时光神基兰在经历了天使星云的变故后，仍没有放弃正面对抗虚空世界的想法。经过差不多两万年的探索，思考，以及无数的实践，他研究出了一种能在保护现有宇宙规则不被颠覆的情况下，突破虚空世界，进入次生物位面的方法。
他离开天使星云后，在宇宙间流浪多年，找到了德诺烈阳星系，把最新的突破虚空的方法分给三个星球分别研究，其中烈阳星接下了点亮黑暗的光----太阳之光，德星接下了划破恐惧的剑----银河之力，诺星接下了披荆斩棘的斧----诺星之手。
烈阳星在创造太阳之光的时候，加入了更多破坏力，支配太阳的能力，创造巨大的太阳耀斑，太阳风，加速太阳聚变，等等，诞生了太阳神。
于是，烈阳族获得了唯一一个能摧毁一个星系的能力。诺星则创造了终极武器——黑暗切割。而德星在研究德星之力的时候遭遇了技术瓶颈，也就是直面终极恐惧。他们的设计理念是创造一把能撕裂终极恐惧的剑，以及能支配这把剑的超级战士。在即将突破技术瓶颈之际，诺星感受到了来至德星之力的威胁，于是，战争终于爆发了。
一场惨烈的大战打下来，没有谁成为胜利者，三个星球都被毁灭，德诺两星人口基本损失殆尽，诺星连战神都死了，只有少数人幸存，其中有杜卡奥和他的女儿卡特，以及属下怜风语琴。德星只有十多岁的嘉文被基兰保护下来。烈阳星在太阳神的保护之下，幸存者最多，还能在烈阳星延续生存。
大战过后，太阳神深感罪孽深重，于是自裁了，把太阳神基因传承了下来，并规定神的基因只有温柔善良的女性才能继承，改太阳神名为曙光女神。
鉴于太阳神的恐怖破坏力，他又安排一队及其精锐的女神护卫队传授他们秘技，专门保护女神，并在女神不理智的时候制止其破坏性的行为。（蕾娜体内的技能密码，大概就是女神护卫队的杰作。）
杜卡奥等诺星幸存者后来跟基兰会合在一起，他把嘉文和卡特用冬眠技术保存起来，跟着基兰在宇宙中流浪。几千年后，也就是地球一千年前，两人找到银河系的一个边远星球，地球。
他们发现了地球守护者瑞兹，并和他成为了好朋友。基兰和杜卡奥觉得这个星期很有发展的潜力，经瑞兹的同意后，把源自神河文明的德诺星系基因散布到地球上，让这些高科技结晶的基因融入地球人的基因中。
他们打算用几千年的时间慢慢的慢慢的改善地球人的基因，当地球文明等级能够发展到成为银河系主人的时候，也就是德诺星系接下三大造神工程时的科技水平的时候，（德诺星系一万多差不多两万年前就能开始造神，从地球的角度来说，烈阳星领先地球两万年，这就是蕾娜说的她来自两万年以后时代的由来。）让那些人选最终能够成长为抵抗终极恐惧甚至其他外来威胁的新一代超级战士，然后在地球上重启造神工程。
做完这些事后，基兰一个人去宇宙边缘继续研究虚空世界。杜卡奥跟瑞兹则组队一起探索现有宇宙，就这样平稳的过了一千年。
二十年前，蕾娜在烈阳星出生，并成功通过传承，从她母亲那里继承了曙光女神的称号，及太阳神的超级能力。但大部分能力被封印。
十年前，基兰的神器大时钟，不知怎么的被死神卡尔偷走了，意识到不妙的基兰通知了杜卡奥和瑞兹。于是杜卡奥和瑞兹赶回地球，在取得现时华夏政府的信任后，开启了超神学院的前期筹备工作。在巨峡市外的群山中建立了超神学院，并把冬眠了一万年的卡特和嘉文唤醒，卡特是杜卡奥自己带着，嘉文则被一对地球人夫妇收养。
半年前，具体时间是189天前，基兰担心的事情终于发生了，地球被死神卡尔利用大时钟破开一个虫洞，宇宙中各种强大的生物，都有可能会通过虫洞，进入地球搞破坏。
为了保护地球，杜卡奥和瑞兹只能无奈的唤醒了地球人身上沉睡的德诺超级基因。
因此身上携带有超级基因的盖伦等人，就发现自己拥有了超能力。但是由于时间仓促，少了数千年的积累，这些超能力还非常微弱，只得通过特制牛肉加强。杜卡奥在地球外不远的一个星球建立了特制牛牧场及牛肉加工厂，专门生产这种催化超能力的牛肉。
一个星期前，盖伦觉醒了特殊能力，随后不久就被国家发现他拥有超能力，忽悠他加入超神学院，于是超神学院的故事开始了。
盖伦在学院中结识了嘉文、赵信等人，之后导师瑞兹召唤来曙光女神—蕾娜，以及指挥官杰斯，来教导学员们领悟技能和军事作战能力。
在此期间，死神卡尔将堕落天使莫甘娜传送到地球，而后破解神话中孙悟空的超级基因密码，并将其召唤出来传送到地球。孙悟空到达地球后，就开始袭击人类，一架战斗机被击毁，坠落到盖伦等人实战演习的场所，被盖伦接住。
杜卡奥将军见事态不妙，连忙召集盖伦等人组建雄兵连，以此对付孙悟空和未知的莫甘娜，与孙悟空经过了一轮大战后，盖伦利用德星之剑，成功的将吴老师对孙悟空的理解打入猴哥的体内，唤醒了他的善心。之后又经历了几轮大战，盖伦等人都在迅速成长，勉强抵挡住了莫甘娜的堕落天使大军，而此时的天使之王凯尔，为了击杀妹妹莫甘娜，带着手持烈焰之剑的天使们追击到了地球。
凯尔降临后，在莫甘娜与卡尔联手设计下，神体被蕾娜的太阳之力摧毁，需要三亿年才能恢复。
之后，雄兵连、堕落天使、审判天使、死神卡尔等势力，在地球上展开了一场激烈的博弈。