朝廷对地方掌控力度减弱，这种弱化的结果会体现在方方面面。
放在佛教和道教头上，结果就是僧人和道士的数量增多，寺庙道观不交税的土地越来越多，一些大的寺庙道观甚至拥有上万亩土地，危害不小于地方上的士绅豪强。
这样的行为蔚然成风，这直接导致交税的人越来越少。
明朝寺院和道观的财产虽没有前朝那么多，但是数量也相当可观。
了解到这样的事实之后，萧如薰非常反感这种现象，下决心要狠狠出拳整治他们。
萧秦政权上台执政之后，隆武元年二月，萧如薰直接把象征明皇室宗教色彩的万寿宫变成了太上皇的居住地，将紫禁城内一切带有宗教性质的东西全部赶出去了，并且定下规矩，不允许北京城内有宗教建筑。
隆武元年三月，萧如薰发布了宗教政策。
他再次明确了道士与和尚出家需要朝廷给度牒才能被认同，而有权发放度牒的只有在京师内的户部宗教管理司，地方上没有权力发布度牒，度牒是三年一给，有上限。
私度完全禁止，一旦发现，立刻将私度之人和进行私度之僧侣道士及其所属寺院道观一并取缔，全部发配做苦力。
并且萧如薰还派人在全国范围内普查道观私产和寺院私产，一并登记造册，还对各地道观和寺院的年份进行统计，对道观主人和寺院方丈的身份和学识水平进行考核。
以后三年一次，绝对不允许停止。
一系列的行动之后，隆武二年朝廷关闭道观三十六座，寺院二十七座，隆武三年关闭道观十六座，寺院四十八座，隆武四年关闭道观二十一座，寺院十六座，隆武五年接着关闭道观十七座，寺院二十九座。
理由都非常明确。
朝廷发放度牒之前，派专人到各地寺院和道观里考察寺院里的和尚还有道观里的道士对于佛经的理解和道经的理解，看看学术水平怎么样，看看到底是不是真的一心向佛或者一心向道，是不是真的出家人。
这下子可算是查出大问题来了，一大批大字不识一个的假和尚假道士给差了出来，骗人血汗钱的也给查了出来。
本来萧如薰的命令就是没事也给我查出事儿来，结果现在倒好，根本不用冤枉人。
于是地方政府立刻对外宣布，大肆宣扬，借着土改的风潮搞批斗，将他们的名声彻底搞臭，于是地方百姓都极其恼火的支持政府取缔寺院和道观。
不仅如此，那些善于组织人手发动运动的地方基层官员们秉持中央思想，煽动人们崇敬寺庙道观将之完全捣毁，凡是运动波及之处就不允许再次出现寺庙和道观了。
接下来的事情也就不用说了，大量的寺院和道观倒了血霉，给取缔，所有财产充公，那些假道士假和尚立刻被发配去做苦力，也不知道能不能活着回来，反正机会渺茫。
但是这还不够。
假道士假和尚的确是有，但是持有前朝正规度牒的真和尚真道士也不少，萧如薰对这种和国家争夺人口与税收的组织相当反感，一心一意想着极力打压使之自然消灭，所以各种手段齐出。
什么道观的道长水平不够，不懂道家道义，什么寺院的方丈水平也不够，根本不懂佛经，完全不懂佛，各种理由满天飞，反正看到广有私产的非著名佛寺道观，想方设法的就给取缔掉。
至于被取缔的寺庙道观里面的那些真和尚真道士，萧如薰果断强迫他们还俗，终身不得再次出家，更不允许宣扬佛教和道教。
为了让他们事生产开始交税，萧如薰不准他们回原籍，全部安置到正在分配土地的地方。
还给强迫每人安排一个当地的孤女寡妇或者日本掳掠来的女人，给地给房子给农具给种子，让他们融入当地农会之中。
对于萧如薰如此这般的手段，有朝臣上表称道教佛教存在上千年，如此激烈的取缔，恐怕会让天下臣民惶恐不安。
萧如薰下旨，将上表的这名官员狠狠怒斥一顿，罚俸半年，以儆效尤。
他下旨布告朝廷，说他对道教和佛教非常不满不是因为对其本身不满，而是因为他们不事生产。
整天搞些玄乎的东西糊弄人心，不少寺院和道观居然还敢大肆购买土地，扩充私产，和朝廷争夺税收！
这些土地还是不用交税的，寺院的和尚所得到的一切民脂民膏也不用交税，明目张胆和朝廷争夺土地人口与税收，简直不知死活。
朝廷掌握大义在手，动不动宣布这个道士这个和尚是骗子，是骗人道士，是花和尚，骗人血汗钱，给他拉到周围村庄城市里去游行示威，发动百姓批斗，然后直接取缔该处的寺院，将土地等财产全部收归国有。
朝廷也不跟他们玩虚的，直接来狠的，重拳出击，打击佛教道教。
消息传开之后，一大批并没有什么虔诚之心只想着吃饱喝足混日子的懒汉被吓得纷纷逃离，不少寺庙道观直接荒废了，被当地政府轻松接受，变成政府管辖之内的仓库。
这样的做法大大限制了道士与和尚的生存环境。
短短三四年间，萧秦政府强迫十数万名道士和尚还俗，收缴土地四十余万亩，极大的打击了佛教道教的经济基础。
不仅如此，江南江北佛教道教兴盛之地，官府还很针对性的杀了八九百名为非作歹骗色骗钱的假和尚假道士，将他们行骗的事迹广泛传播。
编成儿歌，教孩子们传唱。
编成故事，教给说书先生去说。
甚至还给一些地方著名的戏曲班子下达行政命令，限期编排出假和尚假道士骗财骗色骗的人们家破人亡的戏曲，大规模传唱下去。
学校教科书之中，添加入相关的假道士假和尚行骗的故事，教给蒙童，让他们学习，并且回家告诉父母。
这样的做法大大的打击了佛教和道教在民间的声望，产生了相当长远的影响。
隆武三年第一次度牒发放，总共才发了三百多张僧牒和一百多张道牒。
与此同时，对于一些历史悠久名声较好还对国家对百姓有所贡献的大寺庙大道观，如少林寺和重阳宫等，萧如薰则采取了相对温和的做法。
没有强行取缔，没有发动群众去摧毁，而是对他们提出了交税的要求。
香火钱按照一定比例交税，土地按照每人二十亩地留给寺庙道观，多余的收归国有，而寺庙道观的土地需要和寻常百姓一样交税。
朝廷户部的宗教管理司派驻官员进驻寺庙和道观，对香火钱和僧众生产以及道学佛法的学习进行监督。
总而言之，朝廷要管理你，要限制你，要查你的账，收你的税。
不准反抗，老老实实接受管理，否则皇帝陛下有一万种方式弄死你们。