行政体制是维持国家日常运作的根本，关系到社会各阶层的利益。特别是士大夫阶级，他们是国家权利的直接掌控者，安排怎样的制度，其实也是在安排他们所能获得的利益。秦国本土派同客卿派之争再次展开，并且是决定胜负的一战。
宰相王绾代表着广大的本土阶级，他倡导分封制，认为六国诸侯刚破，各地政权还不稳固，应该分封王子为诸侯，代替始皇帝镇守边疆。
本土派提倡分封制，当然有他们的政治考量。作为王朝中最根深蒂固的势力，他们的家族有着共同的生存模式，依附于王公贵族，上下勾结，共保富贵。分封制的实行，可以让他们的主子权倾一方，划地为王，至少在封地上，本土派的特权将得到保障。
分封制对维护士大夫阶级有很好的作用，但是客卿们除外。他们在朝中没有根基，完全依附于始皇帝，分封诸侯的做法，势必会削弱王权，客卿的利益也会跟着受损。王绾的话刚刚说完，就遭到客卿派的强烈抨击，这次李斯是有备而来，已经为秦朝的行政结构做出宏伟的蓝图，他要将本土派彻底击垮。
李斯向始皇帝进言：周朝分封了众多的同姓诸侯，随着子孙的继承，相互之间的血缘关系逐渐疏远，时常因为利益的关系而争斗。周天子把权利下放，结果却无力平息争端，致使国家灭亡。事实证明，周朝的封国建藩制度，与皇权是不能共存的。
李斯对统治者的心思了解很深，始皇帝最关心的就是皇朝的延续，既然分封制有很大的漏洞，当然应该不予采纳。究竟什么样的体制既符合皇权，又对客卿派有益？
秦朝统一天下的过程中，不断在占领区建立郡县。这是战争时期的临时地方政权，目的是维护当地秩序，给秦国大军提供后勤保障。但是从稳定的角度去看，实施的成果很优秀，李斯建议对王子和功臣赐以重赏，而把郡县制保留下来。这样就可以很容易的对地方政权进行控制，而且天下百姓只知道有皇帝，不会再侍奉诸侯为主。
李斯的进言再次搔到始皇帝的痒处，“使天下只知有皇帝”，纵然明知是请君入瓮，始皇帝还是无法抵抗诱惑：“天下共苦战斗不休，以有侯王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也，而求其宁息，岂不难哉。”天下人饱受战争之苦，全是因为诸侯的存在。如今好不容易平定天下，又重新分封诸侯，岂不是自己招惹战祸？
废除诸侯的建制，本土派失去了赖以生存的保护伞，而客卿阶级将以他们的才干和始皇帝的器重，左右秦朝日后的政局。李斯为首的客卿派，在始皇帝的关怀和领导下，制定了严密的中央行政管理制度。这个制度完全架构在一种前提之下，遵循皇权至上的原则。始皇帝就是法律的代言人，他不受法令的限制，可以随时更改法律，这就是我们俗称的金口玉言。
始皇帝把官僚机构分化为两部分，中央行政组织和地方行政组织。
中央行政组织实行三公九卿制：
一，丞相，三公之一。丞相是朝廷的最高行政长官，主要的职责是帮助皇帝处理朝政，总领百官。他可以主持朝议、任免中低级官吏，是除皇帝外最大的实权人物。
二，御史大夫，三公之一。由于丞相的权利太大，为了防止擅权，秦朝设立御史大夫，负责监督丞相在内的百官。皇帝的诏令也是通过御史大夫转交丞相去执行，可见秦朝的官员之间是相互肘制的关系。
三，太卿，三公之一。太卿是国家的最高军事长官，负责统领全国军务。由于军权的特殊性，太卿本身并没有控制军队的权利，只有在得到始皇帝的令符后，他才可以调动军队。除非在战争时期，始皇帝都不会将军权下放，这也是保护皇权的一种措施。
四，奉常，九卿之一。奉常是封建社会特有的官职，掌管国家的宗庙礼仪，负责封建迷信的传播和推广，控制人民的思想，用愚民的方式维护统治阶级。
五，卫尉，九卿之一。卫尉是宫廷的保卫处长，守护王宫大门，负责掌管宫门的兵力部署和消除宫殿的各种安全事故，为皇室成员的住宿提供安全保障。
六，郎中令，九卿之一。郎中令是皇帝的警卫连长，统领王宫中的带刀侍卫，负责对始皇帝进行贴身保护，是皇帝亲信中的亲信。
七，宗正，九卿之一。由于废除了分封制，秦朝的皇室成员都需要统一管理。宗正通常由皇族内部德高望重的长辈出任，负责安排和维护皇族成员的利益，对他们的生活提供保障。
八，太仆，九卿之一。太仆从字面上看，就知道是皇帝最大的仆人。主要负责伺候皇帝，安排皇家的起居用度。
九，治粟内史，九卿之一。治粟内史相当于国家的财政部长，主管全国的经济，负责秦朝的税收、贸易等等金融工作。
十，少府，九卿之一。少府是皇帝聘用的投资理财师，负责管理皇帝私有的田园财产，以供给皇室消费。
十一，典客，九卿之一。典客是国家的外交官员，负责涉外交往活动。主要解决内部多民族融合问题，以及同番邦蛮夷的和平相处的事宜。
十二，廷尉，九卿之一。廷尉统领全国的司法体系，集公安、检察、法院三权为一体，专管大案要案。
三公九卿制度的实行，使客卿派成为最大的赢家。李斯由原来主管刑罚的廷尉，跃居为大秦皇朝的丞相。一人之下，万人之上，终于功成名就。
关于地方官僚制度，始皇帝将全国划分为三十六个郡，实行郡县分权管理。郡守为一郡的最高行政长官，总领全郡政务。郡尉负责军务，主要涉及征兵、缉拿罪犯等工作。监御史是皇帝下派的监察人员，负责监管地方官员的政务。
郡以下设立县级行政单位，长住人口达到万户以上的设立县令，不满万户的设立县长，是一县的最高首长。负责县内司法的官员称为县丞，负责县内军务工作的官员称为县尉。县以下又设有乡、亭、里三级最低行政机构，分别任命三老、啬夫、游彻、亭长、里长等下级官员管理日常政务，包干到户，直接对百姓负责。
通过中央到地方的行政管理制度改革，各级官吏的任免由皇帝亲自处理。始皇帝把皇权牢牢的掌握在自己手中，开创了专制主义的中央集权体制，对皇权的稳固起到重要的作用，被秦朝之后的历代所继承。
权利的集中，也导致另外一个问题的产生，始皇帝必须每天亲自处理很多政务，这让他不厌其烦。所以秦朝致力于加强官员素质的建设，通过这种方式避免弊政的产生。
一，始皇帝取消了刑不上大夫的特权，制定了很多处罚官员的法令。
二，官员一旦犯法，不仅自己要受到重罚，还要施行连坐制度，让亲戚朋友跟着遭殃。
通过苛法的约束，秦国官员的办事效率大大提高，出现吏治清明的局面。始皇帝正是尝到法治的甜头，在今后的日子里变本加厉，终于导致大秦皇朝的崩溃。
秦朝是个统一的多民族封建集权国家，尽管始皇帝刚刚建立起完善的政治制度，但是因为他广阔的地域、复杂的人员构成，给国家政策的执行造成很多不便。一些相应的改革就此产生：
一，战国七雄是独立发展的诸侯国，各国的文字具有一定的差异，始皇帝为了能够上令下行，更改好的贯彻统治阶级的指导思想，授命李斯统一文字。李斯以秦国文字为基础，参考六国文字特色，创立繁体小篆和简体隶书，推行于全国。
二，随着战国的统一，各地经贸关系逐渐加强。通行于六国的货币和度量单位没有统一的标准，给人民的交易带来很多麻烦。始皇帝用商鞅时制定的度量衡标准器，来统一全国的度量衡。规定秦国流通两种货币，黄金为上币，铜钱为下币。
秦朝的这些举措，为经济、文化的发展提供了便利条件，尽可能的消除了长期分裂割据造成的地区差异，对统一王朝的建立起到积极的促进作用。但是想要确保皇朝的安定团结，除了政治和社会变革，安全的军事保障也必不可少。始皇帝进行的数项军政改革，开历朝历代之先河。
一，始皇帝下令没收天下的兵器，实行刀具管制政策。他把缴获的的武器运回咸阳，统一销毁，熔铸成十二个重达千石的铜人，放置在宫廷之中，象征天下止戈，永不生战。秦国的大炼钢行动，是对发生战乱产生了限制作用，但也将秦国百姓打回石器时代，据说做饭的菜刀也重新用起石头来。
二，齐国被灭的时候，即墨大夫曾经对齐王建提到，六国的残余贵族不愿降秦，在各地搞阴谋复辟。始皇帝为了防止豪族割据的发生，强制六国贵族和富商进行人口迁徙。他把天下十二万户富豪转移到咸阳，繁荣首都经济。将很多六国遗贵迁移至巴蜀、南阳、这样的偏远地带的集中营，使他们脱离熟悉的故土，进行严密的监管。
三，始皇帝下令堕坏城郭，决通川防，夷去险阻。他征役夫销毁六国诸侯所建的长城和军事要塞，疏导国内的交通，同时防止有人叛乱时借以割据。只保留燕赵以北的长城，用来地狱胡族的入侵。
四，始皇帝大力发展交通运输事业，为军队提供后勤保障。他在全国范围内修建驰道，一条从咸阳修往齐国海边，一条从咸阳修往楚国。驰道建成之后，不仅满足了军事需要，还促进了旅游事业的发展，始皇帝就常常利用驰道游览大秦的壮阔河山。
根据近年来的考古研究，在全国的多处地区发现木质轨道。经过科学实验，这些轨道修建于秦代。通过这些发现，似乎也为我们证明了驰道的存在，在木质的轨道上，奔驰的骏马拉载着车辆快速行进，驰道大概因此而得名。我们可以联想到，秦国车同轨的措施，很有可能也是为了与驰道相适应。正是因为驰道的存在，秦国后期经常随便动用几十万人的记录才变得真实可信。
始皇帝根据自己的意愿，布置着他的天下。把皇权神话、建立官僚和军事保障体制，战国已经面目全非，而大秦皇朝初具雏形。中央集权制度将解决商、周王朝的弊端，但是始皇帝法苛严的措施，对社会造成的束缚又会产生怎样的反弹？
告别我们该告别的，期待我们该期待的。始皇帝改变了天下，天下也在改变着他，他制造着我们从未见过的一切，一切也都可能随时在秦朝出现。