萧云贵觉得自己越来越像一个政客了，政客们总是在反复的争执和妥协中与别人达成一致，这当中不乏威胁、利诱和退让、妥协，几乎所有的卑鄙招数此时用将起来他没有丝毫的负罪感，包括舍弃和遗弃。
几天前他才对洪秀全表完忠心，随后便把洪秀全给卖了，在和杨秀清妥协时，又再一次挑拨了洪秀全和杨秀清的关系，他并没有因此而感到任何的负罪感，相反他认为自己利用这个机会向东王展示了自己的实力，又迷惑了天王，让天王误以为自己是个忠臣，两王至少在未来相当长一段时间内不会再找西殿的麻烦了。
在南昌这场败仗之中，西王、天王和东王之中没有完全的赢家，但西殿确是获益最大的。在明面上，西殿和东殿达成谅解后，马上恢复了天京的钱粮供应，同时西王上书向东王请罪，并送了一批金珠宝贝和上号洋货给东王赔罪，又以西殿兵部名义昭告全军，将陈玉成在上海褫职查办，降职为一名小兵之后和他的两万部下在上海一起整编。
陈玉成对此没有丝毫的怨言，因为曾晚妹带给他的那封西王娘的信中已经将后果告诉了他，那晚曾晚妹问陈玉成信上内容的时候，陈玉成并没有将信函内容全数告知，他省略了后半部分西王娘告诉他西殿将如何善后的举措。西王娘直言不讳的告诉陈玉成，他将会背负一些骂名和冤屈，但陈玉成并不觉得委屈，一早西王就和他详谈过，他和他的将士们将经历这场整编。在他看来这是一早就计划好的事了。
但是陈玉成手下的将士们就有些想不通了，赖文光、陈阳兴等陈玉成部将在上海联合军中三十四名将领上书西王陈辩，书中将此战中东殿和西殿两支兵马的得失不偏不倚的陈述了一遍，赖文光等部将希望西王能明辨是非，收回对陈玉成的处罚。
萧云贵已经回到了上海。在收到赖文光等人的上书之后，只回复了“军人以服从命令为天职”几个字，随后赖文光等人也遭到降职处分。随后萧云贵召集这些将领进行了长谈，西王这次整编就料到会有这种局面，西殿很多大将手下的部将多数都是领军大将自己提拔的，这些部将甚至只知领军大将而不知西王。他整编就是要整掉这种风气。
萧云贵对上书的三十四名部将进行了降职处分之后，又一一进行了单独的谈话，谈话之中，陈玉成的部将们惊奇的发现西王对自己本身的能力和家事了如指掌，随后耐心的淳淳开导，让部将们知道西王这次如此处理是有西王的道理。并且斥责他们毫无眼光，西王自己都为了团结大局着想上书请罪了，他们几个还要闹腾什么？难道真要逼得西王杀了陈玉成向天京请罪不成？
赖文光等人还是很不服气，他们并没有怨恨西王，反而更加的怨恨天京和东殿。萧云贵再把祸头引向天京和东殿之后，就没有再解释什么了，说白了就是一句话。明白要执行命令，不明白也要执行命令。
萧云贵的举动并没有让西殿的将士们感到寒心，相反让他们对天京方面却是感到更加的离心，明明西殿这次没有做错什么，却被天京东殿逼迫，西王上书请罪，陈玉成被贬谪，天王在这种情况下也不出来说句公道话，因此西殿上下都憋了一口恶气。
西殿上下的这种变化是天京方面始料未及的，杨秀清本想着看西王服软之后西殿将士们寒心的样子。却想不到萧云贵是如何转圜的，西殿上下却是把所有不公的矛头对准了东殿。而洪秀全却想不到西王会妥协，更让他想不到的是，一向喜欢痛打落水狗的杨秀清这次却没有穷追猛打下去。
十月中旬，在收到西王的请罪上书之后。东王假托天父下凡，在天父圣旨中不咸不淡的批评了西王几句后，天父就没有再追究此事，反而是大大褒奖了西殿在苏褔省实行的新政。
在得到西殿的示弱之后，东王让秦日刚放弃了对陈玉成部的追击，转而开始统领江西方面的兵马继续和江忠源部清军作战。同时，下令将国宗杨辅清革职拿问，关进牢房内了事。
东殿和西殿的这种默契让洪秀全感到了很大的不安，洪秀全有种被东王和西王联手耍了一道的感觉，但随后西王的密信让他宽慰不少。萧云贵的密信告诉洪秀全，他为了顾全大局这次隐忍不发，请天王不必担忧，日后若是贼子罪迹昭显，他必定提兵勤王云云。
看了这封信后到让洪秀全有些不好意思，看来西王为了能一击即中，为了能让洪秀全不背负无罪而诛功臣的罪名还是在忍辱负重的。
就这样南昌之败的余波被萧云贵化解了，西殿看似吃了大亏，但萧云贵却把这些因素转化为对自己有利的事情来加以利用，借着此事他开始对陈玉成部的整编，也不动声色的让军心、民心对天京方面更加的离心，最重要的事让天王和东王之间看不见的裂痕更加的深了。而萧云贵这一手趋利避害算是玩得甚为圆满了，其实这也不是他一个人的主意，他身后还有洪韵儿、左宗棠、王闿运、李开芳等人的帮衬。
……
却说荣禄这边虽然被陈玉成的回马枪杀败，但好歹只损失了数百兵马，随后他和曾国荃都看出赖在南昌不走的杨辅清已经是外强中干。两人一合计便给曾国藩去了信函，力陈让曾国藩率领精锐兵马前来摘桃子。
得到荣禄和曾国荃的禀报后，曾国藩也判断太平军那边陈玉成部的忽然后撤一定是太平军内部出了问题，决定抓住机会用实战来一次练兵，当即派遣罗泽南、李续宾等湘军大将率领一万五千湘军新募之兵进入江西增援。
与此同时两广赶赴南昌的清军援兵也到了，清军一时间聚众十万兵马。在江忠源的统一指挥下，清军接连攻破杨辅清的营垒，终于杨辅清不支各路清军的轮番冲击，只得仓皇败退。在败退的路上又被荣禄、曾国荃、罗泽南等湘军截击，损失四万兵马。
是役清军陕甘总督舒兴阿战死，折兵三万有余，而太平军损失更大，东殿十余名检点以下将官战死或被俘，整个南昌战役加上西殿太平军的损失，共计死伤五万余人，丢失锅帐、火器、粮草、旗帜无数，而且太平军没有拔掉南昌这颗钉子，未能达成战役目标，算是太平军近三年来最大的失败。
凭此功绩，江忠源功劳最大，得了毅勇巴图鲁勇号，加了总督衔后，被咸丰委以总督江西、福建、苏南三处军政大事的实权。江忠源没有像历史上那样在庐州战死，此人其实一直是太平军前期最大的敌人，只是历史上官小位卑才在庐州被太平军围攻而死，否则之前只要江忠源参与的战役太平军都没能讨得了好去。
这次江忠源得了两省半的实权，而且江忠源所在位置又是太平军的腹地，更加成为太平军最大的威胁。得知江忠源加官进爵的消息之后，西王萧云贵曾经一度想要调集新整编好的三个师杀进江西去。
江忠源此獠能耐很大，相比曾国藩利用水军补给、结硬寨、打呆仗的乌龟战术，江忠源的用兵更加让萧云贵害怕。须知当年的蓑衣渡之战，江忠源凭着所部千余楚勇就敢伏击太平军三万余兵马的大队。此战不但打得太平军损兵折将。经历过此战的太平军将领都称，当时要是在远处观望的清军能迅速合围过来，说不定太平军的大队就要报销在蓑衣渡了。也就不会有后面的长沙之战、西王翱翔。
可惜当时的江忠源官职太小，和春、向荣等清将都不会听他的。历史总是惊人的相似，太平军的蓑衣渡之败很像红军长征时的湘江之败，只不过红军经历过湘江之败后吸取了教训，而太平军在蓑衣渡之败、定都天京之后，领导阶层却迅速的腐化了。
虽然萧云贵有提前攻打南昌的想法，但实际的情况却不允许他这样做，且不说东殿和西殿还在互相猜忌着，就是西殿动员三个师的兵力也不一定能击败此时还猬集在南昌的十余万清军，所以萧云贵暂时放弃了这个想法，他把目光转移到了福建。
福建的李廷钰、王懿德集兵五万有余，正屯驻温、台一线，对西殿苏褔省的宁波郡虎视眈眈，萧云贵决定先打掉福建的这支时刻还威胁自己腹地的清兵，继续扩大西殿的地盘。于是在新编的三个师整编完毕之后，萧云贵便命在宁波的李秀成接任第一军的军长之职，下面是李天熙、陈阿林率领的第一师、潘启亮、陈知命率领的第二师、周立春、黄威的第三师。
原本任命的林启荣等人因为熟悉军校运作被萧云贵继续留在上海担任军校的校长和其他职务。周立春、黄威的第三师原本也是要开赴宁波的，但因为出了陈玉成的事，第三师被紧急派往江西，他们要面对的将会是江忠源部清军的疯狂反扑。