000人，骑兵标2000人，都是基本战术兵团。原本特设的高达标，兵力则为3000人，扩编至五军中每军都拥有一个突破土木工事用的高达标。
每个师一般情况下，是由两个步兵标、一个骑兵标及若干师直属部队组成，一师约万人左右，皆设制将军一人、果毅将军一人掌握。
最终兵力及编制为：军（三万人至五万人，权将军掌之）、师（一万人，制将军掌之，果毅将军副之）、标（二千人至三千人，威武将军掌之，都尉副之）、旅（三百人至五百人，掌旅掌之）、队（一百人，部总掌之）、哨（十人，哨总掌之）。
至于五军，自然皆由权将军掌兵。
原本五营中的中营，改称殿前军，原本五营中的前营，则加强为殿中军。五军具体将领则如下：
殿中军：权将军郭君镇，制将军郝摇旗、张皮绠、陈永福、苗里琛、李世威；
殿左军：权将军刘芳亮，制将军刘汝魁、马世耀、牛成虎；
殿右军：权将军袁宗第，刘体纯、袁宗道、李破虏（编入李破虏所部楚兵，加强李来亨对殿右军的控制力）；
殿前军（原中营）：权将军谷可成（兼任山东经略使），党守素、马宝（由郭升接任为山东节度使）、任继荣；
殿后军：权将军高一功，制将军马重禧、赵应元（曹营最后一个制将军级别的人物）、张洪。
其余还有贺珍、马进忠、袁时泰、路应标、冯养珠等人为地方卫军系统的制将军，地方卫军的编制较野战军较弱，其制将军也比较五军野战军的品级低半级。
刘希尧和蔺养成则为水师制将军，分别统率洞庭湖水师和长江水师两支部队。
大顺野战五军总兵力经过整编湖广援军以后，总兵力达到十七万有余；地方卫军则在整编各路绿林豪杰武装以及动员湖广民兵以后，亦有六七万人以上。
如此，虽经获鹿之败，大顺军的总兵力依旧保有二十余万的较大规模，与清军此时收编北方明军和豪绅武装以后的总兵力二十五万人相比，正在慢慢占据兵力上的优势。
而且随着时间的推移，大顺军的兵力优势还会因为动员效率和人力物力上的优势进一步扩大。
重要的督抚大员变更，主要是陈荩接替了出任殿后军权将军的高一功为湖广经略使，为李来亨坐镇湖广大本营。原来的开封府府尹牛铨则升任河南节度使，官途不降反升。