接着，宇文化及就主持朝政，商议立帝之事。牛方裕、薛世良等人想立蜀王杨秀，却遭到关押过蜀王的御林军将领们强烈反对。宇文化及清楚他们的厉害，不敢得罪他们，就采纳宇文智及、司马德戡、裴虔通、赵行枢等人的意见，决定立秦王杨浩为帝。朝堂中也有人反对，他们以为杨浩无才无德，平庸无能，不适合当皇帝。然因宇文化及兄弟跟杨浩来往密切，关系甚好，他们欲扶杨浩坐上皇位。
经过一番争议，末了宇文化及以丞相的职权强行拍板，并假萧皇后懿旨立秦王为帝。那些持异议者深知宇文化及阴险毒辣，怕得罪他而遭遇许善心的悲惨下场，也就纷纷转过向儿，表示支持丞相的决定。特别是裴矩，他极力反驳异议者而力挺宇文化及。这令宇文化及非常高兴，不仅免了他的罪，还当即提拔他为右仆射。这可把裴矩乐得心花怒放，扑通一声跪地就叩首拜谢，一脸的媚态。
随后，宇文化及任命弟弟宇文智及为左仆射、宇文士及为内史令、司马德戡为温国公，加光禄大夫，并大批任用自己的亲信。与此同时他尽力排除异己，杀掉蜀王杨秀、齐王杨暕等隋氏宗室和外戚沈光以及张琮、钱杰等反对者数十人。自此，朝中之事无论巨细，皆由宇文化及兄弟裁夺，而皇帝杨浩只是宇文化及手中的一颗号令天下的棋子，一个摆设而已。
宇文化及身为朝中丞相，却据有六宫，奉养一如隋炀帝，享受着帝王的尊贵和奢靡生活，行使着帝王至高无上的权力。宇文化及野心极大，当然不能满足于偏隅一方，他想赶紧率军回长安，趁唐王李渊还没行动之前把他干掉，自己好上位。因此，准备数日后，宇文化及就命司马德戡率大部队掠夺江都人的船只，然后从彭城出发，沿水路向长安进军。宇文化及生怕李渊闻说隋炀帝已死，废了隋恭帝杨侑而捷足先登帝位。因此，他一路令将士日夜兼程，朝长安风风火火赶去。可惜的是刚行走不久，水路就不通，只得改走陆路。
一路上，宇文化及命车马载宫中美女和珍宝，而令军士背负戈甲器械。军士行过一段长路之后，极为疲劳，就开始怨声载道，军心渐散。司马德戡见机，欲起兵谋反，杀掉宇文化及，更立自己为主。然事还未起，忠于宇文化及的许弘仁、张恺就向丞相揭发了司马德戡、赵行枢等人的阴谋。宇文化及当即用计诱杀了司马德戡，平定了叛乱。接着，宇文化及率众继续西行，然到巩洛时被李密的军队阻断了去路。因此，宇文化及不得前行，只好率军向东郡行走。
在宇文化及率部向京师长安进发之时，李建成、李世民兄弟俩已挥师抵达东都，驻扎在芳华苑。王世充听说李建成率十万余军前来增援，不喜反而忧惧，因为他猜到了李渊的真正用意，那就是想要借机占领东都。他当然不想让李渊的阴谋得逞，因此当越王杨侗、元文都等人眉开眼笑，准备迎接李建成军进城时，王世充坚决反对。他挑唆杨侗，说李建成率大军前来，其目的并非真心替越王赶跑李密，而是要借机杀掉越王，占有东都。杨侗向无主见，一切皆听王世充。因而犹疑了半天，杨侗最后还是听从王世充的劝谏，下令闭门不开，命李建成的部队驻守城外，以抗击李密。
对此，李建成很生气，大骂王世充为奸贼。一恕之下，李建成想率兵攻打东都，斩杀王世充，以泄心头之恨。不过，这时李世民相当冷静，清楚这样做一定会让李密坐获渔人之利，而自己不仅占不住东都，且得大伤元气。因此，他坚决制止李建成这一鲁莽行为，说义军平定关中不久，根基尚未牢固，即使能攻取东都，也无法守住，到时倒让虎视眈眈的瓦岗贼军得了便宜。为今之计，最好的对策就是让李密与王世充互斗，自损军力，待时机成熟，再杀回来也不迟。李建成听了这席话后，也深觉有道理，就同意了李世民的建议，不攻东都，当即下令班师回长安。
王世充见李建成的部队拔寨起营，就令段达、董浚率兵追击，不幸在三王陵处遭到李世民的埋伏。李世民与段达大战一场，斩敌四千余人。段达、董浚借机逃脱，幸免于难。李建成见李世民料敌如神，算准了王世充会趁自己撤兵之际偷袭，从而设下埋伏。获此大捷，他心里着实很高兴，同时又泛起般酸酸涩涩的滋味，有点妒嫉弟弟的才能了。
接着，李建成又率军经过不久前平定的新安、宜阳二郡。他们本想在此休整几日，然从探报中获知宇文化及率军向长安一路进发。李世民当即建议大哥连夜行军，不得休息。李建成也感到事态的严重性，便立即下令部队重新出发，以最快的速度行军，好赶在宇文化及之前达到长安，协助父亲抵御宇文化及。
十余日后，李建成和李世民便回到了长安。李渊看见儿子们得胜回朝，心里甚是欢欣，因为他们兄弟二人此等圆满完成了自己所布置的任务，取下以东数郡，为往后东进打下了比较坚实的基础。这是一次重大的胜利，为此李渊大赏李建成兄弟和段志玄等将佐，并犒劳三军将士。
然而，李世民无心为自己的功劳和奖赏沾沾自喜，那张丰满而英俊的脸庞上露出一丝忧愁，时不时对着阳光明媚的天空轻声叹息。房玄龄把这一切都看在眼里，他揣测到李世民为何而烦心了。一日晚上，借故邀李世民对弈。李世民刚练了通书法，觉得无所事事，就令侍从于书房之中设案摆棋。接着，两人相对而坐，一边下棋，一边闲谈。过了会儿，李世民不知突然想到了什么，禁不住轻叹一声。房玄龄趁机笑问道：
“赵公为何而叹息呢？这几日，玄龄常闻赵公叹气，不知是为何事而烦忧。可否告知在下，让玄龄为您分担一二？”