四月十三日，国民党人在张园为宋教仁举行盛大的追悼会，当天到场人数近两万。
众多挽联中，黄兴所写的一副特别显眼：前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
当天，黄兴因病未出席。
同样未出席的孙中山也送来一副挽联，曰：作民权保障，谁非后死者；为宪法流血，公真第一人。
从挽联上看，黄兴的态度激烈而孙中山反显得平和，但背后的事实并非如此。
宋教仁遇刺案应该是民国第一大疑案。
巡捕房在应桂馨家中搜获凶器，以及密电码三本，封固函电证据两包，皮箱一个。
证据显示，应桂馨策划暗杀了宋教仁无疑，但谁又是应桂馨的背后指使呢？让我们来梳理一下。
第一个怀疑对象当然非袁世凯莫属，因为他有太多理由要杀宋教仁。
袁世凯曾经很欣赏宋教仁，并试图将他拉进自己的阵营中。譬如宋教仁在准备回湖南老家省亲时，袁世凯曾赠予其一本五十万元的交通银行支票，让宋教仁随意支用。可宋教仁除用了二三百元外，将支票基本原物退还。
另外，袁世凯还为宋教仁订造西装，连尺码都量得非常准确，足见其用心良苦。
可是，在袁世凯的如此用心地结交之下，宋教仁却是这样的“不识抬举”。他在各地演说中曾毫不忌讳地攻击袁世凯政.府并言动一时，由此引起袁世凯的恼怒与仇恨，似乎也在情理之中。
如今，国民党在国会选举中获胜，宋教仁也即将成为一个难以对付的对手，袁世凯怎能不萌生杀意?
当然，如果真要是宋教仁组阁，对袁世凯还真的麻烦。因为，按《临时约法》当时的中华民国基本上是内阁制。袁世凯这个临时大总统，其实是个虚衔。
除掉了宋教仁，不就去了这个麻烦吗？
其次说赵秉钧，作为代理国务总.理。赵秉钧杀人动机很简单，宋要来做总.理了，赵往哪搁呢？
从应桂馨家搜出的密码本上注有“国.务.院”、“应密”、“民国二年一月十四日”等字样，而电文内容将矛头指向了国.务.院秘书洪述祖。
比如：三月二十日半夜两点钟，即宋教仁被害之日，应桂馨致电洪述祖有“所发急电令已达到，请先呈报”等语。次日又致电洪述祖称“匪魁已灭，我军一无伤亡，堪慰，望转呈”。 从上述证据来看，洪述祖涉案似乎是逃不掉的。
更重要的是，上面应的电报，均有“转呈候示”、“请先呈报”、“望转呈”。那么转呈的对象是谁？应桂馨与洪述祖的电文公之于众后，赵秉钧便成了刺杀宋教仁的另一最大嫌疑人。
还有陈其美杀宋教仁说。辛亥前，同盟会发生过两次倒孙风潮。在这两次倒孙风潮中，宋都没有站在孙一方。由此，陈其美等铁杆拥孙派对宋颇为怀恨。
南京临时政.府成立后，宋与孙几乎处处唱反调。孙主北伐，宋主南北议和，推袁作总统。
孙主定都南京，宋和章太炎都主张定都北京。俩人政见也大相径庭，孙主张实行美式总统制，宋主法式责任内阁。
孙坚持要做大权独揽的大总统，不愿受人制约，理由是内阁制“断非此非常时代所宜，因为在此非常时代，吾人不能对唯一置信推举之人，而复设防制之法度，而误革命大计”。
双方争到面红耳赤，不欢而散。
于是，作为国民党内的激进派，陈其美有可能利用孙中山出国之机，在孙中山不知道的情况下，贸然杀宋。以造成既成事实，进而达到一箭双雕的作用。近可以让自己更上一层楼，顺理成章地接孙的班，远可以激发党人国人，发起反袁“二次革命”。
首先我们看袁世凯。
宋教仁其实在早年的同盟会中，一直被他的同志们视为亲袁派。所以袁也一直对他是加意笼络，如果袁想杀宋也不会选择这个敏感时间。
宋此行北上正是与袁商谈国事，袁大可以先“听其言，观其行”。
国民党当时已经选举获胜，宋教仁死了，依然会有国民党的代表来做总.理的，换一个火爆的黄兴来不是更难摆平？袁难道想不到这一点？
以当时国民党在国会的得票率，还不能肯定宋教仁一定能够组阁，也就不存在谁怕谁、非要杀谁的问题。
在者说，袁世凯是凭着手中的北洋军，凭着实力问鼎最高权力的，能轻易通过民主的方式交出权力吗？对所谓的议会道路，政党政治会当回事吗？要知道，从取消帝制到相对成熟的民主共和，肯定要有很长的路要走。在当时的条件下，通过民主的方式取得政权多半是天真地幻想。
何况当时跨党人士比比皆是。引退后的伍廷芳，就被先后拉入十一个党。国民党议员的组成也是“什么人都有”。到关键时刻伍廷芳式的议员会投哪个党的票？
宋教仁虽然公开竞争总.理，但一直明确主张总统要选袁世凯。而宋死后，国民党内还有孙中山、黄兴这样威望远高于宋的领袖。
愤怒的国民党在国会占有多数，在正式总统选举中把袁从总统宝座上拉下来是极有可能的。
而且国民党当时确实有这样的计划，即所谓“法律倒袁”。
所以袁世凯在宋案后非常恐慌，对人说：“这是怎么好！国民党失去了宋遯初，少了一个大主脑，以后越难说话！”
考虑到激怒国会的严重后果，袁世凯完全没有必要为相对次要的内阁问题冒险刺宋。 根据现有证据，袁世凯对刺宋是否知情只能存疑。但是根据对民初政局的分析，刺宋并不符合袁世凯的利益，很难设想袁世凯会有这样卤莽的举动。
仅凭函电就认定赵秉钧是谋杀主犯吗？他承认主使应桂馨与洪述祖图谋陷害宋教仁名声一事，但“绝无谋杀之意”。
赵秉钧发给应桂馨的密码本包含了公务成分，如果凭着这一条，不经侦查审讯，仅仅根据应、洪往来函电便将赵秉钧“指为主谋暗杀之要犯”，确实是“实非法理之凭”。
事后不久，赵秉钧给上海地方检察厅一封公开信为自己辩护说：“程都督、应民政长宣布宋案证据，其涉及秉钧者，惟手书两件，然一为发给密码，一为请领津贴，均属因公”。
而且按照赵宋二人的交情与利害来说，赵秉钧杀宋说也显得可疑。
赵秉钧曾在北京《新纪元报》上发表谈话，说他在唐绍仪内阁期间和宋既是同僚，又是至友。宋住在西直门外的农事实验场，离城十里，有时天晚无法出城，宋总是住在他家，彼此无话不谈。宋离京南下时，欠了五千多元的债，都是他替宋还的。
法庭呈现的“密电”中并不能得出赵参与并赞成杀宋密谋的结论。因为所有密电、信件中最恶毒的字眼是“毁宋”，而“毁宋”不一定就是杀宋，有证据证明之前应桂馨已经搜集了一些试图诋毁宋教仁名誉的黑材料。
主犯应桂馨此人应是个两面间谍角色。赵秉钧曾自辩说：我只和他有“书信往来”，他却帮黄兴将私存公债六十万转抵义丰银行私存，赵质问：“书信往来与银钱往来孰轻孰重。”
证据显示，赵秉钧确实涉嫌，但仅以“宋要来做总.理，我往哪搁”这种理由去推论，几乎无说服力。
民国初年，各种制度极其混乱，各种官职也是走马灯似地轮换，仅半年多就换了三个总.理。
赵秉钧出任总.理，孙中山和黄兴是赞同的。当时有个人选是国民党的沈秉堃，黄与国民党员们商议，多数人不服沈，而那时，赵秉钧已加入国民党。
在国事未定、国会未开、宪法未定的情形下，总.理之职是很虚的。今天你做，明天可能他做，为此杀人，怎么能杀得过来。
宋教仁遇刺后，因为舆论反应很大，赵秉钧马上就辞去了总.理职务。可见其对这个总.理职务，并非如有些人想象那样地贪恋。
赵秉钧的结局：辞去了总.理职务后被袁世凯任命直隶都督，一九一四年二月二十六日。在天津督署死于中风，即今所谓脑溢血，“厥逆扑地”而亡。
上海《申报》当时曾报道：“总统府得电，都督赵秉钧今早八时痰厥，十二时死。”
从以上可以看出，赵秉钧确实没有必要杀宋。
最后看一下陈其美，当时上海是陈其美势力的大本营，宋案从刺杀到审判都发生此处。和以往刺杀案悬而未破相反的是，刺宋案的破获却是出乎意料的顺利，几乎要用难以置信来形容。加之凶手武士英在监狱之死看似蹊跷，似乎也与陈其美有关。
当时看守武士英的沪军六十一团，是国民党人黄郛的部队。而陈其美、黄郛和蒋介石是拜把子兄弟。这一切不禁使人开始怀疑上了陈其美。