宇文化及肯乖乖请求投降，本是大好的事情，但李神通竟不准许，将宇文化及的使者赶出了大营。
安抚副使崔世干对此十分不解，力劝李神通准许宇文化及投降。
李神通道：“敌人粮尽计穷，马上就能取胜，我要攻下聊城以宣扬国威，并且分了他的财宝慰劳将士，如果接受他投降，那么用什么来作赏赐军队的费用呢？”
崔世干道：“有情报说窦建德就要抵达，如果还没有平定宇文化及，里外受敌，我军必然失败，此时怎么还能贪图他的财宝而不接受投降呢？”
李神通大怒，把崔世干囚禁在军中，不让他再插手军务。
但就在李神通将崔世干囚禁后不久，封德彝和宇文士及从济北运粮到了聊城，宇文化及兵力的斗志逐渐恢复，于是又重新抵抗。
李神通见围困无望，这才督率军队攻城，惨烈的攻打半日后，贝州刺史赵君德率先攀着城堞登上城墙，李神通对此人很厌恶，不愿让他得先登之功，便下令鸣金收兵翌日再战，赵君德大骂着下了城，李神通再一次错失了占领聊城的机会。
翌日，李神通与宇文化及双方又是拼杀了大半日，宇文化及的一方渐渐有些不支，李神通见了这情形后，嘴角已掀起了一个弧度，仿佛已看到了自己胜利后的情形。
然而就在这时，忽有探马匆匆来报，窦建德的十万大军已即将抵达，先锋部队转瞬即至，李神通军中的其他将领听后，立即要带队离去，他们中的许多人都是李神通招抚而来的，对部队的掌控力比较大。
李神通的脸色已是变得十分的难看，眼见煮熟的鸭子就这样飞了，心中自是十分的不好受，但他也知道此时再不走的话，稍过一会可就走不了了，于是最终咬着牙做出了撤退的命令。
李神通带着人马撤离聊城后，宇文化及大松了一口气，同时心中大为高兴，认为这是老天在保佑自己，这才使得李神通在将要攻破城池之际，主动撤兵。
然而宇文化及的高兴却未能持续多久，因为没过多久，窦建德的十万大军便将聊城给团团围住了，这十万大军不仅在人数上比李神通的军队要多出数倍，且军容整肃，黑压压的排列在城外，给人以极大的压迫感。
宇文化及见了这情形后，一阵胆寒，但还是故作镇定自若的对身边的大臣道：“窦建德流寇而已，人数虽多，但却不……不足为虑，我们的精锐骁果定能将他们大败！”
宇文化及这一番话，说得相当的没有底气，只怕自己都是不信，有怎么激励到别人？所以他那番话说完后，应着寥寥。
为了激励士气，宇文化及也是豁出去了，难得的亲自带兵出城打上几仗，与窦建德连续交锋数场，然而最后都是大败回程，遂不敢再出城，打算坚守聊城。
窦建德率兵从四面八方昼夜猛攻聊城，过不多时，聊城已是岌岌可危，之前投靠宇文化及的知世郎王薄，感到了不对路，于是主动打开了城门迎窦军进城，窦军入城后，很快活捉了宇文化及，聊城也很快被完全控制住了。
窦建德进城后，首先去拜谒了萧皇后，言语都自称臣下，极尽礼数，然后，窦建德还身着白色服装哭隋炀帝以尽哀节并安抚隋朝的百官。
做足了场面活后，窦建德这才收拾自东都而来的车驾仪仗，传国玉玺也被他收入囊中。
然后，窦建德将捉住派逆的同党宇文智及、杨士览、元武达、许弘仁、孟景等人，在隋朝的官员当面斩了这几个人，割下首级悬挂于军营门外。
宇文智及死前大喊饶命，当众尿了裤子，还道自己私藏了许多财物，只要窦建德饶他一命，定将那些财物奉上，但窦建德却丝毫没做理会，刀斧手武器砍下，宇文智及的人头骨碌碌的滚落在了地上……
杀了宇文智及后，窦建德又用槛车载着宇文化及和他的两个儿子宇文承基、宇文承趾到了魏县，在宇文化及不久前鸩杀杨浩的地方，将他们通通的斩首了。宇文化及临死，没有什么要说的，只说道：“不负夏王！”
宇文化及可能是觉得自己没什么对不起窦建德的，却想不明白窦建德非要致他于死地，不管如何宇文化及这个建国不到半年的许国，至此就这样被灭亡了。
窦建德每次打了胜仗、攻陷城池，得到的物资财产，全部用来分给将士，自己不留任何东西。他又不吃肉，经常吃蔬菜，下粗米饭，妻子曹氏，不穿绫绢做的衣服，身份一方诸侯人物，役使的奴婢侍妾，才十几个人。
待到打败宇文化及，获得了一千多名隋朝宫女后，也当即通通遣散了，许多人都很赞赏他的这种行为，觉得这是仁君所为。
窦建德任命隋朝的黄门侍郎裴矩为左仆射，掌管官吏的选拔，兵部侍郎崔君肃为侍中，少府令何稠为工部尚书，右司郎中柳调为左丞，虞世南为黄门侍郎，欧阳询为太常卿。其余的隋朝官员也都量才授官，交给他们政事。
对不愿留下的人，准备去关中或东都的，听任他们前往，并给予路费粮食，派兵保护他们出境。隋骁果还有近一万人，也分派遣返，听任他们选择去处。
窦建德又与王世充联合交好，派遣使节进表于皇泰主，皇泰主策封他为夏王。
窦建德出身盗贼，虽然建国，但没有典章制度，裴矩为他制定朝仪，修订法律，窦建德非常高兴，经常向裴矩请教礼仪典章之事。
窦建德在攻灭宇文化及后，得了不少好处，而远在关中的大唐也是同样得了不少的人。
当初，宇文化及任用原大理卿郑善果作民部尚书，郑善果跟随宇文化及到聊城，为宇文化及督战，但中了流箭而退下静养。窦建德攻克聊城，郑善果也被捕获，但却不受窦建德的尊重，于是郑善果逃往相州，被李神通送他去长安。
郑善果到达长安，李渊对他很优厚，官拜检校内史侍郎兼任东宫左庶子，东宫于是再添人才。