柯南正想着余下的案件问题，就听见了元太、光彦、步美三个人的叫喊声，柯南跑到了这三个人的身边，询问情况。
“出了什么事了？”柯南不解地问道。
“灰原、博士和勇也都不见了！”步美着急地回答道。
“他们是不是回博士的车里了？”柯南问道。
“没有，我们三个人都去过那里了，车里一个人都没有，我用侦探徽章呼过灰原了，结果没人应答。”光彦回答说。
“我们刚才还给博士打了电话，博士电话也不接。”元太对柯南说道。
在一片树林的其中一个地方，阿笠博士用手捂着自己的腹部，那里已经出血了，走路踉踉跄跄的，走几步路就要歇一歇，表情很痛苦。
这时勇也出现了，他看到阿笠博士这个情况，马上跑了过去，问阿笠博士道：“阿笠博士，你怎么了？出了什么事？”
阿笠博士一喘一喘地说道：“我刚才看见一个人很慌张地跑了过去，我拦住了他，就询问你们的情况，结果他立刻地给了我一刀，然后我就这样了。”
“哦，那个人可能是太田真人吧。”勇也思考道。
这时勇也看了一下受伤的阿笠博士，勇也站了起来便对他说道：“阿笠博士，您还要在我面前装到什么时候啊？不对，应该叫您太田真人先生吧。”
这时受伤的阿笠博士一惊，便解释道：“你在说什么啊，你没看见我受伤了吗？”
“别装了，虽然您也会伪装术和变声术，但是演技真的不怎么样。”勇也冷眼地说道。
“哼，想不到我自己苦心的一番设计居然还骗不过一个小孩子，也罢，小鬼，你是怎么知道的？”此时太田真人站了起来，撕下了自己的伪装面具，露出了本来面目后便询问勇也道。
“这个推理很简单啊，第一，您模仿阿笠博士的声音不对，虽然学的有些像，但是只要有一个字您学不像的话，就会被我听出来。第二，据我了解到，每当少年侦探团发生案件时，阿笠博士总会和少年侦探团在一起，那这回阿笠博士为什么没有出现在他们身边呢？第三，您模仿阿笠博士的体型也不对，这和真正阿笠博士的身材比有些瘦了。第四，在这起案件中，太田真人还没有出现，所以您的这次出现，我会有些疑惑，当然这点就只是直觉了，没有佐证证明。第五，您上衣口袋里好像装了什么东西，我猜是录音笔之类的吧，因为我想您应该没有见过阿笠博士，所以您不知道他的声音，如果能把阿笠博士的声音录下来，再去模仿的话就好了，当然了，真正的阿笠博士应该是被您绑起来了吧。第六，您腹部的血液应该是血包里喷出来的红色液体吧，这个一看就知道了。顺便提几句，我让我的人调查了您的过去，发现了线索，根据我的推理您的父亲太田一郎应该是被您杀的吧。”勇也对太田真人推理说。
“小鬼，你还真不简单啊，就像一个鲨鱼般的名侦探，你说我杀了自己的父亲，这个你有证据吗？”太田真人问道。
“虽然这是3年前的案件了，证据也并不好找了，但是我的手下人查到您的母亲是服毒自杀后我就明白了，您的母亲写了一封信就藏在了保险柜里，请原谅，我是为了调查事情真相才去翻找的，信里面有一句话是这么说的‘我真的没想到这么多年了我还是不了解他，他居然在外面找小三，还要和我离婚，其实按理说离婚也没什么，但是真人，你可怎么办啊，你现在还在读高中，还要考大学，我不能因为这事干扰到你啊，可是我真的不想失去你们啊，我真的受不了，请原谅我，真人，请原谅妈妈这最后的一次任性吧。’当我知道这封信后就能立刻推理出您一定是发现了自己的父亲有出轨的现象，在家中，就在父子两人的争吵中，你们两人大打出手，激动之下，您用水果刀杀了自己的父亲。事后，您擦掉了水果刀上的指纹，拿走了家里的钱，隐姓埋名，离开了那里，从此了无音讯。”勇也再次推理道。
“妈妈。。。”太田真人望向天空，泪珠从眼眶中流了下来，含泪说道，“你应该也想知道这起案子中高桥先生包里为什么写着我要杀人的纸条吧，其实当我帮他们策划了这起事件之后，没想到的是内田和丸山想把杀掉高桥的罪名按在我一个人的身上，纸条是他们放进去的，当然了我在他们身上安装了窃听器，方圆百公里内的声音我都能听见，还好有你们在，他们的这个阴谋才没有得逞，还有我出现在那两起案子的交通事故现场，其实都不是偶然的，高桥先生是我的朋友，当时我们身上早就没钱了，为了能够生存下去，我们两个人策划了这两起案件，后来我不想再这么干了，结果遭到了高桥的威胁，他说我要是不再继续和他干的话，就把我杀自己父亲和这两起交通事故现场的真相告诉警察，我没有办法，只好在今天杀了他，现在好了，我去自首吧，一切都结束了。”
“还没有结束吧，您告诉我阿笠博士在哪里？”勇也问道。
“我带你去吧，如果你这个小鬼相信我的话。”太田真人回答道。
“我相信您，不过您不用带我去，也不用去自首，您可以继续隐姓埋名的生活下去，您别误会，我只不过是想让您当我的手下，我的一个朋友会帮您完善伪装术和变声术，为了自己的未来，生活下去吧。”勇也对太田真人说道。
太田真人听完一愣，他看着这个神秘的小孩，问道：“你为什么要帮我？”
“因为我也是没有父母的孩子。”勇也回答说。
在一座小木屋里，灰原和阿笠博士的双手双脚都被绳子给绑住了，嘴也被封上了，这时一缕阳光照了进来，门被打开了，是勇也，勇也看见他们就跑了过去，给他们解开了绳子。
灰原用自己的侦探徽章告诉了柯南一行人他们现在所处的位置，这起案子也告一段落。