就在张天成的信使到京之后，将郑芝龙呈交给大中朝的降书顺表以及部将的名单交到了肖天健的手中，肖天健召集诸臣再一次商定了分封之后，便马上派出使臣，持他的圣旨前往福建宣旨，从郑家手中接管泉州府、汀州府、漳州府等地。
同时按照原来大中朝议和的条件，所有郑军就地接受大中军的整编，包括郑家的水军以及商船船队以及水手们，也都在泉州和漳州等地沿海港口驻泊，等候接受大中朝的整编。
而郑芝龙在接到了肖天健的圣旨之后，得知了他被封为靖海侯这个结果非常满意，事先他也打听过有关大中朝封爵之事，本以为即便是肖天健按照原来的约定，对他封爵，最多也就是能给他封个子爵男爵之类的爵位就算是不错了，但是没成想肖天健居然如此大方，一下便封他了个侯爵，保持了他的爵位不低于永历朝分封他的爵位，这让他非常满意，也觉得很有面子。
包括他的那些弟弟以及族亲，也都各有封赏，这让郑家这些头领们也都放心了下来，起码在这方面，大中朝皇帝是说话算数的，没有对他们过分的刻薄。
至于郑军接受整编，他们也没什么话可说的，陆师肯定是全部要被大中军接收过去，很可能会就地遣散，这一点没什么可担心的。
但是对于郑家水师的整编，郑家却是有一点想法的，毕竟这个时代军船和民船之间并没有明显的界线，包括西方的帆船，也一样是既可以运货也可以进行海上交战之用，郑家麾下大大小小拥有各种船只两千多条，其中超出四百料以上的大福船和二号福船以及海沧船、白艚船、乌艚船、广船、快船五六百条，其余的还有小一些的近海用的四百料一下的小型海船还有一千余条。
而水师之中的水手也有近两万人，这些人平时可以操舟行商，战时随时都抄家伙上阵就是水兵，这些船只和水手具体该怎么划分，留给他们郑家多少船只和水手让他们今后继续行商之用，便成了关键的问题。
在这件事上，其实双方之前也是有过商议的，大中朝提出可以给郑家留下二百条四百料以上的海船，作为他们今后行商之用，其余船只则交给大中朝官方进行处置，而那些郑家水卒，则按照他们的意愿决定去留，愿意留在郑家手下继续做事的人，可以留下，愿意加入大中朝海军的，则可以接受整编。
但是现在郑家投顺有点晚，作为惩罚，原来的大中朝提出的条件便不能继续执行了，按照肖天健的指示，在原来的额度上大刀一挥裁去一半，原来二百条船，现在只许郑家保留一百条，而人员方面也仅仅允许郑家保留三千人，其余的全部交由大中朝来进行甄选之后另行安置。
郑家对于大中朝提出的新方案颇为不满，但是现如今他们也没有继续反抗的余地，只能听命于大中朝的安排。
另外肖天健招郑芝龙以及郑家上下受封之人赴南京面圣，说要亲自册封郑芝龙以及郑家上下受封之人，以示恩典。
对此郑家上下颇为担心，有心想要不去，但是这个时候郑军上下军心已散，而且随着朝廷敕令下达之后，石冉和刘耀本各率一万精兵，分头进入到了泉州府和漳州府，并且分出一部分兵力接管了汀州府。
在大中军的兵锋之下，郑芝龙有心想要不去南京，但是这个时候却找不到一个合适的理由来拒绝，否则的话摆明了就是抗旨不尊，那么接下来到底会发生什么，郑家上下无法预料。
于是无奈之下，郑芝龙只得谢恩领旨，表示会尽快赴南京听封，但是在他们家族内部商议之后，郑芝龙还是让郑芝豹托病为理由，留在泉州坐镇，以防郑家上下赴南京一旦有所变故，他们总算是留下一个后手。
就在郑芝龙受命前往南京的时候，各方对郑军的接管也随即展开，一批批郑军奉命放下了武器，被大中军暂时圈管起来，然后分批进行遣散，为此肖天健着令户部拨发出了二十万龙币作为遣散费用，并且令各地官员对于原属本地的郑军遣散兵员进行编管安置，授之于田，令其回乡耕作。
对于郑家水师方面，大中军采取人船分离的办法，暂时令郑家水师兵将全部登岸，离开他们的船只，由大中朝海军派人接管郑家原有的各式战船，除了准许郑家自行选留下一百条船只之外，其余的船只进行甄选，留下一部分坚固的船只，作为战船补充入海军之中使用，至于剩下的一些不堪作为战船使用的船只，一部分直接拆除，其余可用的船只则准许浙江、福建、南直隶沿海商贾赎买，作为今后通海行商之用。
郑家看准这个机会，又通过出钱赎买的办法，从中买回了一批原属于他们的船只。
不过大中朝也履行了当初和议的条件，在大中军接管泉州府和漳州府之后，对于原属于郑家的财产给予了保护，没有让人侵犯郑家的财产和家族成员，这一点让郑家多少放心了许多。
其实大中朝内部在郑芝龙宣布投降之后，对于如何处置郑芝龙其实是有很大的争论的，以军方为主，许多人提出来即便是郑芝龙投降，但是此人也不足为信，即便是不杀，起码也要将其编管在南京城中进行监视，一旦发现郑家再有反心，便立杀无赦。
但是也有一些大臣以为，大中朝朝廷要讲信义，不能对郑芝龙太过分，采取怀柔手段，逐步的分化郑家集团，使之今后逐步安分下来。
对这样的争论，肖天健听罢之后一笑置之，在他看来，郑家上下此次投降，虽然有很大程度上是被迫的，但是通过这段时间和大中朝对抗下来，郑家上下也都基本上看到了大中朝的厉害，继续与国家为敌，他们今后将会在大陆上再无立锥之地，所以完全没有必要，用什么阴谋的手段来逼迫郑家就范。
而且原来的郑军之中，并非是人人都是郑家的铁杆拥趸者，国家和郑家之间，他们是可以分辨出孰强孰弱的，其中绝大部分人是受到裹挟逼迫，抑或是为了混口饭吃，才在郑军之中做事，现如今郑家请降，整个军心便彻底散了，郑家即便是还拥有一批死忠，但是数量却也有限，已经不足以成为大中朝的心腹大患了。
而且据福建的特情处的细作们探查，郑家虽然生意做的非常大，而且家财也富可敌国，但是郑家主要的基业，却基本上还在泉州、漳州等地的陆上，海上也仅仅是以厦门岛和金门岛以及澎湖为他们的基地，大中朝的海军现如今已经不是一两年前那么虚弱了，经过这一年多来大力发展之下，大中军海军的实力迅速壮大，这一次郑家投顺，虽然郑家可以合法的留用百条海船，但是其余的郑家水师战船却绝大多数交给了大中朝处理，使得大中朝海军的实力更是瞬间暴增，此消彼长之下，郑家的海上力量一下便蒸发了七八成之多，郑家即便是想要再在海上无法无天，把持海上贸易通道，那么在大中海军面前，很快便可以让他们郑家灰飞烟灭。
所以郑家经此一次折腾之后，便已经无法再称为大中朝海上的劲敌了，而且肖天健对于郑家这个大海商也没有想过要将他们就此彻底赶尽杀绝，中国眼下需要这样的海上贸易的先锋，只要保证他们郑家的利益，那么郑家没理由继续作乱下去，肖天健也不想做一个小人，来干这种令人齿冷的事情。
在十一月底的时候，郑芝龙终于带着数十名族亲以及部下来到了南京，一行人怀着惴惴不安的心情，被招入到了宫中觐见。
肖天健也终于第一次见到了这个纵横大海十几年的海上枭雄，让他惊讶的是郑芝龙的年轻，这个中国历史上名动天下的海上枭雄，这个时候居然只有三十多岁，虽然身材不高，但是却长得是相当的英俊。
郑芝龙一进入大殿，便立即带着几个弟弟和族亲跪下口呼万岁，并向肖天健称罪，自陈投顺来迟，请肖天健恕罪。
肖天健看罢了郑芝龙之后，哈哈一笑道：“来了就好，虽然郑爱卿来的稍微迟了一点，终归却并未酿成大错，朕和你有约在先，自不会再怪罪于你等！现如今你等能毅然迷途知返，实乃福建百姓之幸，我大中朝之幸！诸位免礼平身吧！这么跪着说话总是不太方便！来人，给郑爱卿赐座！”
郑芝龙也没有想到肖天健这个大中朝新皇会如此年轻，甚至于比他还要年轻一些，偷眼看一下肖天健，举手投足之间，无形之中散发着一种霸气，这样的霸气绝非是一朝一夕养成的，从他领兵的经验看，非经过血火战场的厮杀，一般人绝难会养成这样的霸气，听着肖天健的话，郑芝龙的心情稍微安稳了一些。
虽然肖天健话中略微带出了一丝对他现在才来投顺有点不满的味道，但是总体上看得出肖天健却还是对他能归顺这件事是比较满意的，现在更是让他平身还赐座于他，这就说明肖天健并没有太多要置他们于死地的念头，这才多少让郑芝龙安心了一些。
不过说是赐座，郑芝龙还真是不敢坐，连连告罪之后，在肖天健的强令之下，郑芝龙才在一个侍卫送过来的锦凳上用屁股挂了点边，坐在了大殿上，至于他那些带来的手下以及族亲，自然是没有他这样的待遇，只能老老实实的低着头，站在大殿下面。
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