在皇太极死后，他与多尔衮一起成为了清朝的摄政王之一。
他尽心尽力辅助着多尔衮，一同处理朝政。福临即位时，济尔哈朗四十五岁，多尔衮三十二岁，济尔哈朗年长十三岁，两人同为辅政王。尽管拥有崇高的军功、威望和地位，但可能受父亲舒尔哈齐与哥哥阿敏命运的影响，济尔哈朗为人很是低调。
因此，福临继位以后，他主动要求将自己排在多尔衮前面的名次放到多尔衮之下，并要求诸王大臣商讨国事时，只报告多尔衮即可，不必报告自己。他谕令部院各官，以后有事先启知睿亲王，把自己的名字放在后头。从此，多尔衮排名在前。
济尔哈朗能力固然有限，但办起事来一向兢兢业业。担任辅政王后，他在盛京尽心辅佐幼帝，多尔衮则率领大军攻明，直到山海关战败为止。山海关之败后，为了安顿民心，并且拉拢济尔哈朗，多尔衮随后便代福临封济尔哈朗为信义辅政叔王。多尔衮为人专擅，权力欲极强。济尔哈朗却一事当前，首先考虑如何明哲保身。这种性情地差异，决定了济尔哈朗在处理与多尔衮的关系时，总是一味退让，心甘情愿的甘居下风。
在被封为信义辅政叔王之后，他从中看出了多尔衮因为山海关之败而对自己产生的戒心。为最大程度地保住自己。他上书满清朝廷言道：
虽然山海关清军战败，但却将国内的形式稳定住，将明军抵挡在了满清境外。而这一切都是由于蒙受皇叔父摄政王的福泽，考虑到摄政王素有风疾，跪拜不便。请求在皇上面前免于跪拜。对于这样地请求，多尔衮恬然受之。
而在这个时候，盛京复杂多变的局势，一触即发的内乱，也让这位信义辅政叔王嗅到了其中巨大的危险。一方面济尔哈朗对大清是忠心耿耿的，他不愿意看到这样地事情发生。
而在另外一个方面。他非常害怕牵扯到两白旗和两黄旗之间的争斗当中。明哲保身是他一贯的人生哲学。但是，面对两方的极力拉拢和诱惑，他又怎能真置身于世外？
他曾经对自己的亲信泰木太固忧心忡忡地说过：
“当年我等追随太祖、先帝用兵，战无不胜，攻无不克，皆在于我满人上下一心，三军用命。而现在却仅仅因为一次战斗的失败，朝野上下钩心斗角。都想着要置对方于死地。我看这样下去不用明朝人打来，我们自己已经能把自己搞乱。搞死了。
摄政王会用兵，能用兵，但为人却太刚愎自用，听不得意见，视两黄旗为水火不容之敌。非要除之而后心快。反观索尼这些人也是如此。索尼称病不肯上朝。就是在那提防着多尔衮加害他。哎，再这样下去怎么得了啊…”
泰木太固也同样担心地说道：“七日后便是太后寿诞。摄政王言为振奋我满人士气，要在宫中大摆放宴席，他邀请了各旗旗主，索尼也在邀请地行列之中。我看，索尼没有借口不能来，到了那一天便是双方摊牌的时候了。”
“太后妇人，皇帝幼小，其都无法脱离摄政王的摆布。我虽然一力奉承于多尔衮，可，可早晚有一天我也会成为他的眼中钉，肉中刺…”济尔哈朗苦笑着说道。
“王爷何不联络索尼等人，以求自保之策？”泰木太固以言语试之道。
济尔哈朗摇了摇头：“前几日，索尼派来的那个叫阿克顿的也曾经来找过我，但却被我拒绝了。我还是那个意思，能避免的就尽量避免，实在避免不了的想着办法也要避免。其他人可以为了权利大肆争夺，可是我却不行啊…”
他并不是真地就那么淡薄名利，他只是实在不想看到大清内乱。当年努尔哈赤一手开创下来的这片江山，在皇太极地手中发扬光大到了无以复加的地步。眼看着大明就要被打败，八旗军队即将入主中原的时候，却忽然发生了这样的事情。
身为先帝的托孤重臣，他要维护住这片江山，尽力调和两派间地矛盾。可是现在他却觉得自己是如此地渺小，如此的无能为力。他根本无法阻止住什么，很多他一心想要避免地事情，却又只能眼睁睁地看着它发生！
七天，还有七天，大清最大的内乱也许就要发生了。他不想去理会谁赢了，谁输了，他只想让这场动乱尽早结束。他只想让大清尽早走上以前的正规。可是，自己能做到吗？
汉人的官员洪承畴和祖大寿在昨日也找到了自己，隐晦地告诉自己，汉军是支撑他来主持朝政，稳定大清的。意思已经很明显了，汉人希望自己来取代多尔衮的位置。
对于汉人的态度，他秉承了皇太极的做法，要重用汉人，因为没有人比他们更加了解大明了，但是，多尔衮执政后却采取了截然相反的态度。他曾经劝说过多尔衮，但却被这位摄政王所蛮横的拒绝了。结果现在怎么样呢？
吴三桂所指挥的汉军正红旗，势力一天比一天大了，甚至连盛京发生的叛乱都靠着吴三桂才能够平息。而这个时候多尔衮才想起要拉拢吴三桂。但对于羽翼渐渐丰满地吴三桂来说，这样的拉拢不显得稍微晚了些吗？
在如此复杂的局面了，他不能直接拒绝洪承畴和祖大寿的好意，他只能委婉地告诉两人，不管大清发生了什么事情，都希望他们能稳住汉八旗。而且他向洪承畴和祖大寿保证。自己将尽自己最大的努力，来保证汉八旗的利益。
洪承畴听到这样地话，笑了，他笑着告诉济尔哈朗：
“王爷，您真的认为您能够做到吗？置身事外。明哲保身的做法只能带给您伤害。有些必须立刻做出的决定，是无法迟疑半分的。等到刀架到了脖子上，再后悔就晚了。我们现在和大清地利益是联系在一起的，同样不想看到大清自己内部乱了起来。
可是，一些事情却必须要去做，难道您到现在还认为多尔衮继续执政会让大清重新强盛起来吗？你取代他的位置。比任何人都要来得更加合适。只有您才能重振大清的声势。而我们，将永远站在您这一边。希望您能够仔细地考虑一下…”
他的话的确让济尔哈朗为之心动。当然，他为地不是自己，而是整个大清的未来。明朝可以在走向末路的时候获得新生，大清又为什么不可以呢？也许，越来越不得人心的多尔衮真的不再适合继续坐在这个位置上了…
洪承畴最后告诉他：“我们知道您的苦处，我们也完全和您现在的心态一样。其实，您不必做出任何样的举动。就让多尔衮和索尼去斗好了。等双方斗到精疲力竭地时候，再由您出来收拾残局。这样的结果难道不是所有人都愿意看到地吗？”
恢复大清强大的想法。让济尔哈朗怦然心动，没有人比自己更加了解多尔衮这个人了。
多尔衮对于皇位，实际上是非常向往的。由于他在诸王大会上首倡立福临，格局一成，便难以出尔反尔。再推翻前议了。虽然他高踞摄政王之位。掌握大清军政大权，只在一人之下。却在万人之上，但毕竟没有畅其所愿，还是一种缺憾。
因此，在激烈动荡的戎马生涯之余，他的整个人便陷入一种，自相矛盾、懊悔愁苦自怨自责地痛苦之中。他地权力欲愈益炽烈，到后来，这种象火一样烤炙着他的心地欲望，竟使他做出种种大逆不道的举动，偷用御用器皿、私造皇帝龙袍等等。
在这么任其发展下去，早晚有一天他会废除皇帝而自代之的。素来以忠臣自诩的济尔哈朗，不愿意，也害怕这样的事情在自己面前发生。否则，将来在自己死后，还怎么有脸去见地下的皇太极？
“你们先回去吧，朝廷的事我自有分寸。”济尔哈朗一脸的痛苦之色：“洪大人，祖大人，你们虽然不是满人，但却和我们满人一般无二，我只希望要是盛京发生了什么变故的话，请你们千万让吴三桂约束好自己的军队。其余的，我会处理好的…”
“济尔哈朗终于开始心动了。”当走出济尔哈朗的家中，洪承畴笑着对祖大寿说道：“一来是人的本性，对权利那种天生的渴望，二来就是他也严重不满多尔衮的作为。等到多尔衮和索尼的矛盾总爆发后，我相信他一定不会袖手旁观的。”
祖大寿微笑着说道：“这对我们来说也是一次最好的机会。既然多尔衮不拿我们当人看，我们当然也就反对他。我想等到盛京的这次变故结束，最大的获利者不是索尼或者多尔衮中的任何一个人，更加不是济尔哈朗，而是我们这些在清朝的汉人！”
洪承畴笑得更是开心，他们等待这一天已经很久了。
他有的时候会好奇地想到，在清朝的内部，出现汉人执政会是什么样的状况？看着那些过去从来看不起汉人的满人，听从着汉人的指挥，那岂不是一件最有意思的事情？
而在这个时候的索尼处，接到了太后寿诞，让索尼赴宴的命令，也让正黄旗大大小小的头目之间产生了严重的分歧，以勒克德浑、义子挞木格乐为首的，严重反对索尼去盛京，在那里，只怕多尔衮早就准备好了屠刀在等待着他。
但是才从盛京回来的阿克顿可，却明确地表示义父可以去，而且必须要去。
多尔衮和索尼之间的矛盾已经越来越表面化了。在这个当口，索尼一旦因为畏惧而不去盛京，只会让那些正处在观望中的旗主，对索尼的为人表示出失望。但去了，表示索尼根本就不害怕多尔衮，能够最大限度地拉拢到对多尔衮不满，但势力不够的中间派。
他详细地给索尼分析了盛京的形势。目前只有阿济格等少数大臣，旗帜鲜明的继续支持多尔衮。而包括多尔衮的亲信多铎等人在内，已经愈发地对多尔衮不满，已经流露出了找更能干的大臣来取代多尔衮地位的想法。
而做为新生的力量汉军正红旗吴三桂，已经和索尼结盟，一旦发生争斗，就算无法明着出来帮助索尼，但也同样不会站到多尔衮一方，在四面楚歌的情况下，失去了绝大多数人支持的多尔衮，即便是想借着这个机会干掉索尼，也根本不会得到朝廷上上下下的任何支持！
相反，这对于索尼来说却是个千载难逢的机会。
在阿克顿的构思里，正黄旗在索尼动身之后，秘密向盛京方向靠拢。镶黄旗则严密监视住两白旗的动作，与正黄旗起犄角之势。一旦盛京发生变故，立刻由镶黄旗牵制住两白旗，而以正红旗对盛京猛攻，迅速控制住整个大清朝廷…
对于义子的建议，索尼考虑了很久，这才对他的部下们说道：
“进盛京，我绝不能示弱于多尔衮。一切计划都按照阿克顿的主意办。阿克顿，由你负责指挥两黄旗的调度，勒克德浑辅助。挞木格乐，你精心挑选一百勇士，随我一起进入盛京！”