舞衣道，“但是有个病例，足够推翻浦田的理论，那个病人当时就住在我们医院里。但是，病人的病情突然恶化，死掉了。就像这个例外没有存在过一样。”野田吃惊，“难道浦田他……”舞衣道，“没错。浦田故意给那个病人开了错误的药物，才会导致病人的病情急速恶化而死的，为了要保留他那个不堪一击的理论。我之所以会知道这个，就是上个星期，彩子拒绝和他结婚，我陪他出去喝酒解闷的时候，他不仅不后悔，还忿忿不平地说出来的。他说像他这个可以自由决定别人生死的人，竟然会被一个小他十岁的女孩，耍得团团乱转，这真是个愚蠢的世界！”
野田难以置信，“怎么会……”舞衣道，“所以我就和他讲道理，我跟他说，像他这样的医生，竟然草菅人命，这是会遭报应的，可是这人根本就不屑一顾。所以我从医院的实验室里将氰化钾偷了出来，我要他明白像他这样，视人命如草芥的医生才是最愚蠢的。”
高木道，“那么，在浦田的车子储物箱里，放药瓶的人，也是……”舞衣道，“没错，那个也是我放的。我故意把他的驾照藏起来，就是为了让他做出不安的行动，看起来很可疑，似乎要自杀。你的运气还真是不错呢，大侦探！多亏下了这场雨，否则你根本就找不出我是凶手的证据。”新一道，“不，就算没有连衣帽的问题，我本来也打算请警方鉴识一下你这身衣服了。因为从你保留没用的奶和糖来看，我就已经认定那个犯人是你了。”
舞衣吃惊，千钧叹气，“与浦田先生打开杯盖的时间不同。舞衣小姐，你从洗手间回来的时候，话剧就已经开始了吧？话剧一开始，体育馆就漆黑一片了，你就算把杯盖打开，也没办法分辨出是是冰咖啡还是可乐。而你还留着奶和糖，就非常可疑了。”新一道，“所以我非常肯定你就是凶手，你早在这之前就已经打开过杯盖了，这才会知道里面的东西装错了。”千钧道，“不过这也拜彩子学姐将冰咖啡换成了可乐所赐。”
舞衣叹息，“真是伤脑筋啊！作为同一所高中的学生，我还是要忍不住赞叹你的观察力。”高木走过来，“好了，请跟我们去警局吧！”舞衣答应，高木道，“三谷先生，野田小姐，蜷川小姐，你们三个人，请跟我一起到警局做笔录吧！”三人也都答应了。和叶道，“我突然觉得平次今天好像变成魔术师的助理了。”平次没好气，“这有什么办法啊，谁让这里是东京呢！我当然不能抢工藤的风头了。”千钧道，“说来说去，比起新一，你终究差了一大截啊！”平次不服，“什么啊？”
目暮称赞，“啊，还真是值得信赖啊，工藤。你小子分析案情，真是简洁又犀利啊！”新一谦虚，“没什么，还好啦！”毛利哼了一声，“不过跟我比起来，你还还不够火候。”目暮道，“怎么样，新一、千钧，你们这次就和我一起去听嫌疑犯录口供吧！”新一急忙道，“不了，我们就不去了。我还有些事情要处理。”目暮有些失望，“这样啊！”新一低声道，“警部，请不要提我和这件案子的关系，你就对外宣布是千钧帮助警方破获的案子好了。”
目暮疑惑，“这是没有什么问题了，可你最近也太谦虚了吧？”新一笑道，“奖励金发给千钧，或者是我，不都是一样的吗？那张卡是我们共同的侦探资金卡。”目暮点头，“这倒也是。毛利，我们走了！”毛利道，“好的，警部。”平次疑惑，“工藤，你为什么不跟着去听嫌疑犯录口供呢？以后也许能作为侦破案件的参考呢！”千钧道，“笨蛋，当然是有事情要交待了！”新一道，“不好意思，无论怎样的犯罪手法都是人想出来的。只要动动脑筋，迟早可以想出来一个合情合理的答案。”
新一突然捂住了胸口，脸色难看。千钧大惊，“喂，新一，你怎么了？”新一道，“不好意思，对于人为什么要杀人的理由，不管别人怎么解释我就是不懂，就算我能够理解，我也无法接受，真是的……”千钧不屑，“你又在发表你的非杀人理论，真是个理想主义者……喂喂，你没事吧？新一！”新一捂着胸口倒了下去，千钧大惊，一把扶住他。新一大叫不好，“糟了，怎么这么快？好不容易恢复原来的样子了，我以为一切都在计划之内。”
之前，灰原给出的第三个选择，就是她参考白干成分制造出来的aptx4869解药的试验品。但是这个药物的副作用还不能确定，没准吃下去就会一命呜呼。灰原笑道，“怎么样，要不要试试看，新一？”柯南苦笑，“我就知道你在那拿我当实验品，我好像没有别的选择了，对吧？”灰原笑道，“没错。如果你希望有一天能重新变回工藤新一的话，迟早要尝试一次。放心，我不会让你那么容易死掉的，你这样的实验品，我可只有一个哦！”
回到现实，麻美和小兰都跑过来，“新一！”“新一这是怎么了？”“你没事吧，新一？看上去很难过……”“要不要去医院？”新一悲摧到了极点，“如果在这里变成柯南的话，大家就都知道我的身份了！可恶，身体……身体动不了了……”千钧急忙道，“我马上带他去医务室！”新一晕了过去，千钧将其扛起，以极快的速度跑向医务室，“平次，你来处理一下善后事宜！”千钧顺便给假扮柯南的的灰原使了个眼色。平次一愣，“什么善后事宜？”继而马上明白过来，是让自己想办法遮掩住工藤新一出现的秘密。小兰和麻美也追上，“新一！”
医务室，千钧悄悄注入了一定的生命原力，确保了新一不会有问题。灰原进来后，简单看了一下，示意没有大碍，只是药物的副作用发作了。不久后，工藤新一睁开眼睛，“这是什么味道，保健室吗？对了，我被千钧带到这里来了。兰和麻美的脸色怎么这么苍白？也是啊，一个人在眼前突然缩小……奇怪，我的手……”千钧笑道，“新一，你终于醒了啊！再不醒只好送你去医院啦！”
新一坐起来，内田麻美松了口气，“太好了，你终于醒过来了！我们都好担心啊！”小兰道，“真是的，你别让人家操心好不好？”新一这才发现，那些最熟悉的同学和朋友都在这里，新庄静杨、小雅、武居直子、园子、泽口云灵、花井亚希子、横野晓月、千水千寻、和叶、量子等一帮女生，平次、千口文良、猿野飞霄、土曾普立、田口立彬等一帮男生，全都站在四周，见他醒过来，都高兴起来。新一感动过后，却觉得非常奇怪，“我没有变小啊！”
案件尾声，鸿上舞衣出于义愤杀死黑心医生浦田耕平，被法庭判处了3年徒刑。千水千钧因破获该起学园祭杀人事件，警视厅给以b级奖励，虽然这件案子事实上是工藤新一破获的。浦田耕平的害人事件也被揭发出来，遭到了医学界、大众媒体的一致谴责。米花综合医院也因此受到围攻，蜷川院长不得不宣布对医院内部进行整肃。事后，米花综合医院赔偿了被浦田害死的病患大笔的补偿金，这件事才算揭过去。
这一天的事情，就稀里糊涂过去了。鉴于新一的身体欠佳，什么话也只能留在第二天再说。大家也都各自散了，明天还要继续上学。平次与和叶、千寻三人也都连夜出发，返回大阪了。千钧送新一回到工藤家后，也带着小雅等人返回了千钧宅。直子、晓月跟着花井一起回家了。路上，静杨询问千钧，到底新一最近在外面忙什么。千钧只好胡说八道，编了一堆瞎话。灰原假扮的柯南，跟着小兰回到毛利侦探事务所，小兰虽然觉得柯南有些怪怪的，但也没有多想，整个人还沉浸在男友归来的喜悦中。
第二天一大早，小兰带着柯南来到工藤宅，可劲地按动门铃。直到打着哈欠托着切片面包的新一出来开门，“来了，来了……”新一大叫，“啊，你烦死了！只要按一次铃我就听到了！”新一叼着面包向里面走，小兰推门进来，“喂，新一，今天到学校的工作，你都知道了吗？”灰原照旧戴着口罩冒充柯南，跟在后面。新一没好气，“还不是和去年一样，又要我们为学园祭清理善后嘛！我现在正在准备，你在这里等一下吧！”说着话，新一就进里面门了，还顺手把门关上了。
小兰笑着将门拉开，看着慵懒不堪的新一，“还在这里，真的是新一哦！这不是梦！他真的回到这里来了。太好了，柯南……奇怪，人呢？”柯南已经不见了。屋内盥洗室，新一对着镜子打上领带，“果然还是原来的身体感觉最实在了！”灰原走进来，“你可别太得意忘形啊！你到底在想写什么啊？”新一回头，“啊，灰原……”
灰原道，“你不要弄错了，你的身份之所以没有被揭穿，完全靠我调制的解毒剂，还有阿笠博士发明的口罩变声器，才让我暂时做了你的替身。我们原来可是说好的，只让你在私底下和她见面的。没想到你竟然当着那么多人，大出风头。”新一道，“对不起了，我只要一看到事件的真相，就没办法克制那种冲动了。而且我也没想到你调制的解毒剂，会成功地让我的身体变回原来的样子。”
灰原冷冷看过来，新一道，“果然……还是不行吗？”灰原道，“你好好谢谢千钧和大阪那个朋友吧，那天你倒下之后，千钧就向他暗示了整件事情，然后带你去了医务室。为了不让事情泄露出去，平次把大家都召集起来，嘱咐全场的人不要把事情说出去。理由是毕竟是学校毕业校友的杀人事件，被社会大众知道会引起很大问题。不过这个声明能够遮住多少人的口，我不清楚。但是在这件事结束前，我就用这个样子，代替你待在小兰身边。而你自己要注意，别太引人注目……”
新一道，“灰原，你为什么要为我做这么多？你该不会喜欢上我了吧？”灰原大怒，“你去死吧！我要不是看在千钧的面子上，再加上咱们同病相怜，谁会管你的死活？你的身份要是被揭穿了，那时候我和千钧都会受到池鱼之灾，我才不得不帮你的。如果只有我一个人变小，那就轻松多了，我就不用费这么多心机保守这个见不得人的秘密了。”新一汗，“果然是这样。既然有解毒剂，你没有想过立即变回原来的样貌吗？千钧可是很期待的呀！”
灰原冷哼，“笨蛋，你吃的那个是试验品，我要不要吃，还要等我仔细观察过你的身体变化后，没有问题再做决定。万一吃出事情来，可不是闹着玩的。”新一道，“那个，灰原……”灰原皱眉，“你还有什么事情？”新一道，“能不能别用柯南的声音，说出这种女孩子的语气呢？听着很恶心啊！”灰原道，“是吗？我觉得这样挺好的，装男生的感觉真不错。”新一抓狂，“啊，恶心死了！”
三人离开工藤宅，向学校方向走去。小兰道，“我真的吓了一跳呢！谁会想到黑衣骑士突然变成新一你了。根本连台词都没有看过，竟然有勇气去做替身。就是因为你没按照剧本继续演下去，这出戏乱七八糟根本不像样子了。”新一这才明白，“园子那个混蛋！还有，千钧他们那群家伙是成心想看我的笑话啊！”当时，园子告诉新一，“听好了，黑衣骑士上台后，立即抱紧公主，亲吻下去。在这之前，绝对绝对不能说话！”而千钧等强盗队伍全都在发笑，当时新一还有些莫名其妙，现在回想起来，全都明白了。