军队的进步和战斗力的维持不仅仅在于武器的更新换代，更在于军官和军事制度，萧如薰给大秦制定了很多行之有效的军事制度，所以秦军跃进的步伐一直都没有停过。
从一支传统意义上的造反的军队发展成现在这支纪律严明行动快速的军队，超脱了古代军队的限制，无限向近代军队迈进，萧如薰所做的一系列的安排是主要原因。
为了不让这支军队的战斗力退化，不让军人的地位再次回到宋朝和明朝中后期的地步，萧如薰建立了军校。
不仅仅在北京建立了一所，隆武三年年初又在天津建立了海军军校，并且在南京建立了南京中央军事学院和南京海军军校，将军校扩充到了四所。
之后，萧如薰还有扩充军事院校的计划，为的就是将军人的素质整体拔高，提升到再也不会被文人嘲讽为丘八的地步。
而且同时，将这些从一开始就接受了严格的政治教育的年轻人投入到军队之中，从最基层开始对大秦军队进行润物细无声的大换血，从根本上解除军队大将拥兵自重造反的可能。
从古代的部曲私兵制度一直演变到唐末藩镇割据，军队大将拥兵自重一直都是各大王朝的心头之患，为此，王朝统治者甚至不惜自废武功，自宫，导致了极其严重的局面。
萧如薰自己就是军队大将拥兵自重造反的典型，建立大秦王朝之后，不少人都暗自揣测萧如薰肯定会学习明太祖杀功臣，再不济也要学习赵匡胤来个杯酒释兵权。
但是令他们吃惊的是，萧如薰既没有杀功臣，也没有杯酒释兵权。
大将还是那些人，地位更高，权力更大，统兵数量也更多，没有杀人，没有罢免。
有些人还觉得这是还没有到卸磨杀驴的时候，皇帝一定会在北伐之后开始着手清洗掉这一批元老功臣，朱元璋也不是刚立国就下手的不是吗？
对于这种看法，萧如薰只会说他们想太多了，萧如薰不会随便杀人的，只要没人在明面上扯大旗造反，他是不会杀跟着自己起兵造反的功臣的，因为没什么必要了。
从镇南军建军开始，萧如薰就坚持和底层士兵打成一片，坚持越过大将直接对基层军队下达指令，培养军队习惯听从最高指挥的习惯，各种越俎代庖让所有人习惯他的行为。
另外还通过教育士兵识字的机会，长期给士兵灌输忠于最高统治者的理念，从最底层每一个士兵开始做起，告诉他们自己应该效忠的对象是谁，是谁给他们饭吃，给他们衣服穿，一直不曾停歇。
到建国初期，萧如薰不敢说自己多么厉害可以掌握每一个士兵的心，但是至少军中将领要想带兵造反，是聚不起规模的。
很多人的担忧打从一开始就不成立，因为萧如薰从最建军一开始就对军队的思想教育抓的非常彻底，一直不曾放松过。
建国以后，借由权力和地位建立军校，从最开始培养忠心耿耿满脑袋都是效忠皇帝效忠大秦观念的基层军官，计划通过他们给军队进行大换血，一批一批的进入军队基层，逐渐将基层军官全部替换掉。
然后，通过他们直接指挥普通士兵，用识字教育和基层军官的带领，将军队完全培养成效忠皇帝和大秦的军队，任何中高级军官将军都休想用他们来做私事，比如造反什么的。
秦军改组给了萧如薰最好的契机，将军队打散重组，把一千名军校生编入其中，隆武四年又编入一千名军校生。
等隆武五年秦军改组基本完成的时候，三千名军校毕业的基层军官已经把持了一百万秦军正规军当中的相当一部分基层军官职位，而原先的旧军官则向上升级，进一步和基层士兵隔离开了。
而从明年隆武六年开始，每年都会有两千名军校毕业生进入军队里，充实每一支军队的基层军官职位和军队里的要紧职位，在帮助秦军完成近代化的同时，足以将军队牢牢的控制在中央朝廷，控制在皇帝手中。
这支军队是绝对的秦军，而非任何一支私家军队，无论天南海北，都是一样的。
海军也是如此，海军军校毕业生们也将进入大秦皇家海军之中，担任基层军官职位，先实习，后就任，从下往上完成海军的大换血，将江大海等一批镇南军旧将在基层的影响完全抹掉。
让高级将领成为传说，成为尊荣的象征，而非实际掌握军队的存在，这是萧如薰不用屠杀功臣不用杯酒释兵权的原因所在。
虽然最早几年工作极度繁忙，支出相当多，但是当最艰难的时期熬过去之后，等成功显现出来，红利出现的时候，就是难以想象的爽和畅快了。
秦军的近代化基本完成，秦军的标准建设化从下往上逐步递进，八大兵团主帅地位尊崇，权力很大，可是关键在于，非战时没有参谋部调令的情况下，他们最多只能调动五十人的亲卫队外出办私事。
训练？
不用麻烦，训练好了给你送来。
训话？
不用麻烦，基层班长副班长每天早上起来带着士兵们面向大秦飞龙战旗和皇帝亲自手书『大秦军魂』喊话。
日常拉练？
不用麻烦，以营级军队为组织，高级武将只要下发通知就可以，各级军队会自己按照规章制度准备好完成好，直接检查就可以了。
大秦军队里规章制度之完善令人咂舌，大到行军作战小到大小便洗手都有明确的流程和规定。
什么时候做什么事情，什么事情怎么做，有需求如何申请有冤屈怎么请人做主都有标准流程。
起床、洗漱、跑圈、吃早饭、洗澡、上午锻炼、午饭、午休、下午锻炼、晚饭、晚学习、熄灯睡觉，这是一整套标准流程，各种生活规章制定也十分完善，每个人都要照样做，不照样做的会被惩罚。
如此细致的规定之下，在军校生毕业的军官的带领下，军队开始了全面的自我革新，在军官带领和军规严惩的双重作用下，秦军用极短的时间就摆脱了旧面貌，展现了全新的面貌。