依据伴随着变异的生物起源的看法，残迹器官的由来较为简单；而且在极其大的程度上我们可以理解控制它们不充分发育的规律。在我们的家养生物中，我们看到相当多残迹器官的例子——像无尾绵羊的尾的残迹——无耳绵羊的耳的残迹——无角牛里面，依尤亚特所说，尤其是小牛的下垂的小角的再次出现——还包括花椰菜的完全花的状态。在畸形生物中我们通常看到各种局部的残迹；可是我怀疑一切这些例子除了明示残迹器官可以产生出来之外，能否表明残迹器官自然状况下的起源：由于估量证据，可以明了地体现出物种在自然状况下并不发生强烈的、突然的变化，可是我们从我们家养生物的研究中了解到，器官不被使用导致了其缩小；并且该结果是能够遗传的。
不使用也许是器官退化的最关键的因素。它刚开始以缓慢的步骤令器官逐步全部地缩小，直至最终变成残迹的器官——同在暗洞里生活的动物眼睛一般，还包括在海洋岛上生活的鸟类翅膀，就是这般。另外，某种器官在一种条件下是有用的，在别的条件下或许是不利的，比方说在开阔小岛上生活的甲虫的翅膀就是这般；此情况之下，自然选择将会促进那种器官缩小，直至它成为没有害处的及残迹的器官。
一切可以由微小阶段完成的变化在结构上与机能上都处在自然选择的势力范围以内；因而某种器官因为生活习性的变化而对某种功能成为没有用处或不利的时候，也许能被改变而适应于另一功能。一种器官或许还能只保存它的先前的机能之一。以前凭借自然选择的帮助而组成的器官，当不起作用的时候，能够发生相当多的变异，缘由是它们的变异再也不受自然选择的抑制了。一切这些都符合我们在自然状况下了解到的。再者，不论在生活的何种时期，不使用或选择能够让某种器官缩小，这通常都发生在生物到达成熟期且必定发挥其一切活动力量之时，而在起作用于相应年龄中的遗传原理就有一种倾向，使缩小状态的器官再次出现于相同成熟年龄中，可是此原理对胚胎状态的器官影响很少。如此我们便可以理解，在胚胎期内的残迹器官相比邻接器官，前者较之要大一些，但在成体状态中前者较之却要小些。比如，倘若某种发育动物的指在很多世代中因为习性的某一变化而使用得慢慢减少，又或是倘若在机能上某种器官或腺体使用得慢慢减少，则我们就能推论，在此种动物的成体后代中它将缩小，然而在胚胎中却差不多依旧保持其原来的发育标准。
但是还存有下述的难点。在某种器官已不再使用而缩小十分多之后，它如何可以进一步地缩小，直至仅剩下一点残迹呢？最终它何以能够彻底消失呢？一旦在机能上那器官变为没用的之后，“不使用”基本上没法继续产生何种进一步的影响。某种补充的说明在此是不可缺少的，可我没法提出。比如，倘若可以证明体制的各个部分有如此一种倾向：它朝着缩小方面比朝着增大方面能够产生更多的变异，则我们便可以理解已成为无用的某种器官何以还受不使用的影响而变为残迹的，以致最终彻底消失。由于自然选择不再朝缩小方面产生的变异进行抑制。在前一章里说明过的生长的经济的原理，可以有作用于某种无用器官变为残迹的；依照此原理，形成所有器官的物质，假如对于所有者无用，就应该尽可能地被节省。可是该原理基本上必定只可以在缩小过程的较早阶段应用。因为我们不能想象，比如在雄花中表示雌花雌蕊的而且只经由细胞组织组成的某种细微突起，为了使养料节省，可以进一程度地缩小或吸收。
最后，不论残迹器官通过哪种步骤退化到它们目前那样的无用状态，因为它们都属于事物以前状态的记录且都是经由遗传的力量被存留下来——依照分类的系统主张，我们便可以理解在把生物放于自然系统中的恰当地位时，分类学者怎么会普遍发现残迹器官和生理上极其重要的器官一样的有用。残迹器官能够同一个字中的字母相比，它在发音上已没有用处，但在拼写上依旧存留着，可这些字母还能够被用作于该字的起源的线索。依照伴随着变异的生物起源的主张，我们能断定，残迹的、缺损的、没用的或者极其萎缩的器官的存在，对于以前的生物特创说而言，绝对是一个难点，但就本书说明的观点而言，这是一个特别的难点甚至是能够预料得到的。
提要
我曾试图在本章里说明：无论在哪个时期里，所有生物在群之下还分成群的此般排列——任何现存生物及灭绝生物被复杂的、放射性的、曲折的亲缘线接连而成为若干大纲的此种关系的性质——在分类中博物学者所采用的法则及遇到的难题——那些性状，无论它们有着相对大的重要性或是相对很小的重要性，或如残迹器官那般完全没有重要性，倘若是稳定的、普遍的，对于其所提供的评价——相同作用的即在价值上的适应的性状与有着真实亲缘关系的性状之间的广泛对立以及别的一些此类法则——假如我们承认近似类型有相同的祖先，而且它们经变异与自然选择而产生变化因而使灭绝以及性状的分支产生，则，上述全部就是自然的了。在考虑该分类观点时，应当记住血统这个因素曾广泛地被用于把相同物种的性别、龄期、类型与公认变种归为一类，不论在结构上它们相互有多大差异，倘若扩大使用血统这个因素——这是生物相似的一个确知缘由——我们便能理解什么是“自然系统”：它是按谱系来排列的，经由变种、物种、属、科、目与纲等术语来表示所得到的差异的各级。
依照相同的伴随着变异的生物起源学说，“形态学”中的大部分事实就成为能够理解的了——不论我们去了解相同纲的相异物种在无论有哪种用处的同原器官中所体现的相同形式；还是去了解相同个体动物与个体植物中的系列同源及左右同源，都能得到解释。
依照持续的、细小的变异不一定在或通常不在栖息的很早时期发生且在相应时期遗传的原理，我们就可以理解“胚胎学”中关键的事实：那就是在个体胚胎中成熟时在结构与机能上变得相异甚远的同原器官是密切类似的；在近似而非常不同的物种中那些即便在成体状态中和大为不同的习性相适应的同原部分或者器官是相似的。幼虫是活动的胚胎，它们因为生活习性的变化而或多或少地发生不同一般的变异，而且相应地把它们的变异遗传给了很早龄期的幼虫。依照相同的原理——且要记住，因为器官的不被使用或因为自然选择的缩小，往往发生在生物不得不满足自己所需的生活时期，而且还须记住，遗传的力量是这么强大——则残迹器官的产生甚至是能够预料的了。从自然的分类应当依据谱系的观点来看，胚胎的性状与残迹器官在分类中的重要性就不难被理解了。
最后，我觉得这一章中已经讨论过的诸多事实是如此清楚地明示，生活在这个地球上的无数的物种、属与科，在它们各自的纲或群的范围以内，都传自于相同的祖先，而且都在生物演化的进程中产生了变异，如此，虽然缺少另外的事实或论证的支持，我也会坚定不移地持该观点。