李世民没有立即回答父皇，而是扭脸向身边的尉迟敬德使了个眼色。尉迟敬德马上会意，上前一步，向李渊一拱手，声若洪钟地回禀道：
“回禀皇上，太子、齐王于玄武门作乱，秦王起兵讨之。”
“什么？”李渊大吃一惊，厉声问道，“太子、齐王现在何处？”
“俱以授首！”尉迟敬德回答句，说着把用战袍包好的两颗首级递给李渊，“请皇上过目！”
这突如其来的变故像晴天一霹雳，震得李渊目瞪口呆，一时间竟说出话。他伸手扶着画舫的廊柱浑身发抖，两眼死死地盯着李世民，半天才咬牙怒道：
“你……你心真狠，竟敢对自己的兄弟下手！你杀了建成和元吉，不就是为了太子之位，为了坐上朕的皇位吗？既如此，你何不早对朕说，啊！”
“父皇，请恕儿臣之罪！”李世民慌忙伏地叩首，辩解道，“儿臣并非为了太子之位，更不敢觊觎皇位，而是为社稷着想呀。太子不治常检，荒色嗜酒，为天下人所诟，而齐王凶恶乖张，有谋反之心……”
“好了，你不要再当着朕的面诋毁中伤自己的大哥和四弟了！”李渊忿然打断道，“你想入主东宫之心路人皆知，朕又岂能不知，何必在此信口雌黄！”
此时，李渊对面前这个活着的儿子充满了敌意和仇恨。这种情绪使他根本不想听对方的任何解释，因为这场政变是由这个野心家发动，它不仅让自己的所有计划落空，而且还失去了两个自己疼爱的儿子。这种打击使他失去了应有的冷静和理智，他冲着李世民怒斥不已，真想一刀劈下他的狗头。
好在裴寂并没有像李渊那样被愤怒冲晕了头脑，他清醒地认识到这场政变秦王取得了全面的胜利，整个皇宫已被他牢牢控制住，倘若激怒了他，后果将不堪设想。不错，他既然敢杀自己的亲兄弟，那么再前往走一步杀掉了自己的父亲又有什么不可能。此时此刻的秦王已经把君臣之义、骨肉之情完全抛在了脑后，他的思想里只有顺我者昌逆我者亡的强盗逻辑。这……这实在是太可怕了！面对这种情形，裴寂以为只有识时务地退让，才能保住皇上及自己的性命，否则很有可能会死在秦王那把沾满血迹的刀下，跟随太子和齐王共赴黄泉路。这么一想，他便上前一步，拱手劝谏李渊道：
“皇上，秦王之言甚是有理。太子、齐王自晋阳起兵以来，没有什么功劳，反而妒忌秦王，肇祸萧墙。秦王功盖宇宙，内外归心，今大义灭亲，皇上宜趁此立秦王为太子，委以国事。如此，皇上便可高枕无忧，颐养天年了。此事紧急，请皇上三思呀！”
“你……裴寂，你怎么能说这种话？”李渊见自己的宠臣也转向替秦王说话，不由得又惊又怒，“裴寂，你难道也如此不明是非曲直吗？你何故如此！”
“皇上，臣非不知其中曲直，实为皇上安危着想啊！”裴寂瞟了眼面前一脸杀气的秦王府兵马，含蓄地答道，“皇上，你看秦王身边的将士多威猛啊！”
李渊听裴寂如此一说，慌忙扫了圈围着自己的秦王府兵，看到他们手执刀剑杀气腾腾地样子，心头不由一阵惶恐。到这时候，他才感觉到自己已身处险境。他清醒地意识到，如果自己再继续得罪跟前这个透着杀气的儿子，就恐怕要步建成、元吉他们的后尘了。他终于明白了裴寂的良苦用心，老眼里闪着感激的光，对刚才指责他感到几分愧疚。是呀，事已至此，他再不情愿也只能接受这笔以权换命的交易。他努力压制住自己胸中的愤恨，使自己渐渐冷静下来。沉吟良久，他最终接受了裴寂的主张，提起笔，用微微发抖的手写下了手谕，同意立秦王为太子，并将国事委以他。
李世民看着父皇一笔一画地写着诏书，心里乐开了花，想自己终于如愿以偿了。不过，当裴寂将诏书恭恭敬敬地递到秦王手上时，他却扑通一声跪在地上向父皇磕头谢罪，再三请求父皇收回成命。李渊知道这个诡计多端的儿子是在跟自己演戏，目的是为自己掩饰所有的罪行。他用愤怒而轻蔑地眼光瞥了秦王一下，嘴角边浮出冷笑。默然会儿，他方开口劝儿子接受自己的委任。李渊三请之后，李世民才假惺惺地谢过父皇，接受了他的圣旨。
紧跟着，李世民又向父皇请求手敕，命令所有军队一律听从自己的处置。李渊见儿子如此步步紧逼，加上丧子之痛，未免心灰意冷，万念俱灰。他无奈地长叹一声，然后又提笔写了道手敕，并亲自交到儿子手上。等李世民不再吭声后，他便有气无力地朝裴寂及侍卫们挥了挥手，示意他们护送自己回宫。
李世民拿到父皇的敕书，心头一喜，当即就命尉迟敬德拿着皇上的手敕从东上閤门向全体将士宣读，以安定人心。与此同时，黄门侍郎裴矩赶往东宫晓谕诸将士。如此一来，很快京城的局势就稳定了下来。
为了斩草除根，随后李世民又领着尉迟敬德、侯君集、段志玄等人来到东宫和齐王府，将李建成和李元吉的儿子全部搜出来斩了。杀了这么多人，李世民还觉得不过瘾，又打算把李建成和李元吉的亲信百余人抓来统统杀掉，没收他们的家财以犒劳将士。众将听了，一个个摩拳擦掌，跃跃欲试。
尉迟敬德认为这样做十分不妥，很有可能会再次激起他们的反抗，引起朝廷动荡。于是，他便挺身而出，力谏秦王，说罪魁只有二人，今已诛杀建成、元吉，不宜株连他人。若秦王还要牵连他们的党羽，恐激生祸乱，这不是谋求安定了做法。李世民听尉迟敬德这么一说，认为很有道理，也就取消了决定。
随后，李世民又听取了房玄龄、杜如晦等人的意见，请求父皇颁旨赦免参与玄武门兵变的所有将士，叛逆的罪名只给李建成和李元吉兄弟二人，对其余党羽一概不加以追究。李渊打心里就不认为建成和元吉有谋逆之罪，然出于无奈之举，他只好按李世民的意思颁旨下诏了。于是，原东宫和齐王府的人就纷纷转投到秦王帐下。其中，魏征、王珪、薛万彻、韦挺等几位谋士大将还得到了李世民的重用，不久就成为他的左膀右臂。
两天后，李渊下诏立李世民为太子，并规定今后军国庶事，不分大小，一律皆由太子处分。为此，李世民在与李建成和李元吉的权力斗争中大获全胜，最终得到他梦寐以求的太子之位。入主东宫之后，他立即着手建立自己的势力，任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，秦叔宝为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马，魏征为詹事主簿，其余心腹爱将，皆委以重任。
李世民因功高德重而深受朝中大臣的爱戴，今身为太子，且手握大权，自然唯他马首是瞻，人人听从他的领导。这样一来，李渊就完全被太子架空，成为一位有名无实的皇帝。这令李渊心里很不舒服，却又无可奈何，他知道朝廷已被太子集团全面掌控，群臣也已把太子当成了他们的皇上。他现在只是一个令人讨厌的陪衬，一个不折不扣的老傀儡。
想到这些，李渊心里就来气了，欲倾力挽回自己作为一国之君的颜面，还有至高无上的权力。然而，他已是力不从心了，臣子们都快不拿正眼瞧他，更别说听他的话。他们非但不帮这个叫了九年的皇上，反倒是一个个前来劝他退位。先是萧瑀、陈叔达等一直支持李世民的大臣，最后连裴寂也劝他退位。这令他大为光火，同时也深感自己大势已去，无力重新得到自己所需要的东西。一番深思熟虑之后，他便接受了裴寂等人的劝谏，决定将皇位传给太子。
于是，八月癸亥，李渊颁布制书，将皇位传给太子李世民。李世民听罢，欣喜万分，想自己终于等到这一天了。然而，出于对父皇表面上的敬畏，他还是假惺惺地上表推辞，自贬无才无德不敢继承社稷江山。李渊心里知道这个迷恋权力的儿子早就想取代自己，登上九五之尊，号令天下，因而对他的推辞报以轻蔑的冷笑。他明白太子这样推让，完全是为了做给天下人看，以表白自己杀兄戮弟并非为了皇位，而是为了大唐江山千秋万代。
什么东西！李渊在心里狠狠骂了句这个假仁假义的儿子，将他的表书表撕了个粉碎，扬手撒了一地。好，那朕就成全你好了，谁叫朕有你这么个屠兄杀弟逼父退位的畜生呢！紧接着，他又赌气似的提笔疾书，好好地赞美了番太子，然后命裴矩呈送给太子。经过三让三请之后，李世民终于答应了李渊的请求，同授命承继大统。也许是心急，他决定明日就登基。
李渊得知这个消息后，坐在太极殿苦笑了阵，两行老泪忍不住从眼眶里涌了出来。裴寂见了，鼻子直发酸，泪水在眼窝里打着转儿，慢慢地溢出眼眶，顺着苍老的面庞洒落在衣襟上。两位老友相顾无言，默默地流着伤心的眼泪。好一会儿后，裴寂才缓缓地直起腰，扶着老朋友慢慢地朝寝宫走去。
次日，天公作美，碧空如洗，阳光普照大地。一大早，显德殿就热闹起来，但见礼仪官们如鱼般穿梭于殿中，手忙脚乱地准备着登基仪式。不多久，房玄龄、杜如晦、长孙无忌等文武百官们就穿着崭新的官袍，喜气洋洋地跨进了金碧辉煌的大殿。他们看见正襟危坐于龙椅上的李世民，齐刷刷地跪倒在地上，叩头高呼万岁万岁万万岁。李世民一身龙袍，气宇轩昂，威风八面。他用威严的目光扫了圈肃立于阶下的群臣，道声众爱卿平身，然后便颁旨下诏，大赦天下，关内地区及蒲州、芮州、虞州、泰州、陕州、鼎州六地免除租调两年，其余各地免除徭役一年。于是，普天同庆，大赞皇上圣明。
接下来，李世民又颁旨任命朝中官员。裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、宇文士及等老臣原地不动，而原秦王府旧将纷纷得以擢拔，房玄龄出任中书令，高士廉出任侍中，杜如晦出任兵部尚书，长孙无忌出任吏部尚书，杜淹出任御史大夫。原东宫谋士魏征、王珪深得李世民器重，被任命为谏议大夫。大将中秦叔宝为左卫大将军、程知节为右武卫大将军，尉迟敬德为右武侯大将军，侯君集为左卫将军，段志玄为骁卫将军，薛万彻为右领军将军，张公谨为右武侯将军。新后宫中，长孙王妃被册立为皇后，而李元吉之妃杨氏则因美丽而贤淑，很快就成了李世民的宠妃。