四川的情况远比朱玉德想象的要复杂很多，能够战乱这么多年，不管是北伐势力，还是革命势力，或者是滇军唐继尧势力，都始终不能够在这块地方取得绝对优势，不是没有理由的。
四川会党势力众多，错综复杂，人民彪悍，当年为了保路，都敢跟清政府干，别说几万自治军了，而且地形复杂山地众多，打散的川军立刻钻山为匪，等候时机招安再次崛起。本来朱玉德还想着要把四川土匪清剿个干净呢，可是发现这里的土匪比过去的川军人数还多，而且战斗意志比川军也更强，自己几次剿匪损失比打正规仗还大，加上占据的地方太多了，还没有稳定下来，因此才最终放弃了彻底的剿匪计划。
稳住收编的五个师的川军是要务，朱玉德第一次勉强自己跟这些兵油子虚与委蛇，结交拉拢，才总算是让这些新归降部队安分下来，可是经常却会干一些偷鸡摸狗的事情，在街道上吃小贩几个瓜不给钱了，打死农民几只鸡打牙祭了，这样的事情层出不穷，让朱玉德既看不惯也头疼不已，此时看看自己带领的自治军，才第一次对治下的部队感到无比的满意。
这些兵痞是必须裁撤的，就算是他们现在的军官，也必须换掉。
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但是前提是，先一统四川。川东还盘踞这三股数量庞大的川军呢，袁祖铭被刘湘赶走后，带领残兵逃到了湖北。此时湖北的实际统治者已经编成了吴佩孚。
吴佩孚在去年被奉系和冯玉祥倒戈一击击败后，几乎成了丧家之犬，本来逃回洛阳打算东山再起，结果陕西军阀刘振华趁着河南虚弱，带兵出通关袭击洛阳，吴佩孚无力抵挡，再次难逃。先是想在湖北站住脚跟，湖北督军萧耀南曾是吴佩孚提携起来的，本以为萧耀南会帮自己一把，岂料萧暗示不许任何外军进入湖北。最后是湖南的赵恒锡接纳了吴佩孚，赵恒锡跟吴佩孚政见向来不同，一个主张武力统一，一个主张联省自治，但是吴佩孚当年在湖南起家的时候，对湖南却不错，没有纵兵劫掠等事情发生，因此尽管政见不和，但是吴佩孚和赵恒锡私交却不错。就在没人接纳吴佩孚，老吴整天浪迹在船上的时候，赵恒锡邀请吴佩孚到湖南，给了他十足的面子。
但是吴佩孚起家还是在湖北，北京的冯玉祥受不了奉系的压力，开始跟吴密谈，要借助吴的名望和旧部抗衡奉系，支持吴佩孚出山。结果吴佩孚在湖北出山，很快得到了许多旧部的支持，其中最强大的则是孙传芳，占据了长江下游数省的孙传芳。一下子吴佩孚再次成为了中国炙手可热的人物。但是手里的兵却不强，恰逢此时袁祖铭投奔，岂有不接纳的道理。
袁祖铭出川后，四川就仅剩了四股势力，占据了大部分西川的朱玉德自治军势力，自贡内江一线的邓锡侯势力，泸州徐州地区的刘文辉势力，还有重庆的刘湘。
这三股势力，朱玉德自然是要除掉的，除掉这些势力，评定四川后，他才会进行大裁军，进行大剿匪行动，但是对这三股势力朱玉德却计划采取不同的方法，对于邓锡侯是一定要消灭的，此人占据了自贡依靠自流井财力势力恢复很快，而刘文辉则有可能说降，刘文辉的泸胥地区，紧挨着云南，容易被两面夹攻地位很不稳固，而刘湘则可以暂时保留，用重庆把四川和湖北隔开，从而不跟北洋势力接触，可以安心的稳定地方。
做了这个计划后，朱玉德上报赵泽勇，希望得到赵泽勇的帮助。
赵泽勇立刻派王崇阳去游说刘湘，在对刘湘保证，自治军不入重庆，保证重庆的独立地位，而且留下白纸黑字的条约后，刘湘派人劝说刘文辉放弃了泸叙地区，带兵到重庆投靠自己的堂侄去了。就只剩下了一个邓锡侯，大势已去了。
朱玉德从西主攻，自治军新编军队从东佯攻，几天时间就压迫的邓锡侯部倒戈的倒戈，溃散的溃散，最后邓锡侯以交出残部的条件，换取了他平安离开四川的权力。
至此四川全境除了重庆外，全都纳入自治军的管辖之下。
完成军事行动之后，朱玉德立刻把五个师新编自治军中的四个师调往四川，让自己的兵力达到了八万，这时候才开始对那些川军降兵进行裁撤，老弱士兵一律裁撤，发给路费让回家种地去，青壮则让他们选择由政府安排工作，还是回家。最后是军官，统一送入陆军大学学习，合格的才能回军中，考核不通过的几年后在说，那时候他们就翻不了天了。
解决了几万降兵问题不难，难的是更多数量的落草为寇的川军溃兵，还有原本的顽匪，以及帮会分子，更难的是，这三股势力都是地头蛇相互勾连，极为难办。但是朱玉德剿匪的决心十分大，在四川驻扎了八万军队，不把土匪清除干净誓不罢休。为此已经给赵泽勇发电报，说这只军队怕是要经年累月在四川作战了，希望赵泽勇大力支持，至于联省的防卫，要求赵泽勇再次组建一只新军。
此时熊克武也已经组建完成自己的政府，立刻宣布就职四川省长一职，并且拉拢一大批名望乡绅支持自己，接着宣布四川自治，加入滇黔桂联省，成立滇黔桂川联省政府。
同时派出一大批代表到昆明，谈判四川地位问题。
根据联省宪法，加盟省份地位平等，云南、贵州和广西都是平等的，联省政府从来没有干涉过这几个省的内政，其实说白了，管理各省的还是各省政府，至于所谓的联省政府，基本上还是个空架子，总共的官员不超过五十个，而且大多数是兼任，连赵泽勇这样的督军，和岑春煊这样的联省主席都是兼任的，就更不用说其他了。
熊克武的意愿正是，要立法确立四川的地位，要求明确在宪法中写明，四川行使政党政治，联省不得干涉。
而此时呢，张澈组建云南政府的进程基本上已经完成了，在大量美国顾问的帮助下，基本上到县级政府，各个政府机关，各种工作程序，业务流程和制度，都已经现代化了，也培养出了足够的吏员，张澈建议干脆借此机会，成立真正的能起到实际作用联省联合政府。