国民党中央五届三次全会终于在会议的第四天取得共识，蒋介石如愿以偿地控制党政军权力，完成所有工作后的第一件事，就是以国民党中央决议的方式发表公告，否决西安事变期间张学良提出的《八项主张》。
两日后，三中全会迅速通过《根除赤祸案》，主要内容包括：一、彻底取消红军，以及其他假借名目之武力，统一全国武装力量之军令编制；二、彻底取消所谓苏维埃政府，及一切破坏统一之组织和政权；三、根本停止赤化宣传；四、根本停止阶级斗争。
国民党五届三次会议的系列决议，意味着国共之间已经没有协调的余地，翘首企盼能停止内战一致对外的全国各界民众，再次陷入彷徨迷惘之中。
唯一能给全国人民带来安慰的是国家建设取得一系列成就，继西南各省长途电话网开通之后，叙府至重庆至西安的长途电话工程竣工使用；成渝铁路内江至重庆段进展顺利；昆明与南京、上海、西安之间顺利实现无线电通话；鄂西各县公路网、重庆地区公路网基本竣工，修建扩建里程高达七千余公里，武汉至长沙、武汉至宜昌、宜昌至重庆、重庆至綦江等六条国家级公路的通车，为沿途七十余个县的经济发展带来勃勃生机。
剩下一个也最能给国民党政府和蒋介石带来声誉的重要决议是，新当选的国民党总裁蒋介石在闭幕式上郑重宣布：
即日起，开放言论自由，集中人才加强国家经济建设和国防建设，赦免政治犯予以自新之路。
这一宣告，无疑是让全国各界民众看到了停止内战、团结一致的美好希望，也是国民党政府成立以来难得的开明之举，中外报纸纷纷把这一宣告，看成是国民党政府和新任国民党总裁蒋介石向全国各党派发出的诚意信号，因而盛赞国民党和南京政府的开明进步，蒋介石的统治地位迅速趋于稳固。
在看似喜庆的形势下，国民党政府与共产党之间的尖锐矛盾被极大弱化，国民党军队与日本军队特务机构之间的地下战争却趋于白热化：
会议闭幕第二天，国民党中央党部、南京中央政府组织南京各界代表数万人，联合举行盛大的追悼西安殉难烈士仪式；刘峙和商震在郑州举行公审大会，对“日本特务机关案”中捕获之汉jin赵龙田等七名主要间谍做出枪决的判决；两艘武装押运的日本货轮，由于“阴雨大雾和浪高风急”，于二十三日深夜在温州附近海域发生强烈碰撞随即沉没，其中，从广州运载大量黄金白银的日轮“南进丸”号货轮最为重要，两艘船上三十七名船员和数十名武装押运人员全部失踪，舆论推测两船物资和船员均已葬身海底，次日上午，接到急报的日本海军迅速派遣四艘军舰，以最快速度冒雨破浪赶赴事发海域。日本驻上海、杭州领事官员迅速发表讲话，沉痛哀悼死难者，并严厉警告南京政府和任何一方势力，不要企图阻挠日本军舰的搜索警戒行动，严禁干涉日本打捞船的“正常营救”作业，否则将视其为战争挑衅。
沉船事件发生后的第三天，华北汉jin头目殷汝耕在天津举行盛大“反共集会”，高呼华北自治，承认“满洲国”独立，鼓励华北各界与日本各界“携手共荣发展经济、尽快实现整个华北的中日矿产合作开采和铁路建设”；山海关一带汉jin武装向中国驻军和警察频繁发起袭击，打死打伤中国驻军、警察和海关缉私人员二十余名；日本华北商业协会理事会全体成员强烈谴责南京政府，要求南京政府“交出刺杀中日共进会理事、北平商业协会会长侯五亮先生的凶手”，北平特务机关负责人也随即发出“严正警告”，表示接踵发生的刺杀事件如果得不到妥善解决和应有赔偿，日军将对此展开百倍的报复。
纷乱的形势似乎对安毅毫无影响，在接踵举行的中央执行委员会、中央军委常委会议中，安毅非常平静地重新就任中央执委和总参谋部副总参谋长，安毅也迅速履行自己的权力责任进入角色，开始对自己领导的相关各部门进行调整，一切都井然有序、不慌不忙地悄然进行。
相对于李宗仁、白崇禧、李品仙分别就任国民革命军第五路军正副司令和参谋长、王宠惠正式取代张群担任外交部长、张群调任中常会秘书长等等重大人事变动，安毅的回归没有引发任何的争论和宣传，几乎所有中外报纸都认为，安毅的回归理所当然，只不过是国民党中央核心权利变更之后的正常决定，之前安毅就担任过这两项职务，原本按照外界的估计，“勤王功臣”安毅应该获得更高的职务与荣誉才对。
外界所不知道的是，安毅的确获得了更大的权力，作为中央军委常委兼副总参谋长，安毅的权力大大加强了：协助军事委员会委员长制定全局军事战略计划、负责总参谋部第四厅这个重要的军事情报机构的领导、监管招募新兵和全军训练的训练总监部、担任陆军整理委员会主任监察委员、负责监督全军装备及军费预算审核。
外界不懂安毅拥有三个看似名义上的监察职务，也没有给予应有的重视，很多报纸甚至懒得提及，但是全军将领无不为之凛然瞩目：
包括中央军在内的全国军队，不但调动和驻防需要安毅签字同意，就连装备更换补充、兵员补充、各部扩编、军费申请等等，也必须获得安毅签字同意，否则就算是急得上吊也没用。
深层原因是，本年度全国军费预算的一半，得依安毅斡旋解决，四处借贷；全国军队武器装备的一半，需要安毅麾下兵工厂负担；川滇黔湘鄂豫陕七个省的新兵招募、训练预分配，也全由安毅这个副总参谋长全权负责。
正因为如此，手握实权的安毅在军队中的地位迅速变得炙手可热，要比很多位高名重的军政大员更令人敬畏，谁敢得罪安毅，估计一枪一弹、一兵一卒都难以获得补给，有本事也和各路地方军阀一样自己弄去。
三月九日下午，出席完隆重授勋仪式的安毅，收起一级宝鼎勋章，拖下威风凛凛的上将礼服，来不及出席次日举行的全国童子军校会演大会，赶赴六合大营，设宴招待驻扎在此的川南、滇南五百名童子军学员，与自己的孩子们度过一个愉快的夜晚。
次日，安毅陪同蒋介石一行，飞抵庐山，出席中央军将领特别会议，视察庐山训练营情况，并为三月下旬与共产党代表的会谈做好准备。
安毅负责的是军事整编事务，与负责政治方面的张群等人一起，为蒋介石与周恩来的谈判出谋献策。
西安事变之后，国共两党再次开始正常接触，以周恩来为代表的中共代表团，分别在西安、临潼与国民党谈判代表顾祝同、张冲举行了六次会晤谈判。
在这其间，周恩来以原黄埔军校政治部主任的身份，多次与黄埔毕业生谈话，并请中共中央派遣黄埔一期生陈赓来西安，共同做黄埔系将领的工作，以利国共和谈的顺利进行。
周恩来与黄埔将领之间的谈话内容，无一例外地呈送到了蒋介石手里，安毅作为主管军事情报的副总参谋长，自然也清晰了解，甚至蒋介石不了解的很多私下见面过程，安毅也获得密报。
初步谈判中，张冲友善地提出红军主力可编成四个师十六个团，另可编成两个徒手工兵师，全军编制共六万人。为使和谈能达到预期的目的，一心想促成国共合作的张冲还建议中共，最好能通过在苏联的蒋经国，做做蒋介石的思想工作。
但是蒋介石否决了张冲的意见，三月八日派出戴罪立功的贺衷寒飞抵西安，协助张冲，拉上接到蒋介石指示的顾祝同一起，与中共代表团成员周恩来、叶剑英一起再次协商，经过激烈的讨价还价，最后双方形成“八项协议”，其中，属于安毅事务中的内容是：
红军称号取消，改编为国民革命军，服从国民政府军事委员会及蒋介石的统一指挥，编制人员、给养及补充，与国军同等待遇，其各级人员由自己推荐，呈报军委会任命，政训工作由军委会派人联络。其部队编为三个国防师，计六旅十二团及其他直属之工、炮、通信、辎重等部队，在三个国防师之上，设某路军总指挥部……
可是，这个协议却因贺衷寒反共心切而改变了内容，变成“红军改编为三个师共三万人，政训人员由南京政府派人参加，各级的副职也由南京政府委派，取消“民选制度”，改“民选推荐”为“地方推荐”，甚至删去了协议中要求马步芳部停止攻击红军西路军的重要条款。
周恩来怎么可能答应这么苛刻的条件？认为在西安与顾、贺继续谈判，已经没有实际意义，要求直接与蒋介石面谈，以期问题的根本解决。
周恩来迅速会见张冲，提出将“三八协议”直接送达蒋介石的要求，否定了贺衷寒的提案，但是表示，两党合作抗日和拥护蒋委员长的方针，不会因贺案而发生动摇。
正因为如此，蒋介石反复思考之后，决定与周恩来举行会谈，尽快解决这一问题，安毅也就被拉进来，即将见到十年未见的原黄埔军校政治部周主任了。