“这是苏哈托派来的人员与我们达成的秘密协定。”沈阳将双方会谈纪要递给吴铭，“基本达成了我们的目的，这是苏加诺的特使所承诺的条件，制止反华骚乱，同意苏门答腊人自己的选择，但要求我们退出加里曼丹岛的印尼领土。”
“相比较，还是苏哈托比较大方。”吴铭仔细翻看着文件，冷笑道：“不仅承诺制止反华暴乱，赔偿华人损失，还同意苏门答腊和加里曼丹的问题由那里的人民自主选择，而我们只要不插手，不偏向，苏哈托认为他们有能力控制印尼的局势，并且将与马来亚友好和平相处。”
“那我们就与苏哈托合作吧，把印尼的华人、华侨接到加里曼丹岛，驱逐那里的印尼居民。”赵笑眉说道：“等到苏哈托集团掌握了政权，要是他不听话，光凭这份秘密协定就可以让他滚下台。”
“我看可以。”吴铭点头赞同道：“命令登陆爪哇岛的部队暂时停止行动，静观其变，告诉苏哈托，这份协定必须要他和纳苏蒂安的亲笔签字认可，而且印尼华人的迁移要马上开始。否则我们就动用武力，在这个时候，英、美的注意力都集中在朝鲜，我们的态度就将决定印尼的政权落在谁的手中，不多索取好处实在是说不过去。”
1950年9月15日，印尼右翼与左翼虽然剑拔弩张，但为了不进一步激怒马来亚军队，都采取了相应行动，制止反华暴乱，镇压暴乱分子。s华人、华侨开始向沿海城市集中，等待马来亚船只的到来。虽然马来亚已经与苏哈托集团达成了协议，但这种秘密协定是不能见光的，马来亚撤出华人、华侨。除了签订协议的双方，别人只知道这些华人、华侨是前往南加里曼丹岛暂避灾难的，进一步的事情便不得而知了。
9月20日。与马来亚达成秘密协议的苏哈托底气十足，宣布取缔印尼共、人民青年团、全印尼中央职工会和印尼妇女运动协会等组织和其他一些左翼团体。随后指挥军队大开杀戒，在两个月内，印尼左翼团体受到严重摧残，其主要领导人艾地等全部被杀。据不完全统计，先后有几十万人惨遭杀戮，约三十多万人被逮捕监禁。与此同时，军人集团一方面逼压苏加诺总统逐步让权，一方面不断通过媒体诬蔑中国支持“九卅运动”、干涉印尼内政。陆军的《战斗报》含沙射影地说：“难道九卅运动仅出自翁东地想法。而没有作为幕后主使者的国内或国外的政治活动家地参与谋划吗?难道九卅运动的反革命冒险仅靠他们各自的物质力量，而没有国内或国外广大阶层在物质和精神上的支持和帮助吗?”
当时，中国认为“九卅事件”是印尼国内阶级矛盾发展的结果。过去“纳沙贡”的表面合作掩盖了革命与反革命的界限，此次事件后，革命和反革命的力量迅速分化，双方的阵线日趋明朗。左派已由合法地、和平的斗争被迫转为地下的、武装的斗争，这有利于印尼革命力量的进一步发展。但中国出于政治考虑。对事件的公开态度则是尽量客观，电台、报刊暂不报道印尼政局变化。当时中国定的方针是：坚决支持印尼人民地革命斗争，集中打击和孤立右派，缩小中间派的欺骗作用并促其分化，对右派的攻击给予坚决回击。
然而，印尼的局势却急转直下，苏哈托及军方集团以武力残酷镇压了左翼集团，1950年10月15日，苏加诺在军人挟持下组成新内阁，并授权苏哈托代行总统职权。苏加诺完全陷于无权地位。两国关系日益恶化。各种来往陆续中断。
1950年10月30日，印尼国会通过决议，表示印尼政府可“根据情况发展，就印尼和中国之间的关系采取坚决措施，必要时断绝外交关系”。
11月5日，印尼外交部分别照会中国驻印尼使馆和外交部，宣布印尼政府决定关闭印尼驻华使馆，要求中国保证其使馆人员安全撤离中国。同时，要求中国自1950年11月10日起，关闭驻印尼大使馆、驻雅加达总领事馆以及驻棉兰、马辰和望加锡领事馆。上述机构的全体中国人员在最短时间内离开印尼领土。
11月8日，中国政府发表声明，中国和印尼两国关系的中断，责任完全在印尼方面，由此产生的一切后果。必须完全由印尼现政府承担。
11月10日。在印尼华人、华侨转移顺利的情况下，马来亚军队开始徐徐后退。解除了对雅加达的威胁，但还驻于乌戎库隆，起着威慑作用。第二次马、印战争结束，马来亚军队全部占领了加里曼丹岛，并且将印尼华人迁至该岛，为下一步民众大选决定加里曼丹岛地归属打下了基础。
这场印尼政乱相比于朝鲜战场的突然变化，明显没被国际上所重视，虽然英美等国对印尼的右翼势力掌权表示出了欢迎，但是中国的参战使得他们的注意力完全集中在了朝鲜半岛上。
1950年9月15日，麦克阿瑟登上旗舰麦金利山号亲自督战，在美英两国三百多艘军舰和五百多架飞机掩护下，美军第十军团成功登陆仁川，从朝鲜军队后方突袭，切断朝鲜半岛的蜂腰部一线，，迅速夺回了仁川港和附近岛屿。9月22日，撤退到釜山环形防御圈的联合国军乘势反击，9月27日仁川登陆部队与釜山部队水原附近会合，一日之后重夺汉城。
美国原先将朝鲜军队赶回三八线以北的计划因战事进展极其顺利而有所改变。麦克阿瑟将军要求乘势追击，将共产主义逐出整个朝鲜半岛。9月27日，美国参谋长联席会议与总统杜鲁门都同意了麦克阿瑟的建议，但是总统要求麦克阿瑟只有在中国和苏联不会参战的情况下才可攻击朝鲜。次日美军部队就进逼三八线，10月1日韩国第一批部队终于进入朝鲜作战。