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武则天最后以刘祎之与裴居道有私交，并暗地里准备替裴居道平反，又与许敬宗的妾室有私情等诸多罪名，下诏将他赐死。结果刘祎之被杀，家产抄没，几位儿子俱被流放，妻女没入掖庭!
刘祎之在狱中时，曾经上疏自陈，为自己作无罪辩护，其所写辩护书词理恳至，见者无不伤痛。秘书郎郭翰、太子文学周思钧共称叹其文，并为之辩护，结果同样惹恼了武则天，贬郭翰为巫州司法，周思钧为播州司仓。
刘祎之是武则天亲手提拔的官员，是最早一批北门学士，这些年一直为武则天摇旗呐威，武则天也对他给予了重用，并最终让他位列政事堂，可以说是武则天的心腹大臣之一。谁也没想到，这样一位重臣，竟然会因为私下与人交谈时候几句不合时宜的话就被赐死，连贺兰敏之都没料到过。
刘祎之在朝中任职多年，与许多大臣交好，他犯事后，许多人跟着遭殃，流放的流放，贬官的贬官，更倒霉的跟着丢性命，一些原本没什么罪名的人，只要和刘祎之有交集的，也被罗列了罪名。武则天重用的周兴、来俊臣、丘神勣等人开始真正显示酷吏的本性，大多的案件都交由他们审查，朝的一些大臣，逐渐被他们迫害。贺兰敏之虽然不情愿看到这样的情况出现，但他也知道。这是武则天当上皇帝后必须要采取的手段，最好不要去阻止，而且他也需要武则天替他做这些。
那些与他政见不合，或者一直对他不满的人，他也乐见借他人之人除去，但他倚为亲信的人，他是决不允许周兴等人给他们加以罪名的。一些耿直之人，品格高尚者，他也会施以援手。在不惹恼武则天的前提下，减轻他们的罪名。
其实朝堂上的情况与武则天当皇帝前并没什么太多的改变，以前也有清洗。现在的程度虽然比武则天当皇帝前有点重了，但还不至于乱了朝纲。武则天很勤政，每天都亲自批阅奏折，当然贺兰敏之也批阅很多，他把主要的精力都投入到处理朝事上。
安西和安北境内有乱，朝廷除了派使者招抚外，已经下令组建大军，准备讨伐。不知何因，武则天极力要求以程务挺和黑齿常之两将各领两部人马，贺兰敏之在考虑一番后也同意了。
最后的任命以程务挺为安北道行军大总管兼安北安抚大使。黑齿常之任安西安抚大使兼安西道行军大总管，各率军五万，与两都护府驻军一道，出征平叛。
程务挺原任左羽林军大将军职，他出征后。此职空了下来，武则天在问询贺兰敏之由何人暂时接替程务挺此职时，贺兰敏之毫不犹豫地推荐了薛讷，最终武则天不情愿地同意了，以薛讷为检校左羽林军大将军，代程务挺统领最精锐的禁军——
这个夏天武则天没出去避暑。是在上阳宫度过的。
夏天很热，不过因为大多的人都有很多事要忙，时间过的很快，转眼盛夏就过去了，时节已经入秋，只是今年天气有点怪异，到了八月中后，天气还挺热，让人感觉非常不舒服。
程务挺和黑齿常之率军已经进入安北和安西，这些年大唐军队的战斗力提升的非常快，而且一些“现代化”的武器也陆续研究出来，更不要说领军的程务挺和黑齿常之都是非常出色的名将，对付战力并没有提升的突厥叛军，形势是一边倒的，可以说叛军一触即溃，捷报接二连三地传来。
看到大军刚与你交手，报捷就频传，武则天心神大悦，马上下旨嘉奖。看到自己提拔的两位效仿不辱使命，轻松获胜，贺兰敏之也松了口气，他也向武则天建议，在两部人马几战获胜后，再派人招抚，争取尽快平息北方及西北的战事，让边关不再生乱，武则天也同意了贺兰敏之的请求。
最早派出的招抚使者没有劝动那些叛乱的突厥头领，武则天非常生气，下令尽数歼灭叛军，但贺兰敏之还是建议招抚并举，以减少因战乱带来的破坏，他不担心战事扩大化，因为他收到来自前方的秘报说明，叛乱的部落数量并不多，这些人并不是真的想匡扶大唐，只是想趁机作乱而已，大多的部落还是采取观望态度，我大唐在安西和安北驻军数量又不少，突厥部落如何敢大规模作乱。
这次平叛，贺兰敏之原本提议是作战任务主要交由各都护府麾下的兵马负责，但武则天还是倾向再组大军讨伐，一些其他大臣也是如此建议，最后贺兰敏之也同意了，但在战事开始后，他觉得派两位大将率军出征，还是小题大做了，没这个必要，可能集两都护府的兵力，也能平息战事了。
他也在怀疑武则天一定要让程务挺和黑齿常之领军出征的另外目的，虽然这两将是最适合领军出征的人员，但他总觉得武则天如此做，有更深层次的目的。这段时间贺兰敏之与武则天之间相处虽然还是与如往那样，但他总觉得，当上皇帝的武则天，心思改变的不小了，至于具体有哪些，他暂时讲不出来。最主要的表现就是，武则天时常做出一些出乎他意外的举动，事前也没和他商量，这是挺让他苦恼的地方。只是他与武则天面前对交谈时候，却没这种感觉，他这位当了皇帝的姨母，又几乎会全部同意他的要求，与以往没有任何区别，他只能每天都过去请见武则天，什么事都和她面对面商量，而不是用奏本或者其他形式，他相信，只要他天天面见武则天，武则天待他的态度不会有根本性的改变的，即使她努力想摆脱他的影响也做不到!
当然他为了上官婉儿也要每天都进宫，随着小姑娘的慢慢长大，进一步的发育，越加出落的婷婷玉立，清纯可人，要是有一天见不着，还真的挺想念的!——
在入秋后，贺兰敏之也为郑凌瑶和上官婉儿母女做成了一件她们最期望做到的事，经他手下人的细查暗访，被武则天杀害的洛阳的上官仪及上官庭芝的墓地终于被确认。
上官仪和上官庭芝被杀后，不允许家人收葬，最后是被胡乱安葬的，将他们埋葬的都不知道是什么人，没有墓碑留下，也没有其他明显的标记，贺兰敏之的手下是费了近一年的时间，才将他们的墓地打探到的。在确认查找到上官仪和上官庭芝的墓地后，贺兰敏之也特意带郑凌瑶和上官婉儿去拜谒祭奠了一番。
因这段时间上官婉儿在武则天面前表现不错，才情也有展露，武则天对她真正的另眼相看起来，一些诏令也交由她起草，武则天登基时向天下发布的诏令，就是由上官婉儿起草的，武则天只是最终润笔而已。那是一篇让人称道的诏文，贺兰敏之看了也是称赞不已。因为上官婉儿表现如此出色，武则天每天都让小姑娘侍在身边，这次贺兰敏之带她出宫，可是费了一番心思才得以成行的。
上官仪和上官庭芝是被胡乱埋在邙山脚下一片乱坟岗中的，贺兰敏之的手下发现坟墓后，尊郑凌瑶和上官婉儿之意，将他们的遗骨择另外安葬，修筑了新坟，只是没立明显的墓碑。武则天没答应给上官仪平反，贺兰敏之不敢明目张胆地为上官仪做这些事，只能待过段时间再说。
贺兰敏之带郑凌瑶和上官婉儿来拜会是在新坟修筑完成后，面对自己夫君和公公的坟墓，郑凌瑶是悲痛欲绝，哭的死去活来。她除为了亲人们惨遭的不幸而哭泣外，也有为自己这些年以来没守妇道，没尽孝道，却和另外男人偷情，做出了不伦之事而羞愧。以前在与贺兰敏之相处的时候，因为诸多的考虑，及没有接触任何与上官仪和上官庭芝的东西，悲痛的感觉及负罪感并不强烈，并随着时间的推移，这两种感觉都慢慢淡去了，甚至她想着从了贺兰敏之而终。但在面对上官仪和上官庭芝的坟墓时，郑凌瑶压在心底十几年的悲意及负罪感马上涌了上来，而且随着哭泣越来越强烈，甚至都有了一死谢罪的念头，只是看到在一边哀哀哭泣的上官婉儿后，才打住以死谢罪的念头。
上官婉儿和心思和母亲不同，上官仪和上官庭芝被杀时候，她刚在襁褓中，什么事都不知情，与他们没有一点亲情的交融，只是听多了母亲所说家族的不幸后，她才清楚具体的情况，但这些年她一直得贺兰敏之的照顾，贺兰敏之在她心目中的地位没人可以比，对死去祖父及父亲的感情并不浓烈，心中的悲意远没有郑凌瑶那么强烈，最后是被郑凌瑶感染起来，大哭了几场。
贺兰敏之好不容易劝住郑凌瑶和上官婉儿，看看时间不早了，提议她们先回城，待以后再来拜祭，但郑凌瑶的一番话却让他目瞪口呆!
“殿下，你使人替妾身在这里修一座屋子，我要在这里为婉儿死去的祖父、父亲守灵三年!这三年，妾身一直住在这里，过粗茶淡饭的日子，为他们守灵!”