在工藤家里，赤井秀一暗中监视着黑衣组织派来的人，这些由黑衣组织派来的人一直在暗中监视着阿笠博士家，在红茶会议中，赤井秀一其中的一项任务就是这个。
这一天的帝丹小学放学后，柯南的心中有些沉重，因为电视上、网络上都在报道着工藤新一死亡的消息，对于柯南而言，他不知道该如何面对自己的女朋友毛利兰，当柯南走到毛利侦探事务所的门前时，自己停顿了一下，他想起了在滑雪别墅杀人事件时，毛利兰在自己面前伤心哭泣的场景，对于柯南来说，他真的不想再看到毛利兰伤心的场景了，这时柯南在心中说道：“对不起，兰。”
柯南低着头，打开门，走进了毛利侦探事务所的会客厅，从厨房中出来了一个熟悉的身影向自己走去。
“柯南，今天你回来的时间有点晚啊，是发生了什么事情吗？”毛利兰关心地对柯南说道。
“没。。。没有啊。”柯南有些紧张地回答说。
“算了，我开玩笑的，你现在很饿了吧，我马上做饭。”毛利兰继续说道。
“还好啦。”柯南的回答依旧无力。
当毛利兰走回厨房时，柯南望着毛利兰的背影，他心中在想：“兰肯定是在伪装自己伤心的神情，不想让我看到。”
此时柯南心中的愧疚越来越沉重，就在这时，有一个人走了进来，这个人不是别人，正是毛利小五郎。
与此同时，毛利兰放下了做饭的工具，站在厨房里一动不动。
毛利小五郎用严肃地表情看着柯南，就像是在盯着犯人的目光一样，毛利小五郎坐在了柯南的对面，对柯南说道：“你这小子，究竟要隐瞒我们到什么时候？工藤新一。”
柯南听到这句话后很震惊，毛利兰也在此时从厨房里走了出来，对柯南郑重地说道：“你能否按时顺利地吃到晚饭，就看你自己的表现了，新一。”
柯南继续为自己辩解地说道：“你们在说什么啊，我只是一个普通的小学生罢了，我怎么可能是新一哥哥啊，你们不要搞错了！”
“是吗？水无怜奈曾经给我发过一段手机短信，她说有一个可怕的组织存在，你和小兰去游乐园去玩，你中途离开，此后工藤新一这个名字消失了一段时间，就在工藤新一失踪后不久，一个叫江户川柯南的小鬼却在此时出现在我们身边，这实在是太巧合了，在小兰去找你的那天，你和阿笠博士在一起，也就是说你很可能对阿笠博士说出了实情，阿笠博士在帮你隐瞒你变小的真相，还有一件事，我一直有些疑惑的是在很多案件发生后，我有一段时间突然晕了过去，至于我说了什么做了什么，我都不记得了，这样的事情不止一次发生过，这同样不正常，于是我去找了阿笠博士，不过今天在阿笠博士家的周围我看见了有些行迹可疑的人，我马上就想起了水无怜奈给我发的手机短信，他们就是那个可怕的组织成员，我走上去偷偷地将那伙人打晕并报了警，来到阿笠博士家，在与阿笠博士交谈完之后，我终于知道了你的真实身份和你目前身上的那一套装备，以及我在命案现场突然晕过去的事实，怎么样，你有什么要说的吗？”毛利小五郎的一番推理说道。
“当我在网上知道新一死亡的消息时，我很震惊、很痛苦，我和爸爸说了新一死亡的消息，而爸爸在用话语安慰完我后，就在这里思考着这究竟是怎么回事？当爸爸在想通了有关于你的一些事情后告诉了我真相，我起初并不相信你就是新一，当然你和新一是有很多相似的地方，我也曾经怀疑过你的真实身份，之后爸爸离开了这里，去阿笠博士家求证，你回来时我对你依旧半信半疑，直到爸爸说出你的真实身份后，我才彻底相信你就是新一，虽然你隐瞒了我们这么长时间，但我知道你有你的苦衷，我依旧相信你，如果你现在依然不承认自己是新一的话，也没有关系，那就先按照目前的生活过吧，你依旧是柯南，我还是你的小兰姐姐，爸爸依旧是你的毛利叔叔。”毛利兰含着眼泪对柯南说道。
这时的柯南站了起来，向毛利小五郎和毛利兰两个人分别鞠了一躬，并说道：“对不起，我隐瞒了你们那么长时间，是的，我就是工藤新一。”
毛利兰在听到柯南说完这句话后，已经抑制不了自己的心情了，她冲过去拥抱了柯南，毛利兰笑着对柯南说道：“太好了，太好了。”
柯南看到这个情形，自己也笑了，他终于不用再隐瞒自己的身份了，而毛利小五郎站起身来，又走了出去，因为他知道自己的女儿和工藤新一还有很多话要说。