与苏定方一同进入洛阳宫城的，还有李隐帐下的记室房玄龄，苏定方控制皇宫各地的时候，房玄龄则先进入中书省和门下省，收集了隋朝的地图户籍、制文诏书，又派人封存了隋的仓库，没收了许多金钱布帛，等候李隐颁赐给将士们。
当李世民的先头部队到达皇宫，见到大部分有价值的东西都被李隐的将领所夺后，顿时气炸了，意欲抢夺，但李隐的军队却立即迅速的结成战阵，一点都不相让，一时之间，皇宫中变得剑拔弩张了起来。
“因何事争吵？”东面与西面这时忽然同时响起了两道威严的声音，接着，李隐和李世民便于出现在了中将面前。
“参见晋王！”“参见秦王！”分属于不同阵营的士兵，立即拜见他们各自的主将。
“二哥，你的人行动可够快的啊！”李世民骑马上前道。
李隐笑道：“大家都没见过这大隋的皇宫长什么样，一说要来这里，都火急火燎的，真是没出息，让三弟见笑了。”
李世民没再说什么，调转马头向自己那些将士，凛然道：“走吧！”
很快，洛阳皇宫便全部被李隐与李世民的人所控制了。不过李隐和李世民两人都没留在皇宫，以免犯了帝王之讳，李隐在阊阖门处理政务，李世民的行衙则在城北的上春门。
第二天，李世绩匆匆自虎牢而来，找到了李隐，恳求李隐能救单雄信一命。
原来这天，李世民竟要在洛水岸边，处决一干被他捕获的，原属于王世充的官员将领，有王隆、崔洪丹、薛德音、杨汪、孟孝义等曾经的东都高官，单雄信也在其中。
当初在瓦岗寨的时候，李世绩与单雄信很要好，曾发誓同生共死，听闻了这个消息后，便立即从虎牢关赶来了。
听到了李世绩的恳求后，李隐当即快速的亲笔写下了一封向单雄信求命的书信，交给了李世绩，李世绩对李隐投以感激的目光，然后匆匆走出了阊阖门，拍马感到了洛水岸边。
此时，王隆、崔洪丹、薛德音等人已人头落地，眼看着刀斧手便要杀单雄信了，李世绩大喊了一声：“刀下留人！”
刀斧手看向李世民，李世民向他摆了摆手。
李世绩连忙走到李世民的身前，跪下道：“秦王，还请饶了我单大哥一命。”
李世民听后，脸上露出了迟疑之色。李世绩见此，便道单雄信骁健无比，于国家有利，请求用自己所有的官爵来赎单雄信，但李世民却仍没开口。
李世绩于是便从怀中拿出了李隐的亲笔信，然而李世民看过信之后，脸色顿时不悦了，拂袖道：“单雄信在昨日行刺本王，罪大恶极，不容宽恕！”
李世绩再三请求，李世民仍是不改口，李世绩只得痛哭着退下，单雄信对他道：“我早知道你办不成的，大丈夫死则死矣，没什么大不了的。”
李世绩道：“我不惜余生，愿和兄长你一同死，但是既然将这条命献给了国家，事情就无法两全。况且我死了以后，谁照顾兄长你的妻儿呢？”
于是他割下一小块大腿部位的肉，让单雄信吃下，说道：“让这块肉随兄长化为尘土。”
单雄信哈哈笑道：“能得你做兄弟，此生倒也无憾了！”大笑声中，头颅被刀斧手砍下，这位纵横中原的瓦岗豪杰，就此毙命，唯有死前的笑声，依旧回荡在远处的山谷中……
十月初三，王世充的徐州行台、杞王王世辩到河南道安抚大使任处，以徐、宋等三十八州之地请求投降，原属王世充的底盘于是全部为大唐所有，大唐也正式就此入主中原。
窦建德虎牢关前被擒的时候，他的妻子曹氏和左仆射齐善行等带着几百名骑兵逃回国都洺州。
而当窦建德溃逃的部众都陆续跑回洺州后，众将中有些人都打算扶立窦建德的养子为王（窦建德无亲子），然后征兵继续抵抗唐军，有些人则想重新回到海边作强盗。
唯有齐善行不赞成这样做，他道：“隋末丧乱，因此我们这些人才在民间聚集起来，暂且求得生存。以夏王那样的英武之人，平定了河朔地区，兵强马壮，但是还被唐军一战打败被俘，竟然易如反掌，这岂不是天命已有所归属，决不是人力能够争到的吗？
如今败亡到这种程度，守也没用，逃也不能免于灭亡，同样是亡国，我们怎么可以再给百姓带来灾难呢！不如倾心向唐投降，一定想要得到酬劳，就分光仓库里的财物，不要再残害老百姓了！”
于是齐善行将仓库中几十万段帛运到皇宫万春宫的东面街上，分发给将士，发了三天三夜才发完，齐善行布署士兵把守街市坊巷，已分得布匹的人则立即离开，不准再进百姓家。
十月十五日，士卒走光以后，齐善行和夏国的仆射裴矩、行台曹旦，带领百官奉窦建德的妻子曹氏和传国八玺以及打败宇文化及时得到的珍宝，以河北的洺、相、魏等三十几州向淮安王李神通请求投降。
李神通原本是被窦建德囚禁在博州的，但窦建德被生擒的消息传来后，博州刺史冯士羡便又推举了李神通为慰抚山东使。
李神通见凭空捡到了这么一个大功劳攻下州，自是狂喜无比，向朝廷通报了此事，不过他没说河北三十几州是齐善行主动归降的，谎称是他带兵攻打下来的。
不管如何，窦建德的广大地盘，也全部平定，大江之北，至此遂基本都为大唐所有了。李渊任命齐善行为秦王左二护军，并给他很优厚的赏赐。
十一月，李渊下诏让李隐与李世民，带领大军押送王世充、窦建德回长安。
李隐在临行前，看着隋朝的宫殿，感叹道：“如此穷奢极欲，能不亡国吗！”
于是他下令拆了端门楼，烧了乾阳殿，毁去则天门及其门前阙楼，废除诸佛寺，城中的接上万名和尚尼姑，只各留下三十名有德之人，其余都下令还俗。