除此之外，联邦在发展中的这十几年中，也遇到了更多的问题，首先一个就是黑社会问题。联邦在成立之初就严令禁止党派的存在，但是有人的地方就有群体，因为人是一个群居动物，而这个群体必然有它自身的利益索求，这种索求经过发展，就会逐渐演变成一个群体的追求，说白了吧，就是黑社会的成型。
既然叫黑社会，那就肯定是对应着白社会而讲的，那么白社会是什么呢？其实就是联邦政府，而黑社会就是要弥补政府所管理不到的地方，联邦政府有管理不到的地方吗？回答是，必须有！只要是在一个追求民主法制的政府的领导下，就必然会出现黑社会这种民间的组织，他们会在政府照顾不到的地区和空间里，旺盛的生长开花，让你铲也铲不干净，灭也灭不完。
目前联邦国内的状况就正好符合了黑社会滋生的条件，联邦政府虽然在骨子里是独裁政府，但是在法制和人制上，刘芾还是选择了绝大部分的法制，当然了，刘芾自己不在法制范围之内，不过这并不太矛盾，因为刘芾顶多就是有个妻子，连个孩子都没有，更没有身后那些什么大家族大财团的影子，所以并不会对联邦的法制制度提出什么挑战。
另一方面，刘芾对自身的要求还是比较严格的，他信奉一句话：己所不欲勿施于人。他虽然不信教，但是过得比清教徒也好不到哪里去。首先他不好吃，他认为吃饭和睡觉是人类最无用的两个习惯。但是肉体上又离不开，所以在这两个反面，他没有什么可享受的，能吃饱，能不失眠，就是最大的追求了。
其次他也不好色，虽然漂亮的女孩子是个男人就喜欢，但是他也只是停留在了喜欢看一看的程度。每天里日常工作都忙不完，年纪又一天一天的大了起来，养后宫这个穿越人士经常干的事情他没有去涉足。
最后，他对钱也没什么感觉，金钱对于他来说，已经就是一个数字了，国家没有钱不成。少赚一点他都急，而他自己的财产，大多也都拿出去做各种捐款了，他的爱好不多，用不到多少钱，自己又没孩子。攒那些钱何用？
说到爱好，刘芾基本上只有3个，一是没事就往研究所里跑，他喜欢到哪里去装半仙的成就感；而是钓鱼，只要有时间。他就会跑到一个安全的海域里去，和海里的鱼类做生死搏斗；最后一个爱好就是建国了。这个爱好有点大，在刘芾心目中，目前的南海联邦国土还不够理想，他一直念念不忘南边那块大陆，做梦都想着怎么去给抢过来。
当一个人对自己狠的时候，尤其这个人是领导，那么他的下属也会主动或者被动的去模仿或者学习他的习惯，这用术语来说叫：上有所好，下必甚焉。大概意思就是说，处于上位或者高层的如果有什么爱好，那么下属就必然会和他有着同样的爱好，而且还要比他强烈。
这句话很富有哲理性，由于有了刘芾这位毫无情趣、对自己都狠的总统，联邦政府的高层里的绝大部分官员都不自觉的按照这个标准来要求自己了，再加上那帮总统的铁杆粉丝外加狂热崇拜者内务部特工存在，很多高级官员即使不太认同刘芾的生活方式，也不得不有样学样的装出这种状态来，而且还得装的很像才成。
一个人如果长期让自己处于一个演戏的状态，时间一长，他就入戏了，很多官员也是如此，最初还是装模作样，慢慢的这种生活习惯就成了真正的生活习惯，也就不觉得清苦和不习惯了。当然了，刘芾丝毫没有提出过这方面的要求，他并不反对官员们去追求更高档的生活品质，只要这个钱是通过正当途径来的，就丝毫问题都没有。
虽然联邦的上层还都比较廉洁奉公，但是这也只是联邦政府里的一种风格，和普通的联邦老百姓根本就挨不上边。对于生活在联邦中下层的老百姓来说，政府高官们是否廉洁，生活是否简朴，和他们的关系都不大，他们接触不到那个层次，他们只想能多挣点钱，让自己的生活更好。
这些年随着联邦国内经济的快速发展，在国内慢慢的就出现了一些灰色组织，比如在码头工人群体中、国内海上短途运输业中、色情产业中都会产生一种类似于帮派的民间组织，他们最初的成立目的可能是为了团结起来增强竞争力，也可能是为了抱个团让个体更安全，但是慢慢的，随着这些组织的逐渐壮大，它们的力量逐渐引起了一些人的注意，这些组织也由于这些人的加入而变得越来越偏离了原来的发展轨迹。
它们开始向警察部门和联邦政府最基础的管理部门进行渗透，通过金钱、美女、选票等手段，拉拢了不少联邦低级的政府官员和警察，逐渐的形成了自己的势力范围，并开始进入了规模化扩张的阶段。
对于这种现象，刘芾一直都没注意到，别说刘芾这个天天待在总统府、研究所和钓鱼船上的总统了，就连内务部的特工和情报员们，也都没有留意到这些组织的动作，因为这些组织往往都是在人民底层建立的，并没有公开的活动，开始阶段也并不触及联邦的法律，所以很不起眼。但是当它们进入了扩张期之后，就慢慢的浮出了水面，开始让更多的人注意到了它们庞大的势力和能力。
最初引起内务部重视的，是一个叫“水手互助会”的组织，听这个名字就能知道，这是一个以水手为主体的民间组织，更准确的说，它的成员全都来自在联邦国内的各条海上运输线上跑船的水手。
在内务部的一次例行对内部人员的考评中，一位隶属于内务部内务司的外勤特工被查出在个人生活上有着重大问题，他不光有一个老婆，还在外面养了2位情人。这个情报不是内务部查出来的，而是这个特工的老婆跑到内务部的监督司里来揭发的，他的这位老婆由于无法忍受他在外面豢养情人而怒火中烧，在两个人多次吵架之后，一怒之下，就把自己的老公给告发了。
既然他的老婆提出了告诉，监督司的人员就必须仔细核查，然后提交书面的核查报告，而且这个报告将保留10年，那几位监督司的人员经手了这个案件，必须都签上自己的名字，一旦将来出现问题，是要追究责任的。
结果，内务部的监督司很快就在这位特工身上发现了更严重的问题，生活开支与其收入严重不符！本来豢养情人这个问题并不算是犯罪，只能说是个人私德上有亏欠，这也就是因为内务部是联邦的强力部门，所以对员工的要求比较高，才对个人私德也加以限制。但是开支与收入严重不符就不是小问题了，尤其是在内务部这种部门里，一旦经济上发现了问题，那肯定不是一个孤立的问题存在，最终很可能就会带出一连串的其他问题。
在发现了这名特工很可能有经济问题之后，监督司就动用了手中的特权，开始对这名内务部特工进行了全天24小时的监视。结果只用了4天时间，就大概搞清了他隐瞒收入的来源，竟然都是受贿款项。